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Die zweite Staffel setzt unmittelbar nach der Explosion von Proxima B ein. Die Ark One ist schwer beschädigt, Systeme und Kommunikation sind ausgefallen, und Captain Garnet ist gemeinsam mit Lane, Brice und Alicia auf der abgeschnittenen Brücke eingeschlossen. Der Kontakt zum Rest des Schiffs ist unterbrochen.
Rettung naht von der benachbarten Ark 15: Ein Shuttle mit Kimi Joma, der Sicherheitschefin von Evelyn Maddox, soll die Brückencrew auf Maddox' Anweisung übernehmen. Doch die vier bestehen darauf, zuerst die übrige Besatzung zu retten. Damit steht die Crew vor einer schweren Entscheidung, ausgerechnet ihre ärgste Widersacherin Maddox um Hilfe zu bitten.
Maddox knüpft ihre Unterstützung an Bedingungen: Der FTL-Antrieb soll repariert und ein Kurs auf TRAPPIST-1 gesetzt werden. Weil eine Sauerstoffzelle fehlt, kann die Ark 15 statt der üblichen 400 nur 395 Personen aufnehmen, und schnell zeigt sich, dass Maddox längst nicht alle an Bord lassen will. Garnet kann sie immerhin überzeugen, Rückkehrer zur beschädigten Ark One zu entsenden.
Spencer und Brice kehren zum havarierten Schiff zurück, um Überlebende zu bergen. Brice findet Ava, die den Vorfall übersteht, während Spencer gemeinsam mit Strickland auf Angus und Cat stößt. Für die beliebte Figur Cat Brandice kommt jede Hilfe zu spät: Schwer verletzt haucht sie William Trust ihre letzten Worte entgegen und stirbt.
Der Episodentitel bezieht sich auf eine düstere Enthüllung: Maddox bezeichnet ihre Tochter Kelly als gescheitertes Experiment. Zugleich zeigt sich, dass Kellys Blut Angus' Wunden auffällig schnell heilen lässt, ein Hinweis darauf, dass Maddox' Menschenversuche eine zentrale Rolle für die weitere Staffel spielen werden.
Zu Beginn versucht Lieutenant Garnet, die neu an Bord genommenen Überlebenden der Ark-15 möglichst schnell in die Crew der Ark One zu integrieren. Das gestaltet sich schwierig: Nicht jeder ist glücklich über die Fremden. Eva ärgert sich darüber, dass ihre Arbeit nun kontrolliert wird, und Brice traut den Neuankömmlingen nicht über den Weg. Die Frage, ob sich unter ihnen Spione oder Maddox-Loyalisten verbergen, bleibt offen.
Eva steht unter Druck, den FTL-Antrieb wieder in Gang zu bringen. Ihr eingelagertes Ersatzmaterial wurde jedoch beim Vorfall am Lagerort beschädigt, sodass sie einen neuen Weg finden muss, um zur Ark-3 zurückzukehren und dort Teile zu bergen. Der Plan scheint aufzugehen – bis am Ende der Folge ein Defekt im elektrischen System auftritt und ein Blitz aus dem FTL-Antrieb durch das Schiff zu strömen beginnt.
Den Kern der Episode bildet Kellys Prozess. Sie lehnt den Namen Maddox ab und will nach ihrem Vater Fowler genannt werden. Dr. Marsh legt offen, dass Kelly ein Experiment ist: Sie wurde mit Verbesserungen ausgestattet, die ihr unter anderem einen stärkeren Arm und geschärfte Sinne verleihen. Für Garnet, selbst ein Klon, ist das zutiefst beunruhigend.
Im Verfahren tritt Strickland als Ankläger auf, Garnet als Richterin, und Marsh übernimmt schließlich die Verteidigung. Er kann Kellys Erinnerungen freischalten: Während des Angriffs auf die Ark-3 wurden ihre Enhancements aktiviert, und sie tötete auf Befehl ihrer Mutter. Garnet spricht sie dennoch schuldig, verhängt aber nicht die Todesstrafe – Kelly bleibt bis auf Weiteres inhaftiert.
Parallel dazu versetzt Strickland das Sicherheitsmitglied Jelena in die Krankenstation, auch um Dr. Marsh und die vielen Ark-15-Leute dort besser im Auge zu behalten. Dr. Kabir wird nach ihrer schweren Operation für eine Woche Bettruhe verordnet, während Marsh sich zunehmend als neuer Leiter der Med Bay positioniert.
