Der Auftakt der dritten Staffel beginnt mit einem Albtraum: Während der Schlacht um die Erde rennt Marcus Finn durch die schwer beschädigte Orville, findet seinen Bruder Ty und Isaac, dessen Gesicht sich plötzlich in eine monströse Fratze verzerrt – dann erwacht Marcus schweißgebadet. In der Gegenwart liegt die Orville zur umfassenden Überholung im Dockyard der Union in der Erdumlaufbahn. Die Wunden der Kaylon-Schlacht sind frisch, und nicht jeder an Bord ist bereit, Isaac dessen frühere Entscheidung gegen die Crew zu verzeihen.
Als Isaac die Kantine betritt, verlassen die anderen Offiziere kühl den Tisch. Nur die neu zugeteilte Ensign Charly Burke kehrt zurück und erzählt ihm vom Verlust ihrer besten Freundin Amanda auf der USS Quimby, die sich beim Kaylon-Angriff für Charly opferte, während über 300 Menschen starben. Sie gibt Isaac die Schuld und sagt, es mache die Crew krank, ihn anzusehen. Kurz darauf entdeckt Isaac in seinem Labor das Wort „MURDERER“, das jemand mit roter Farbe an die Wand gesprüht hat.
Sicherheitschefin Talla Keyali ermittelt; Captain Ed Mercer und Kelly Grayson sprechen mit Charly, die den Groll der Crew offen ausspricht. Ed räumt eigene Zweifel ein, hält Isaac angesichts der Kaylon-Bedrohung aber für unverzichtbar. Als Täter des Graffitis entpuppt sich Marcus Finn. Seine Mutter Claire stellt ihn zur Rede, doch Marcus bleibt uneinsichtig und erklärt, er wünsche sich Isaacs Tod. Isaac hinterlässt daraufhin eine Nachricht mit technischen Verbesserungen und guten Wünschen an die Familie Finn und nimmt sich mit einem verstärkten elektromagnetischen Puls das Leben. Yaphit stellt fest, dass der Schaden nicht zu reparieren ist.
Die Crew ringt mit dem Wissen, dass ihre Ablehnung Isaac in den Suizid getrieben hat. Claire trauert und unterbindet, dass Ty mit einer Isaac-Simulation spricht, um den Trauerprozess nicht zu verhindern. Erst ein Gespräch mit der Dakeeli Irillia, in deren Kultur Selbstmord als persönliche Entscheidung gilt, bringt John LaMarr auf eine Idee: In einem Chip aus Isaacs Kern steckt eine winzige Speicherzelle, die eine Wiederbelebung ermöglichen könnte – allerdings nur mithilfe eines Ingenieurs, der in vier Dimensionen sehen kann. Diese Fähigkeit besitzt allein Charly.
Charly weigert sich, Isaac zu helfen – für sie „verdient er es, tot zu sein“. Da greift eine Kaylon-Sphäre an. Die Orville flieht in die heftigen Zyklonstürme eines Planeten im Phycor-System; um die Verfolger abzuschütteln, lenkt Gordon Malloy ein mit Plasmatorpedos beladenes Shuttle fern und lässt es explodieren. Die Sphäre hält die Detonation für die Zerstörung der Orville und zieht ab. Weil die Zeit für Isaacs Rettung abläuft und Charly ein zweites Mal ablehnt, enthebt Ed sie des Dienstes.
In der Kantine sucht Marcus Charly auf und fleht sie an, Isaac zu retten; er gesteht, dass er der Grund für dessen Tod war und den Roboter in Wahrheit nicht wirklich sterben lassen wollte. Charly gibt nach und stellt Isaacs Systeme wieder her, betont ihm gegenüber jedoch, sie habe es nicht seinetwegen getan. Im anschließenden Gespräch ringt Claire Isaac das Versprechen ab, sich nicht erneut zu deaktivieren, und überzeugt ihn, dass die Crew ohne ihn nicht besser dran wäre – aus der Nähe sei es schwerer zu hassen. Später will Marcus Isaac im Labor etwas sagen, dreht sich dann aber wortlos um.
