Das Piratenschiff der Helden, die „Webs Ahoy“, ist gestohlen worden – und mit ihm sind Freunde des Teams in die Gefangenschaft geraten. Kurzerhand stechen Squirrel Girl und ihre kleine Gefährtin Tippy Toe in See, um beides zurückzuholen.
Auf ihrer abenteuerlichen Fahrt über das Wasser sind Mut, Köpfchen und jede Menge Eichhörnchen-Geschick gefragt. Mit Teamgeist gelingt es den beiden schließlich, das gestohlene Schiff „Webs Ahoy“ zurückzuerobern und ihre gefangenen Freunde wohlbehalten zu befreien.