Eine Rückblende führt nach Chile: Die junge Lara Croft sucht gemeinsam mit ihrem Mentor Conrad Roth die sagenumwobene Stätte des Jaguars. Zwischen tödlichen Fallen stoßen sie auf einen grün schimmernden Stein – doch der Triumph endet in einer Katastrophe, als Roth ums Leben kommt. Der Verlust prägt Lara tief und lässt sie an ihrer Rolle als Croft zweifeln.
Jahre später hat sich Lara von ihrer Familie und ihren Freunden entfremdet. Um mit der Vergangenheit abzuschließen, versteigert sie die Artefakte, die ihr verstorbener Vater einst zusammengetragen hat. Unterstützt wird sie aus der Ferne von ihrem technikversierten Freund Zip.
Bei einem dieser Stücke handelt es sich um den grünen Jade-Stein aus Chile. Ein hochgerüsteter Dieb – der geheimnisvolle Charles Devereaux – bricht ins Croft Manor ein und entwendet genau diesen Stein. Lara nimmt sofort die Verfolgung auf und jagt dem Dieb in einer halsbrecherischen Hetzjagd quer durch die Stadt hinterher, unter anderem auf dem Fahrrad.
Devereaux entkommt jedoch mit seiner Beute. Für Lara wird klar, dass der Stein weit mehr ist als ein Sammlerstück: Er gehört zu den sogenannten Peril Stones, die der Legende nach die Göttin Nu'wa aus den schlimmsten Lastern der Menschheit geschmiedet hat. Entschlossen, den Stein zurückzuholen und Devereauxs Plan zu durchkreuzen, macht sich Lara auf den Weg – der erste Schritt einer weltumspannenden Jagd.