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Die dritte Staffel von The Ark setzt unmittelbar nach dem Finale der zweiten Staffel ein. Die Überlebenden haben auf dem Planeten Ross-128 mit Homebase 1 eine erste Kolonie gegründet, doch von Sicherheit kann keine Rede sein. Die Folge teilt ihre Handlung auf zwei Schauplätze auf: Captain Sharon Garnet bricht mit der Ark One zu einer Such- und Rettungsmission auf, um vermisste Überlebende zu finden, während der Rest der Gruppe versucht, die junge Kolonie am Laufen zu halten.
Schon der Titel „I Told You Not to Come“ deutet die Warnung an, die die Ark One erreicht, als sie sich dem Planeten nähert: Ross-128 ist alles andere als ungefährlich. Dennoch setzt die Crew ihren Kurs fort. Das zentrale Wagnis der Episode führt das Außenteam in ein einsturzgefährdetes Gebäude, in dem es nach Überlebenden sucht – und stattdessen auf Leichen stößt, die von einem unbekannten Angreifer regelrecht zerteilt wurden.
Der Angreifer entpuppt sich als eine Art spinnenartiges außerirdisches Wesen. Bei dem Einsatz kommt Lieutenant James Brice ums Leben – einer der Charaktere der ersten Stunde. Sein Tod trifft die Zuschauer unvorbereitet und markiert einen der brutalsten Einschnitte, den die Serie bis dahin gewagt hat.
Für Captain Garnet wiegt der Verlust doppelt schwer: Erst in der vorangegangenen Staffel hatte sie Lieutenant Spencer Lane verloren, nun kommt mit Brice ein weiterer enger Weggefährte hinzu. Die sich häufende Trauer prägt ihre Figur und gibt der Staffel früh einen Ton, der stärker als zuvor auf Verlust und Konsequenz setzt.
Parallel dazu macht die Kolonie eine beunruhigende Entdeckung, die neue Zweifel weckt, ob der Planet, den die Crew zur neuen Heimat erklärt hat, tatsächlich so sicher ist wie erhofft. Die Premiere verknüpft damit einen Handlungsstrang um ein außerirdisches Artefakt, der auf einer realen wissenschaftlichen Hypothese aus der SETI-Forschung fußt – der Annahme einer früheren indigenen technologischen Spezies.
Die zweite Folge der dritten Staffel knüpft unmittelbar an den Tod von James Brice aus dem Auftakt an. Noch während die Crew von Ark One trauert, reißt Admiral Ben Hammond kurzerhand das Kommando an sich. Erst als Ian ihn auf seine Kompetenzüberschreitung hinweist, tritt er zurück – so überstürzt allerdings, dass in der Mannschaft der Verdacht bleibt, seine Ambitionen seien keineswegs verflogen. Sharon Garnet verschärft die Lage zusätzlich, indem sie ausgerechnet Ben zu ihrem Stellvertreter macht und damit mehrere loyale Crewmitglieder übergeht, die sich dieses Vertrauen härter erarbeitet haben.
Für neuen Konflikt sorgt der Kontakt mit Ark 22, das verlangt, Sharon und Ian an Bord zu schicken. Ben will die beiden nicht ziehen lassen, da die vorangegangene Rettungsmission bereits zwei Leben gekostet hat, um ein einziges zu retten. Als Alicia die Schutzschilde und Waffensysteme nicht auf das von Ben geforderte Niveau bringen kann, greift die Crew zu einem drastischen Mittel: Sie schaltet den Admiral aus und übernimmt selbst die Kontrolle über das Schiff.
Dieser Alleingang führt Sharon und Ian direkt in Gefahr, denn Ark 22 ist vollständig von Klonen bevölkert. Über das Schiff verteilt finden sich mehrere Versionen vertrauter Gesichter, darunter Duplikate, die in einer völlig anderen Umgebung als die Originale aufgewachsen sind. Ihr Anführer, ein Klon namens Drake, scheint der einzige seiner Art an Bord zu sein – was beunruhigende Fragen aufwirft, was mit den übrigen Drake-Klonen geschehen ist und warum er so gezielt an Sharon interessiert ist.
Am Boden erweist sich Homebase 1 als kaum stabiler. Eine heimliche Affäre zwischen Ves und dem neuen Sheriff der Kolonie, Milan, bringt zusätzliche Spannung in die Gruppe – vor allem, als sich herausstellt, dass Milan der Ex-Mann von Dr. Kabir ist. Diese Verbindung überrascht Kabir und Dr. Marsh gleichermaßen.
Parallel geraten Angus und Kelly in ein fremdartiges, höhlenartiges System voller kreischender Geräusche, grün leuchtender Lichter und einer Tür, hinter der sich eine Lavagrube auftut. Felix macht sich auf, um herauszufinden, was mit den beiden passiert ist, während Ves und Milan bereits eine Ahnung zu haben scheinen, wo sie gelandet sind.
Der hoffnungsvollste Handlungsstrang dreht sich um Brice selbst, dessen Leichnam verschwunden ist, statt eindeutig für tot erklärt zu werden. Evas kryptische Bitte um das Überwachungsmaterial deutet an, dass hinter ihrer Suche mehr steckt – und dass Brice womöglich noch am Leben ist. Am Ende der Folge stehen damit gleich mehrere offene Fäden: eine Meuterei an Bord, eine Armee von Klonen mit unklaren Motiven und ein langsam köchelndes Rätsel auf Homebase 1.
Die Folge führt die beiden Handlungsstränge der Staffel parallel weiter. Im All sitzen Sharon Garnet und Ian auf der klongefüllten Ark 22 fest, die sich im Überlichtflug befindet, während Admiral Hammond auf der Ark One nur allzu bereitwillig das Kommando übernimmt und die beiden fast zurücklässt. Garnet und Ian müssen mit Köpfchen einen Weg von Bord finden.
