Der zweite Teil bringt die Bad Batch ins Spiel: Rex ruft Clone Force 99 für eine verdeckte Datenextraktion nach Coruscant — ausgerechnet ins Herz des Imperiums, wo niemand die totgeglaubte Truppe vermutet. In Trace Martez' Werkstatt empfangen Rex und Senatorin Chuchi das Team und zeigen ihnen die Leiche des Klon-Attentäters. Chuchi erläutert Ramparts Lüge vom angeblichen Sturm; Echo bietet an auszusagen, doch als Deserteure würde man ihnen nicht glauben.
Der Plan: Slips Sicherungskopie von Ramparts Kommandoprotokoll aus dessen Venator-Sternenzerstörer zu bergen, der auf der schwer bewachten imperialen Werft überholt wird. Chuchi will die für den nächsten Tag angesetzte Abstimmung über Ramparts Rekrutierungsgesetz hinauszögern. Omega begleitet die Senatorin durch den Senat, sieht zum ersten Mal die große Ratskammer und lernt, dass die Klone dort keine Vertretung haben.
Bail Organa rät Chuchi, mit der kaminoanischen Senatorin Halle Burtoni zu sprechen und „der Spur des Geldes zu folgen“. Bei einem Treffen bestätigt Burtoni, dass Rampart schon lange vor dem Angriff Gelder für Kamino abgezweigt hat — aussagen will sie ohne handfesten Beweis aber nicht. Als Burtoni die Katastrophe abtut, hält ihr Omega entgegen, dass Kamino ihre Heimat war und sie mitansehen musste, wie das Imperium alles zerstörte.
Parallel infiltrieren Hunter, Wrecker, Tech, Echo und Rex den Sternenzerstörer. Vorbei an Strahlenschilden und Wachposten hackt Tech das Kommandoprotokoll aus den Datenbanken. Als die Eindringlinge entdeckt werden, liefern sie sich ein Gefecht mit Klonwachen und V-Wing-Jägern, feuern die Triebwerke des Schiffs an und entkommen in einer Rettungskapsel.
Im Senat drängt Rampart auf die Abstimmung. Chuchi soll bereits hinausgeworfen werden, als Omega Organa das geborgene Datenpaket zuspielt: Chuchi spielt die Aufnahme ab, die zeigt, wie Ramparts Schiffe Tipoca City bombardieren. Großvizier Amedda lässt Rampart wegen Kriegsverbrechen verhaften — doch Palpatine verdreht die Enthüllung und behauptet, die Klone hätten Ramparts Befehlen blind gehorcht, um so sein Stormtrooper-Programm durchzusetzen.
Der Sieg bleibt hohl: Palpatine war den Verbündeten stets voraus und hat sie benutzt, um sein Gesetz durchzubringen. Zum Abschluss trennt sich Echo von der Bad Batch, um an Rex' Seite weiteren Klonen zu helfen — ein tränenreicher Abschied von Omega, die ihn schweren Herzens ziehen lässt.
