Nachdem Bruno Mannheim öffentlich gestanden hat, Lex Luthor einen Mord angehängt zu haben, kommt Luthor nach siebzehn Jahren aus dem Stryker's-Gefängnis frei. Rückblenden zeigen, wie er hinter Gittern Gefängnisdirektor William Ellis und Mithäftlinge wie Otis Grisham gefügig machte. In der Gegenwart lässt er Ellis die Nachricht seiner Entlassung hinauszögern – Luthor will unbemerkt agieren und hat vor allem mit Lois Lane eine Rechnung offen, die er für seine Jahre im Gefängnis verantwortlich macht.
In Smallville sorgt Jordan für Ärger: Weil er öffentlich mit seiner heimlichen Rolle als Superboy kokettiert, fühlt sich Sarah zu Unrecht zum Schweigen verpflichtet und beschwert sich bei Lana. Als Clark und Lois davon erfahren, nehmen sie Jordan auf Sam Lanes Rat den Anzug ab und verhängen ein Einsatzverbot.
Als ein gewaltiger Tornado über Smallville hereinbricht, holt sich Jordan seinen Anzug eigenmächtig zurück und hilft Superman, die Gefahr zu bannen. Die Öffentlichkeit feiert ihn, er geht im Netz viral – und der Streit mit seinen Eltern über die auferlegten Grenzen eskaliert am Abend erneut. Parallel spürt Jonathan, dass Feuerwehrmann Kyle ihn seit einem gemeinsamen Geheimnis anders behandelt.
Zum Ende taucht Luthor persönlich bei den Kents auf und fordert von Lois, sich zurückzuziehen. Gemeinsam mit Otis macht er sich anschließend auf die Suche nach dem sogenannten Inverse Superman – dem zur reißenden Bestie mutierten Bizarro tief unter Metropolis, den Luthor für seine Rachepläne einspannen will. Die vorletzte Folge der Staffel stellt damit alle Weichen für das große Finale.
