„The Clone Conspiracy“ ist der erste Teil eines zweiteiligen Mittelstaffel-Finales und spielt fern der Bad Batch auf Coruscant. In der Klon-Bar 79's sprechen die Klonkrieger Cade und Slip über die Zerstörung Kaminos: Offiziell habe ein verheerender Sturm den Planeten vernichtet, doch Cade weiß, dass Vizeadmiral Rampart die Bombardierung von Tipoca City befahl. Cade hat Rampart gedroht, die Wahrheit vor dem Senat auszusprechen — kurz darauf wird er von einem Heckenschützen erschossen; Slip entkommt.
Im Imperialen Senat wird über Ramparts Rekrutierungsgesetz gestritten, das die Klonarmee durch eine neue Wehrpflichtarmee ersetzen soll. Senatorin Riyo Chuchi tritt für die ausrangierten Klone ein, kritisiert, dass das Imperium ihre Opfer einfach verwerfe, und fragt, warum die Klone in dem Gesetz gar nicht vorkommen. Auf Antrag von Bail Organa wird die Abstimmung vertagt.
Bei einem Treffen mit den Klonen warnt Slip die Senatorin: Kamino sei nicht durch einen Sturm untergegangen, sondern auf Ramparts Befehl bombardiert worden — er selbst sei an Bord von Ramparts Sternenzerstörer gewesen. Er nennt ihr seine Dienstnummer CT-0409 und rät ihr zur Vorsicht. Chuchi ringt Rampart eine Zusage für Pensionen ab, trifft sich heimlich mit Bail Organa und beginnt, an der offiziellen Version zu zweifeln.
Rampart beauftragt einen maskierten Attentäter, Slip zu töten und Chuchi bei Bedarf auszuschalten, ohne dass die Morde zu ihm zurückführen. Slip verrät der Senatorin noch, dass der entscheidende Beweis im Kommandoprotokoll von Ramparts Schiff gesichert sei, ehe er und Chuchis Leibwächter vom Killer getötet werden. Chuchi entkommt nur knapp.
In letzter Sekunde rettet Captain Rex sie, der eigentlich gekommen war, um Slip von Coruscant fortzubringen. Der Attentäter entpuppt sich als Klonkrieger; bei der Befragung in der Werkstatt von Trace Martez bezeichnet er sich als „Gläubigen“ und nimmt sich mit einem versteckten Schockgeber selbst das Leben. Die Bad Batch selbst treten in dieser Folge nicht auf — sie warten auf ihren Einsatz im zweiten Teil.
