Das Staffelfinale bringt Ark One am ersehnten Zielplaneten an. Doch als Captain Garnet und ihre Crew sich in der dortigen Kolonie umsehen, schöpfen sie den Verdacht, dass etwas ganz und gar nicht stimmt. Parallel beschließt Strickland, seine vermisste Tochter auf eigene Faust zu retten.
Hinter der freundlichen Fassade steckt Evelyn Maddox' perfider Plan: Über Chip-Implantate, die den Neuankömmlingen als Teil der medizinischen Aufnahmeuntersuchung heimlich per Injektion verabreicht werden, will sie die gesamte Kolonie unter ihre Kontrolle bringen. Nahezu die komplette Crew von Ark One fällt dem Schema zum Opfer.
Erst dem Klon Ian und einer kleinen Gruppe von Widerständlern gelingt es, Maddox' Griff nach der Macht im letzten Moment zu durchkreuzen. Für Evelyn Maddox selbst endet der Machtkampf tödlich – ausgerechnet ihre eigene Tochter besiegelt deren Schicksal.
Zwischen all dem Chaos fallen private Entscheidungen: Kabir und Marsh kommen sich näher und küssen sich, woraufhin Marsh beschließt, bei Kabir zurückzubleiben, statt weiter auf Ark One zu dienen. Auch Ian entscheidet sich, an Garnets Seite zu bleiben.
Zum Schluss nimmt Garnet nach dem Sprung in den Überlichtflug Kontakt zu einer weiteren Kolonie auf – doch ihr Gegenüber warnt sie eindringlich, umzukehren, und rät ihr, nicht dorthin zu kommen. Ein düsterer Ausblick, der die Weichen für die nächste Staffel stellt.
