Die zweite Folge der dritten Staffel knüpft unmittelbar an den Tod von James Brice aus dem Auftakt an. Noch während die Crew von Ark One trauert, reißt Admiral Ben Hammond kurzerhand das Kommando an sich. Erst als Ian ihn auf seine Kompetenzüberschreitung hinweist, tritt er zurück – so überstürzt allerdings, dass in der Mannschaft der Verdacht bleibt, seine Ambitionen seien keineswegs verflogen. Sharon Garnet verschärft die Lage zusätzlich, indem sie ausgerechnet Ben zu ihrem Stellvertreter macht und damit mehrere loyale Crewmitglieder übergeht, die sich dieses Vertrauen härter erarbeitet haben.
Für neuen Konflikt sorgt der Kontakt mit Ark 22, das verlangt, Sharon und Ian an Bord zu schicken. Ben will die beiden nicht ziehen lassen, da die vorangegangene Rettungsmission bereits zwei Leben gekostet hat, um ein einziges zu retten. Als Alicia die Schutzschilde und Waffensysteme nicht auf das von Ben geforderte Niveau bringen kann, greift die Crew zu einem drastischen Mittel: Sie schaltet den Admiral aus und übernimmt selbst die Kontrolle über das Schiff.
Dieser Alleingang führt Sharon und Ian direkt in Gefahr, denn Ark 22 ist vollständig von Klonen bevölkert. Über das Schiff verteilt finden sich mehrere Versionen vertrauter Gesichter, darunter Duplikate, die in einer völlig anderen Umgebung als die Originale aufgewachsen sind. Ihr Anführer, ein Klon namens Drake, scheint der einzige seiner Art an Bord zu sein – was beunruhigende Fragen aufwirft, was mit den übrigen Drake-Klonen geschehen ist und warum er so gezielt an Sharon interessiert ist.
Am Boden erweist sich Homebase 1 als kaum stabiler. Eine heimliche Affäre zwischen Ves und dem neuen Sheriff der Kolonie, Milan, bringt zusätzliche Spannung in die Gruppe – vor allem, als sich herausstellt, dass Milan der Ex-Mann von Dr. Kabir ist. Diese Verbindung überrascht Kabir und Dr. Marsh gleichermaßen.
Parallel geraten Angus und Kelly in ein fremdartiges, höhlenartiges System voller kreischender Geräusche, grün leuchtender Lichter und einer Tür, hinter der sich eine Lavagrube auftut. Felix macht sich auf, um herauszufinden, was mit den beiden passiert ist, während Ves und Milan bereits eine Ahnung zu haben scheinen, wo sie gelandet sind.
Der hoffnungsvollste Handlungsstrang dreht sich um Brice selbst, dessen Leichnam verschwunden ist, statt eindeutig für tot erklärt zu werden. Evas kryptische Bitte um das Überwachungsmaterial deutet an, dass hinter ihrer Suche mehr steckt – und dass Brice womöglich noch am Leben ist. Am Ende der Folge stehen damit gleich mehrere offene Fäden: eine Meuterei an Bord, eine Armee von Klonen mit unklaren Motiven und ein langsam köchelndes Rätsel auf Homebase 1.
