Der Auftakt der dritten Staffel spielt in einer Realität, in der der Hulk Monster über die Erde losgelassen hat. Iron Man reagierte darauf, indem er ein Team gigantischer Kampfroboter erschuf. Der sogenannte "Gamma-Krieg" nahm seinen Anfang, als Sam Wilson in Washington nicht auf Steve Rogers, sondern auf Bruce Banner traf. Sam überzeugte Bruce, an seiner Selbsthilfegruppe teilzunehmen, um das Trauma des Hulk-Daseins zu verarbeiten, und die beiden freundeten sich an.
Als Bruce eines Tages vor Sam die Kontrolle verliert und sich verwandelt, flieht er und versucht, den Hulk ein für alle Mal loszuwerden. Doch die zusätzliche Gammastrahlung erschafft einen zweiten, monströsen "Apex"-Hulk, der sich von Banner abspaltet, zur wütenden Bestie wird und eine ganze Armee hervorbringt.
Zehn Jahre später führt Sam Wilson als Captain America ein Team von Helden an – darunter Monica Rambeau, Bucky Barnes, Moon Knight, Red Guardian, Melina Vostokoff, Shang-Chi und Nakia. Als der totgeglaubte Apex zurückkehrt, entdecken Sam und Monica dies in der Arktis. Widerstrebend sucht Sam den zurückgezogen lebenden Bruce auf den Astra-Inseln auf.
Der Mighty Avenger tritt an
Bruce weigert sich, selbst in den Kampf zu ziehen, überlässt Sam aber das "Mighty Avenger"-Protokoll: Damit können sich die einzelnen Mechs zu einem einzigen riesigen Roboter-Avenger zusammenschließen, den Banner ursprünglich zur Bekämpfung des Hulk entworfen hatte. Das Team schaltet die Gamma-Bestien aus, doch gegen den Apex versagt der Koloss – jeder Treffer lässt nur dessen Gammawerte steigen und legt am Ende die Systeme des Mechs lahm.
Als der "Mighty Avenger" schließlich fällt, greift Bruce Banner doch noch ein: Er wirft sich als lebender Gamma-Kern ins Gefecht und verwandelt sich in den godzillagleichen Mega Hulk. Mit Sams Unterstützung besiegt Mega Hulk den Apex, wird zum neuen Alpha und führt die übrigen Hulks ins Meer zurück auf seine Insel, um dort in Frieden zu leben.