Die Folge knüpft direkt an den Cliffhanger der Vorepisode an: Der Blitz aus dem FTL-Strom hat sich im Schiff festgesetzt und scheint über eine Art Bewusstsein zu verfügen. Zunächst steuert die Elektrizität auf Kellys Zelle zu und legt den Türmechanismus lahm.
Kelly nutzt die Gelegenheit nicht zur Rache, sondern will ihrem Leben ein Ende setzen. Strickland und die Ark-15-Angehörige Kimi öffnen die Tür, um sie daran zu hindern. Strickland nutzt den Moment, um Kelly zum Schicksal seiner Tochter zu befragen – ihre frühere Version der Geschichte war eine Lüge. Zwischen Strickland und der ehrgeizigen Kimi wächst derweil das Misstrauen, und es zeigt sich, dass Kimi nicht auf der Seite der Ark One steht, sondern es auf die Zugangscodes abgesehen hat.
Die lebendige Elektrizität wird zur zentralen Bedrohung. Nachdem sie ein Crewmitglied beinahe tötet und auch Alicia angreift, erkennt ausgerechnet die oft unterschätzte Alicia den Zusammenhang: Die Entladung sucht nach Nahrung – und ihre Nahrung ist weitere Elektrizität. Sie schlägt vor, das Phänomen in einer Box einzufangen.
Der riskante Plan verlangt, sämtliche Systeme inklusive der Lebenserhaltung abzuschalten, weshalb die Crew in Raumanzügen agieren muss. Eva baut die nötige Apparatur, und der Fang gelingt. Brice bringt die Box durch das Schiff zur Luke, um die Energie ins All zu entlassen; da sich die Ark One noch im FTL-Flug befindet, wird die Elektrizität in die FTL-Barriere zurückgeführt.
Zwischen den turbulenten Ereignissen finden Brice und Eva einen ruhigen, romantischen Moment. Am Ende verlässt die Ark One den FTL-Flug – doch die Ark-3 ist nicht am erwarteten Ort, und Brice verschwindet plötzlich spurlos, nur seine Kleidung bleibt zurück. Ein neuer Cliffhanger stellt die Crew vor ein Rätsel.
Ein rätselhaftes Phänomen bringt die Crew in Aufruhr: Lt. Brice löst sich vor aller Augen in Luft auf, während zeitgleich eine fremde Frau in einer Kryokammer erscheint.
Alicia stellt die Theorie auf, dass diese Frau aus einem Paralleluniversum stammt. Kelly folgert, dass Brice noch lebt – allerdings in der Welt der Fremden. Beim Verlassen des Überlichtflugs kreuzten sich offenbar zwei Versionen der Ark One.
Die Neuankömmlingin stellt sich als Catrina vor. In ihrer Realität lag sie mit ihrem Ehemann Trust im Kälteschlaf, Lane ist ebenfalls Commander und sein Vater noch am Leben. In ihrer Welt jedoch ist Brice tot – er opferte sich auf der Mondbasis, um zahllose Leben zu retten.
Die Folge kreist um Quantenmechanik und die Möglichkeit paralleler Universen und spielt durch, wie unterschiedliche Entscheidungen zu grundlegend verschiedenen Schicksalen führen.
Ark-1 erreicht das Wrack von Ark-3, um dringend benötigte Bauteile für die eigenen Reparaturen zu bergen – doch an Bord ist bereits jemand vor ihnen. William Trust liefert einen ersten Hinweis: Das an Ark-3 angedockte Shuttle gehört der Eastern Federation, jener Macht, gegen die ein großer Krieg geführt wurde und die vor allem für Kimi eine sehr persönliche Bedeutung hat.
Weil die Kamerabilder durch alte Schäden nur noch als Einzelaufnahmen in Intervallen ankommen, sieht es zunächst so aus, als sei Ark-3 von einer ganzen Armee besetzt. Beim Betreten des Schiffs zeigt sich das Grauen: Jemand hat die Leichen der Ark-3-Besatzung überall im Schiff aufgestellt, sodass sie lebendig wirken – das titelgebende „Museum des Todes“. Garnet stößt schließlich auf einen tatsächlich Lebenden, der zu fliehen versucht und gestellt wird.
Der Mann entpuppt sich als Evas Bruder. Er hatte sich der Eastern Federation angeschlossen, um seine Schwester zu finden, von der er wusste, dass sie auf einer der ersten drei Archen war. Die Föderation ließ ihn jedoch auf Ark-3 zurück, wo die lange Isolation ihn in den Wahnsinn getrieben hat. Ark-1 gelingt es, die Frontsektion von Ark-3 abzutrennen und am eigenen Schiff zu installieren – doch Evas Bruder überlebt nicht: Bei der Übertragung versucht er, zurück nach Ark-3 zu gelangen, und kommt dabei ums Leben.
