Nach der Explosion auf dem imperialen Gipfel von Eriadu sitzt der Bad Batch in einer Seilbahn fest, die durch den Stromausfall mitten in der Luft hängt und unter Beschuss der imperialen Truppen gerät. Um den Absturz der Gondel und den Tod seiner Familie zu verhindern, aktiviert Tech das Protokoll „Plan 99“: Er kappt die Verbindung und opfert sein eigenes Leben, damit Hunter, Wrecker, Omega und Echo in Sicherheit geschleudert werden.
Verletzt und um Tech trauernd ziehen sich die Überlebenden zu Cids Bar auf Ord Mantell zurück. Doch Cid hat das Team an Dr. Royce Hemlock verraten: Imperiale Klon-Kommandos nehmen Hunter und Wrecker gefangen. Omega versucht, ihre Freunde zu befreien, wird jedoch überwältigt und selbst von Hemlock ergriffen.
Echo und der Medizindroide AZI-3 können Hunter und Wrecker aus der Gefangenschaft holen, doch für Omega kommt die Rettung zu spät – Hemlock entkommt mit ihr an Bord seines Shuttles zur geheimen Einrichtung Mount Tantiss.
Auf Tantiss trifft Omega auf Nala Se und Crosshair. Dort entdeckt sie zudem, dass die Wissenschaftlerin Emerie Karr selbst ein weiblicher Klon und damit ihre genetische Schwester ist. Die Folge schließt das zweiteilige Staffelfinale ab und bereitet den Konflikt der dritten Staffel vor.