Die Folge beginnt bei Rex und seinen Klon-Rebellen in ihrem Stützpunkt im zerfallenen B'omarr-Kloster auf dem Planeten Teth. Ein Schatten-Klon – ein gehirngewaschener Doppelagent aus Doktor Hemlocks geheimer Attentäter-Einheit vom Berg Tantiss – schleicht sich in die Basis, tötet den Klon Greer und wird schließlich von Rex überwältigt.
In den Habseligkeiten des gefangenen Attentäters steckt ein hochverschlüsselter Datenspeicher, der sich als Zielregister entpuppt: Neben Senatorin Singh steht auch Omega darauf. Omega berichtet von einem Projekt, in dem sie und andere Klone im Zusammenhang mit M-Counts als Versuchsobjekte dienten – ohne dass sie je erfahren hatte, worum es dabei eigentlich ging.
Rex und Howzer rufen Clone Force 99 herbei, um mehr über den Berg Tantiss zu erfahren. Crosshair klärt die Gruppe auf: Ein Teil der Klone auf Tantiss blieb dem Imperium treu und wurde einem grausamen Konditionierungsprogramm unterzogen; den Überlebenden wurde die eigene Identität ausgelöscht, um sie zu verdeckten imperialen Attentätern zu machen.
Unterdessen wird ein weiterer Schatten losgeschickt, um den Gefangenen zu beseitigen. Der eingeschleuste Klon sprengt sämtliche Schiffe der Gruppe, und bei der folgenden Konfrontation löst ein Detonator aus und bringt den Raum zum Einsturz.
Die Folge endet mit dem Eintreffen imperialer Schiffe – angeführt von Commander Wolffe, der weiterhin dem Imperium die Treue hält.