Zuvor bringt die Crew ihn noch an Bord von Ark-1, wo er behandelt werden soll. Er ist jedoch vollständig von der Realität abgeschnitten, will nur zurück zu seiner „Frau“ und seinen „Freunden“ und droht, Evas Vergangenheit zu enthüllen. Das Gespräch führen die Geschwister auf Serbisch, das nur Jelena versteht; sie behält das Gehörte für sich. Immer deutlicher wird, dass Eva einst mit der Eastern Federation verbunden war – am Ende der Episode löscht sie heimlich ihren eigenen Eintrag aus dem System, der sechs Vorstrafen auswies.
Nebenbei kehrt der genesene Angus zu seinem Garten zurück, wird dort aber von einer Ark-15-Kollegin nicht als dessen Erbauer erkannt und für sein Bewässerungssystem sogar herablassend behandelt. Und Kelly erfährt von Trust, dass Maddox ihren Vater vergiftet hat – eine Nachricht, die sie traurig, aber angesichts ihrer Mutter nicht überrascht aufnimmt.
Nachdem die Ark One mit Ersatzteilen der verlassenen Ark Three repariert wurde, empfängt die Crew ein Notsignal von der bislang unbekannten Ark 8 – einem Erdschiff, das erst nach dem Kontaktabbruch der Ark One gestartet war. Das Signal führt zu Raynick-J, einem rötlichen, felsigen Planeten mit erdähnlicher, atembarer Atmosphäre, dessen hohe Strahlung ein Überleben allerdings nur wenige Wochen erlaubt. Zum ersten Mal überhaupt betritt die Crew eine echte Planetenoberfläche.
Auf Raynick-J trifft das Team auf Überlebende der Ark 8 – und macht eine erschütternde Entdeckung: Einer von ihnen, ein Mann namens Ian, sieht exakt aus wie Lieutenant Spencer Lane. Lane erfährt nicht nur, dass er einen Klon hat, sondern dass er selbst ein Klon ist. Während der aufgeschlossene Ian die Begegnung mit seinem „Labor-Bruder“ gelöst nimmt, stürzt der sonst angespannte Lane in eine existenzielle Krise.
Die friedlichen Ark-8-Überlebenden kommen als Flüchtlinge an Bord der Ark One, während sich die aggressiveren Gen-3-Klone als Bedrohung erweisen. Nebenbei wird Kelly endlich die tickende „Zeitbombe“ aus dem Gehirn entfernt, die Crew birgt aus dem Wrack der Ark 3 nostalgische Erinnerungsstücke von der Erde – darunter eine Akustikgitarre für Brice –, und Angus und Alicia besiegeln ihre Beziehung mit einem Kuss. Zugleich entdecken die beiden, dass Hunderte Schiffe die Erde verließen, darunter drei bewaffnete Schiffe der Ostföderation.
Die Folge endet mit einem Cliffhanger: Während die Ark One einen zweiten Landeanflug plant, geht an der vorgesehenen Landestelle eine gewaltige, atomar anmutende Explosion nieder. Ob die verbliebenen, genetisch instabilen Gen-3-Klone dabei ausgelöscht wurden – und wer die Detonation verursacht hat –, bleibt vorerst offen.
Seit Captain Sharon Garnet die Überlebenden von Evelyn Maddox’ Schiff Ark 15 an Bord genommen hat, verhalten sich zwei von ihnen auffällig: Die Bioshelter-Assistentin Lati Meir und die Sicherheitsspezialistin Kimi Joma tauschen immer dann vielsagende Blicke, wenn Wartungschefin Eva Markovic in der Nähe ist. In dieser Folge überlebt Eva zwei Mordanschläge – und der Grund für die Feindseligkeit kommt schließlich ans Licht.
Zunächst übernimmt jemand die Kontrolle über Kelly Fowlers verstärkte Implantate und zwingt sie, aus ihrer Zelle zu fliehen und Eva beinahe zu erwürgen. Nur ein blitzschnelles Bio-Hacking von William Trust holt Kelly rechtzeitig aus ihrem Schläfer-Zustand. Kaum überstanden, entgeht Eva knapp einem zweiten Anschlag: einer Vergiftung mit Rizin. Angus und Garnet finden heraus, dass Lati das Gift heimlich aus Rizinuspflanzen im Bioshelter gewonnen hat.
