Echo, Gregor und eine Gruppe abtrünniger Klone überfallen über Balmorra einen kaiserlichen Frachter und befreien gefangene Klonsoldaten, darunter Captain Howzer. Dabei erbeuten sie Daten über die geheime imperiale Advanced Science Division.
Auf der Forschungsbasis Mount Tantiss auf Wayland verhört Dr. Royce Hemlock den gefangenen Crosshair und verlangt den Aufenthaltsort der Kloneinheit 99 und Omegas. Er bietet Crosshair Straffreiheit an, doch dieser weigert sich zu kooperieren, woraufhin Hemlock einen Folterdroiden einsetzt.
Während einer Ablenkung gelingt Crosshair ein Fluchtversuch: Er überwältigt die Wachen, erbeutet eine Zugangskarte und erreicht eine Kommunikationszentrale. Von dort sendet er der Kloneinheit 99 ein Notfallsignal mit dem Code Plan 88 und warnt sie, dass das Imperium Jagd auf Omega macht, bevor ihn ein Lähmungsgas überwältigt.
Auf dem friedlichen Planeten Pabu stößt Echo zur Kloneinheit 99 und übergibt die erbeuteten Daten. Tech fängt Crosshairs Warnung ab und entschlüsselt zusammen mit Echos Material die Struktur der imperialen Geheimforschung auf Mount Tantiss. Die Einheit erkennt, dass Crosshair nicht mehr ihr Feind ist, sondern sie zu schützen versucht.
Damit bereitet die Folge das zweiteilige Staffelfinale und die späteren Befreiungsversuche auf Mount Tantiss vor.
