In dieser alternativen Zeitlinie stürzt Ronan der Ankläger Thanos, bevor dieser die Infinity-Steine sammeln kann – und mit dem Titanen fällt auch Gamora. Allein zurückgeblieben, findet Nebula bei Nova Prime und den Nova Corps eine neue Heimat. Als Ronan Xandar ins Visier nimmt, riegelt Nova Prime den Planeten mit einem Schutzschild ab, der Xandar für fünf Jahrzehnte vom Universum trennt. Die erzwungene Isolation lässt die Metropole verrohen und in Kriminalität versinken.
Der Fall beginnt mit einem Toten: In einer regnerischen Gasse findet Nebula die Leiche ihres früheren Verbündeten Yondu Udonta. Anders als ihr Vorgesetzter Garthan Saal, der den Tod als das Ende eines Kriminellen abtut und den Tatort räumen lässt, ist Nebula überzeugt, dass Yondu ermordet wurde. Sie nimmt die Ermittlungen selbst in die Hand.
Eine Aufnahme von Yondus Pfeifen führt sie zu dessen Yaka-Pfeil, der ein Hologramm rätselhafter Schaltpläne auslöst. Nova Prime warnt Nebula über eine gesicherte Leitung, dass Xandar die nächste Morgendämmerung nicht überstehen werde, und drängt sie, der Spur zu folgen. In einem Untergrund-Casino trifft sie auf den Barkeeper Korg und den Besitzer Howard the Duck; Korg erkennt in den Plänen den alten Mainframe-Kern der Stadt, der auch den Quellcode für den Schildgenerator enthält – der Grund, warum Yondu sterben musste.
Verrat und ein riskanter Plan
Um die Codes zu vernichten, befreit Nebula den inhaftierten Kree-Soldaten Yon-Rogg und dringt mit ihm in den Datenkern ein. Doch Yon-Rogg verrät sie, zieht die Daten über einen Chip aus ihrem Kopf und lässt sie im überhitzenden, gefluteten Kern zurück. Nebula entkommt knapp – nur um zu erfahren, dass auch ihr Vorbild Nova Prime am Verrat beteiligt ist: Sie will Xandar an Ronan übergeben, im Tausch gegen eine Führungsposition.
Von den eigenen Leuten für tot gehalten, kehrt Nebula zum Casino zurück, wo Howard, Korg und Groot sie wieder zusammensetzen. Mit ihrer neuen Truppe stürmt sie das Nova-Corps-Hauptquartier. Dort offenbart sie ihren letzten Trumpf: Die Codes, die sie Yon-Rogg überlassen hatte, waren manipuliert. Der Schild öffnet sich nur kurz und schließt sich dann über Ronans Flotte, die dabei vernichtet wird. Nova Prime versucht zu fliehen, will lieber vom Dach stürzen als Hilfe von einer „Maschine" annehmen, und kommt dabei ums Leben.
Am Ende verteidigt Nebula Xandar weiter – diesmal aber nicht allein. Der Watcher deutet an, dass dieser Verlust sich anders anfühlt als der Tod von Vater und Schwester: hoffnungsvoller, denn nun hat Nebula ihre eigene kleine Gemeinschaft gefunden.