Als Lati merkt, dass ihr die Crew auf der Spur ist, flieht sie und nimmt in ihrer Verzweiflung Alicia als Geisel – erneut mit der ferngesteuerten Kelly als Waffe – und fordert freien Abzug mit dem Shuttle. Garnet und Sicherheitschef Felix befreien Kelly im letzten Moment aus Latis digitalem Griff, retten Alicia und vereiteln die Flucht.
Danach wird Evas dunkles Geheimnis enthüllt: Kimi gesteht, dass sie und Lati verdeckte Jäger sind, die auf jedem Ark-Schiff eingeschleust wurden, um untergetauchte Agenten der finsteren Ostföderation aufzuspüren. Eva selbst war einst eine Operative der Ostföderation – ein Umstand, den sie zuvor durch das Löschen ihrer eigenen Personalakte zu verbergen suchte. Während Kimi beteuert, man habe Eva nur vor Gericht stellen wollen, hatte Lati sie eigenmächtig töten wollen.
Der Schaden ist angerichtet: Lieutenant Lane schreit Eva an, Garnet begegnet ihr eiskalt, und ihr Partner Brice ist von der Enthüllung so erschüttert, dass er in Tränen ausbricht. Nebenbei kommen sich Angus und Alicia näher, Dr. Kabir hält Dr. Marshs Annäherungen weiter auf Distanz, und Lane erfährt von seinem Klon Ian eine verstörende Wahrheit über das Klonprogramm der Erde: Die Klone wurden zur Organgewinnung geschaffen. Die Folge endet mit Eva in Ungnade – und Kimi mit einem zufriedenen Lächeln.
Milos und die Klone der zweiten Generation schleusen ein Betäubungsmittel aus zermahlenen Pillen in das Lüftungssystem der Ark-1 und legen so nahezu die gesamte Besatzung schlafend. Ihr Ziel: sich mit allen Mitteln die Freiheit zu erkämpfen und eine eigene Klon-Kolonie auf einem eigenen Planeten zu gründen.
Captain Garnet, selbst eine Klonin, hält dem Betäubungsmittel länger stand als die übrige Crew. Bevor auch sie das Bewusstsein verliert, findet sie die Fernsteuerung für Kellys Augmentierungen und schaltet sämtliche Fähigkeiten frei.
Mit voller Kraft kämpft sich Kelly zur Krankenstation durch und weckt einen Kern der Besatzung wieder auf. Gemeinsam mit den Ärzten Kabir und Marsh entsteht der Plan, ein Gegenmittel als Aerosol herzustellen, um das gesamte Schiff wieder zu wecken.
Am Ende werden die Meuterer überwältigt und die Kontrolle über die Ark-1 kehrt zur rechtmäßigen Besatzung zurück.
Ein Kriegsschiff der Eastern Federation (EF) hat seine Waffen auf die Ark-1 gerichtet. Garnet lässt das Schiff in letzter Sekunde per Überlichtsprung fliehen, bevor die Kanone der EF feuern kann.
An Bord sorgt Eva für Unruhe, als sie behauptet, die Eastern Federation sei nicht der reine Bösewicht, für den man sie hält. Beim damaligen Angriff auf die Mondbasis habe die EF verhindern wollen, dass die GSA eine Biowaffe fertigstellt. Lane weigert sich, davon etwas zu hören – sein Vater sei bei jenem Angriff als Held gestorben.
Um die Ark-1 und ihre Besatzung zu retten, sieht sich Garnet gezwungen, mit dem Captain der Eastern Federation zu verhandeln. Das Gespräch entwickelt sich zu einer heiklen Gratwanderung, bei der viel auf dem Spiel steht.
Der Konflikt eskaliert durch Verrat: Lane, eine der Figuren der ersten Stunde, kommt ums Leben und stürzt die Ark-1 damit in eine noch bedrohlichere Lage.
Die Folge beginnt mit einer Trauerfeier mit allen Ehren für Lieutenant Spencer Lane, der sich in der Vorwoche opferte, um Frieden zwischen Ark One und der Eastern Federation zu stiften. Captain Sharon Garnet und die gesamte Crew ringen mit dem Verlust. Um sich abzulenken, konzentrieren sie sich auf die Mission: den FTL-Sprung Richtung Trappist-Planetensystem, wo die Menschheit eine neue Heimat finden soll.
Beim Sprung versagt Ark Ones FTL-Antrieb: Ein blauer Energiestoß trifft Garnet, Ian – Lanes Klon – und Dr. Marsh und versetzt die drei ins Koma. Lieutenant Brice übernimmt das Kommando. Garnet und Ian erwachen jedoch in einer scheinbar realen, menschenleeren Version von Ark One, abgeschnitten von der übrigen Crew. Als Marsh plötzlich verschwindet, begreifen sie, dass sie in einem gemeinsamen Traumzustand gefangen sind.