Auf der Kolonie Homebase 1 erschüttert eine mysteriöse Explosion die Siedlung. Eva geht dem Tod von Brice nach, während Trust sie mit einem Ablenkungsmanöver rund um die Wasserstelle der Kolonie auf eine falsche Fährte zu locken versucht. Zugleich fällt Trust auf, dass ein hereingebrachter Mann Angus' Kleidung trägt.
Angus und Kelly sind seit dem Angriff zu Beginn der Staffel gefangen. Angus erkennt, dass die zerbrochenen Felsen ein zu lösendes Rätsel sind, und liefert damit einen Hinweis auf die indigene Bevölkerung des Planeten, die die Ark-Überlebenden offenbar sabotiert. Garnet gerät zudem mit Kimi und Alicia aneinander, nachdem diese sich Hammonds Befehlen widersetzt haben.
Die größte Enthüllung kommt zum Schluss: Sharon ist ein Gen-3-Klon – eine Generation, die für schwere psychische Störungen bekannt ist. Das rückt vieles über Garnets Vergangenheit in neues Licht und wirft zugleich Fragen über Hammond auf, dessen Akte zwar seinen Rang als Admiral bestätigt, an dem aber etwas nicht stimmt.
Auf Homebase-1 erliegt der Ehemann von Dr. Sanjivni Kabir seinen Verletzungen. Im entscheidenden Moment zögert Damir, ehe er doch versucht, das Leben zu retten – vergeblich, denn die Verletzungen sind zu schwer. Sein Zögern droht die Gemeinschaft weiter zu spalten.
Parallel geht Felix gemeinsam mit Kelly der Frage nach, was mit Admiral Hammond geschah, dessen Leichnam im Wald aufgetaucht ist. Ves nutzt die Ermittlungen, um einen angesehenen Bewohner als vermeintlichen Mörder dastehen zu lassen.
Angus will verstehen, wie auf diesem Planeten menschenähnliche Aliens sowie erdähnliche Flora und Fauna entstehen konnten. Mit Alicia sammelt er im Wald Proben – und stellt fest, dass jeder Grashalm und jeder Vogel exakt einer irdischen Art entspricht. Das Leben von der Erde hat hier Wurzeln geschlagen, und die Aliens könnten genetische Verwandte der Menschheit sein.
Im All zeigt Eva Captain Garnet ihre Funde, woraufhin diese die Crew der Ark-1 zurück nach Ross beordert: Brice könnte noch leben und das Hilfssignal aus einem verfallenen Gebäude gesendet haben. Vor Ort finden sie nur Trümmer und folgen dem Signal ins Umland, wo dieselbe unterirdische Alien-Struktur wie bei Homebase-1 verborgen liegt. In den Tunneln hängt der bewusstlose Brice, über Ranken mit der Wand verbunden.
Die Crew befreit ihn, doch beim Rückweg greifen die Ranken nach den Frauen des Außenteams; Ian und Brice können sie befreien und zurück zum Schiff bringen. Brice ist überzeugt, dass Dr. Morozov irgendwie überlebt hat – obwohl er ihren Körper gesehen hat und ihr Bild ihn immer wieder heimsucht.
„Déjà Vu“ bildet die Mitte der zwölfteiligen dritten Staffel und teilt die Handlung wie gewohnt auf zwei Schauplätze auf. Auf dem Rückweg von Ross ändert Ark-1 den Kurs, um einem Notsignal zu folgen. Während die Crew eine ruhige Phase genießt – Garnet und Ian kommen sich näher, und Brice deutet die Erscheinung von Dr. Morozov als eine Art Echo von Homebase-1 –, stößt das Schiff am Notrufsender auf Trümmer, die von einer Ark stammen.
Noch bevor die Besatzung bestimmen kann, um welches Schiff es sich handelt, gerät Ark-1 in eine Kettenreaktion und explodiert – nur um kurz darauf an denselben Punkt zurückzukehren und den Ablauf von Neuem zu beginnen. Die Crew steckt in einer Zeitschleife. Laut dem Avatar von Dr. Morozov hat sich der Vorgang bereits rund 230-mal wiederholt, und jeder Versuch, dem Muster zu entkommen, führt zurück an den Anfang.
Trotz aller Bemühungen bricht die Schleife bis zum Ende nicht auf: Die Weltraum-Handlung schließt ungelöst, die Besatzung bleibt scheinbar dauerhaft gefangen, und woher die Trümmer genau stammen und was den Kreislauf auslöst, lässt die Folge bewusst offen.
Parallel herrscht auf Homebase-1 Chaos. Strickland entgeht Attentätern, die ihn töten sollen, und kann fliehen. Das bringt Avega dazu, sich mit der klugen Alicia zusammenzutun, um mehr über Ves und die Vorgänge in der Kolonie herauszufinden. Die beiden decken auf, dass Ves und die Attentäter zu einer geheimen Gruppe namens Black Thorn gehören, hinter der zwielichtige Machenschaften stecken. Am Ende ringen sie Ves ein Geständnis ab und stellen sie – vorerst – zur Rede.
Zugleich vertiefen sich die Rätsel um die parallele Entwicklung von Mensch und Tier auf dem Planeten. Das weckt erneut Mister Trusts Interesse und führt ihn zurück zu der Tafel, deren veränderter Text Angus und Alicia zu den „musikalischen Türmen“ über den Tunneln führt. Als Kelly ihre Implantate einsetzt, um die Klangwellen besser zu erfassen, löst das eine englische Übersetzung der Tafeln aus, die von echter Gefahr kündet – ein Ausblick auf die zweite Staffelhälfte.