Commander Sinclair ist als Botschafter zu den Minbari versetzt worden. Captain John Sheridan, ein Kriegsheld im Kampf gegen die Minbari, übernimmt das Kommando über Babylon 5. Da greift ein abtrünniger Raumkreuzer der Minbari an.
G’Kar sieht die Rückkehr der Finsternis voraus, doch niemand will ihm Glauben schenken. Londo verstrickt sich unterdessen immer tiefer in Mordens Intrigen. Dunkle Zeiten stehen Babylon 5 und der ganzen Galaxie bevor.
Die geheimnisvollen Techno-Magier versammeln sich auf Babylon 5. Londo versucht sofort, sich ihre Zauberkräfte dienstbar zu machen. Captain Sheridan befördert Susan Ivanova zum Commander. Sie soll diplomatische Aufgaben übernehmen und die Drazi, die sich erbitterte Kämpfe liefern, befrieden.
Auf dem Weg in die Randzonen dockt das Forschungsraumschiff Cortez auf Babylon 5 an. Als die Cortez unter dem Kommando von Captain Jack Maynard ihre Reise fortsetzt, strandet sie im Hyperraum. Eine Rettung scheint aussichtslos.
Babylon 5 nimmt eine unbekannte Raumkapsel an Bord. Im Inneren findet man die Leiche eines Mannes und eine Frau im Kälteschlaf. Als Dr. Franklin die Frau reanimiert, geschehen grausame Morde. Garibaldi sieht eine Verbindung zu dem verrückten Prediger Amis.
Der Telepath Taro Isogi will sich auf Babylon 5 mit einer Vertreterin der Marskolonie treffen. Isogi will den Marskonflikt unblutig beenden. Doch kurz nach seinem Eintreffen wird er ermordet. Auch Talia Winters wird bedroht.
Talias Ex-Mann Stoner kommt auf die Station. Er behauptet, sich vom Psi-Corps getrennt zu haben. Garibaldi bleibt misstrauisch. Botschafter Mollari bekommt Besuch von seinen drei Frauen. Er teilt ihnen mit, dass er nur eine von ihnen behalten will.
Der Psi-Cop Bester hat auf Babylon 5 eine Fluchthilfeorganisation für abtrünnige Telepathen aufgespürt. Mit Hilfe von Talia Winters will er die Telepathen gefangennehmen. Talia verbirgt jedoch etwas vor dem unbeliebten Bester.
Der Imperator der Centauri besucht die Station. Er strebt eine Versöhnung mit den Narn an. Doch kurz nach seiner Ankunft stirbt er. Sein Vorhaben ist gescheitert. Nach dem Überfall der Centauri auf eine Narn-Kolonie erklären die Narn den Centauri den Krieg.
Eine Division der Erdstreitkräfte trifft unerwartet auf Babylon 5 ein. Captain Sheridan muss 25.000 Soldaten auf der Station beherbergen. Die Truppen unter dem Kommando von General Franklin sollen die legendäre Festung Matok auf dem Planeten Akdor erobern.
Captain Sheridans Kampfflieger wird im Sektor 92 von einem unbekannten Raumschiff gekidnappt. Zusammen mit einem anderen Gefangenen, einem Narn, wird Sheridan gefoltert und grausamen Spielchen ausgesetzt. Delenn macht sich auf die Suche nach dem Captain.
Ivanova muss sich mit einem Botschafter der Lumati herumärgern. Zudem ist der Konflikt zwischen Narn und Centauri längst zum Krieg eskaliert. Auch vor Babylon 5 macht der Konflikt nicht halt. Ein erstes Todesopfer wird beklagt, weitere sind zu befürchten.
Geheimagenten der Erde suchen auf Babylon 5 nach dem flüchtigen Leibarzt von Präsident Clark. Dieser Dr. Jacobs weiß zuviel über Clarks schmutzige Geschäfte. Sherdian sieht sich vor die Wahl zwischen seinem Gewissen und seinen Befehlen gestellt.
Captain Sheridan wird des Mordes beschuldigt: Er soll einen Minbari getötet haben. Niemand glaubt ihm, dass er aus Notwehr gehandelt hat. Vor allem seine Taten während des Krieges sprechen gegen ihn. Sheridans ganze Karriere steht auf dem Spiel.
Die ISN-Reporterin Cynthia Torqueman will über den Alltag auf Babylon 5 berichten. Zusammen mit Millionen von Zuschauern wird sie jedoch Zeuge, wie direkt vor der Station ein Narn-Kreuzer ein Centuri-Schiff zerstört. Die Station wird in den Konflikt hineingezogen.
Sheridan erfährt, dass es sich bei dem geheimnisvollen Mr. Morden um einen Überlebenden der Ikarus handelt. Er lässt Morden verhaften. Dieser hätte wie alle anderen bei der Vernichtung der Ikarus umkommen müssen. Delenn und Kosch enthüllen ihm die schreckliche Wahrheit.
Londo Molinari wird von seinem alten Freund Urza um Hilfe gebeten. Dieser soll auf Centauri Prime als Verräter ausgeschaltet werden. Londo sagt Urza seine Unterstützung zu. Doch von Lord Refa muss er erfahren, dass er damit auch sein eigenes Leben aufs Spiel setzt.
Auf Babylon 5 erkranken plötzlich alle Angehörigen der Markab an einer mysteriösen Seuche. Dr. Franklin ist machtlos. Immer mehr Markab sterben. Panik greift um sich. Es kommt zu gewalttätigen Übergriffen auf der Station.
Die Telepathin Lyta Alexander kehrt überraschend auf die Station zurück. Sie ist auf der Flucht vor dem Psi-Corps. Sie berichtet Sheridan, dass sich unter seinen Leuten ein Verräter befinden muss. Dieser sei vom Psi-Corps eingeschleust worden.
Der Krieg zwischen den Narn und den Centauri eskaliert. Bei ihrer Invasion auf dem Narn-Heimatplaneten setzen die Centauri verbotene Massebeschleuniger ein. G’Kar muss Sheridan um Asyl auf Babylon 5 bitten.
Der Inquisitor der Vorlonen erscheint auf der Station. Er unterzieht Delenn einem seiner berüchtigten Verhöre. Sie soll sich den großen Aufgaben des drohenden Krieges gegen die Schatten als würdig erweisen. Entweder besteht Delenn das Verhör oder sie muss sterben.
Ein Abgesandter des Friedensministeriums informiert sich auf Babylon 5 über den Krieg zwischen Centauri und den Narn. Zu Sheridans Entsetzen verkündet er einen Nichtangriffspakt zwischen Menschen und Centauri. Ein intergalaktischer Krieg scheint kurz bevorzustehen.