In diesem Traum vergeht die Zeit völlig anders: Während auf dem echten Schiff nur Stunden verstreichen, altern Garnet und Ian über Jahrzehnte. Allein miteinander verlieben sich die beiden, heiraten und werden gemeinsam alt. Für Garnet wird Ian zugleich zum Trost über den Verlust Lanes, dessen Klon er ist und dem sie ihre Gefühle nie gestehen konnte.
Auf dem echten Schiff findet Marsh die Lösung: Sein Hirnimplantat lässt sich mit den Gehirnwellen der beiden Komapatienten koppeln. Doch um zu erwachen, müssen Garnet und Ian in ihrem Traum sterben. Als greise Eheleute nehmen sie in einem letzten Abschied voneinander Abschied, schleusen sich in die Luftschleuse und stoßen sich gemeinsam ins All.
Der Plan gelingt: Garnet und Ian erwachen nach nur 36 Stunden Koma zurück auf dem echten Ark One. Wie viel sie von ihrem Traum-Leben behalten, bleibt offen – doch Garnet greift instinktiv nach Ians Hand. Am Ende weint sie über einem Foto von Lane und flüstert: „Du hättest es sein sollen.“ Schließlich repariert Ark One seinen Antrieb und setzt die Reise zum Trappist-System fort.
Nach der langen Reise fällt die Ark One aus dem Überlichtflug und erreicht das Trappist-1-System – jenen Zielort, an dem die Crew auf dem Planeten Trappist-1d eine neue Heimat finden will. Alicia gibt der Besatzung einen Überblick über die dortigen Bedingungen, und der ersehnte Neuanfang scheint zum Greifen nah.
Dann jedoch explodiert unvermittelt der Reaktor. Maija wirft sich vor Alicia und fängt den Dampfstoß ab. Dr. Kabir kann Entwarnung geben, was Alicia betrifft – ihre Verbrennungen sind leicht und heilen wieder. Maijas Verletzungen dagegen sind deutlich schwerer.
Hinter dem Unglück steckt mehr als ein technischer Defekt: Ein Unbekannter erpresst Felix mit der Nachricht, dass seine totgeglaubte Tochter noch lebt und in der Gewalt des Erpressers ist. Wie sich zeigt, wurde zuvor bereits Maija in das Komplott hineingezogen – der Erpresser nutzte ihren als Geisel gehaltenen Bruder als Druckmittel. Das Ziel des Drahtziehers: William Trust an Bord der Ark One zu töten.
Als klar wird, dass der Erpresser sich auf Trappist-1d befindet, spitzt sich die Lage zu. Strickland wird vor eine nahezu unmögliche Entscheidung gestellt, die seine Standhaftigkeit und den Zusammenhalt der gesamten Crew auf eine harte Probe stellt.
Das Staffelfinale bringt Ark One am ersehnten Zielplaneten an. Doch als Captain Garnet und ihre Crew sich in der dortigen Kolonie umsehen, schöpfen sie den Verdacht, dass etwas ganz und gar nicht stimmt. Parallel beschließt Strickland, seine vermisste Tochter auf eigene Faust zu retten.
Hinter der freundlichen Fassade steckt Evelyn Maddox' perfider Plan: Über Chip-Implantate, die den Neuankömmlingen als Teil der medizinischen Aufnahmeuntersuchung heimlich per Injektion verabreicht werden, will sie die gesamte Kolonie unter ihre Kontrolle bringen. Nahezu die komplette Crew von Ark One fällt dem Schema zum Opfer.
Erst dem Klon Ian und einer kleinen Gruppe von Widerständlern gelingt es, Maddox' Griff nach der Macht im letzten Moment zu durchkreuzen. Für Evelyn Maddox selbst endet der Machtkampf tödlich – ausgerechnet ihre eigene Tochter besiegelt deren Schicksal.
Zwischen all dem Chaos fallen private Entscheidungen: Kabir und Marsh kommen sich näher und küssen sich, woraufhin Marsh beschließt, bei Kabir zurückzubleiben, statt weiter auf Ark One zu dienen. Auch Ian entscheidet sich, an Garnets Seite zu bleiben.
Zum Schluss nimmt Garnet nach dem Sprung in den Überlichtflug Kontakt zu einer weiteren Kolonie auf – doch ihr Gegenüber warnt sie eindringlich, umzukehren, und rät ihr, nicht dorthin zu kommen. Ein düsterer Ausblick, der die Weichen für die nächste Staffel stellt.