Mit der Rückkehr von Ark-1 nach Homebase-1 rücken die Konflikte auf dem neuen Planeten in den Mittelpunkt. Zed erfährt, dass sein Sohn an Bord des abgestürzten EF-1-Schiffs war; die kurze Hoffnung auf Überlebende zerschlägt sich, und aus seiner Trauer droht Wut zu werden. Lieutenant Garnet steht ihm bei und hilft ihm, mit Schuld und Verlust umzugehen.
Gemeinsam nehmen Garnet und Zed die Spur von Ves auf, einem Mitglied der bislang nur gerüchteweise bekannten Gruppe Black Thorn. Als das Team Ves stellt, klärt sich ein Rätsel, während ein neues aufbricht: Ves hat aus Vorurteil das Feuer auf eine Gruppe unbewaffneter Menschen eröffnet und die Toten vergraben – doch Black Thorn hat die EF-1 nicht abgeschossen. Die wahren Verantwortlichen bleiben im Dunkeln.
Damit verlagert sich der Verdacht auf die indigene Bevölkerung von Homebase-1. Vieles deutet darauf hin, dass sie – geplagt von den Geräuschen der Generatoren und Zeuge des Angriffs auf unbewaffnete Zivilisten – das EF-Schiff heruntergeholt hat. Eine Konfrontation rückt näher, die zur ersten interstellaren Bedrohung der Menschheit werden könnte.
Parallel spitzt sich Brices Lage zu: Die Entität Doc, ein Avatar von Doctor Morozov, verstärkt über einen Chip ihren Griff auf seinen Verstand. Beinahe verletzt er Eva, bevor Alicia und Eva erkennen, dass ein biometrisches Programm in seinem Gehirn sitzt. Brice löscht es – doch beim Verschwinden nimmt Doc ihm die Erinnerung an Eva und ihre gemeinsame Liebe. Auch Dr. Kabir trauert um ihren verstorbenen früheren Partner, was die Spannungen mit Dr. Marsh verschärft, während Kelly und Angus in der Tunnelkolonie der Aliens vor eine folgenschwere Aufgabe gestellt werden.
