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Ein Jahr nach dem markovschen Konflikt sind sich Jefferson und seine Familie uneinig, ob und wie sie weiterhin für Freeland kämpfen sollen. Tobias spielt eine neue Rolle.
Der Krieg zwischen den One-Hundred und dem Kobra-Kartell hält an. Drei der Pierces begeben sich zum Ort einer Schießerei. Anissa freundet sich mit einem Kollegen an.
Jefferson findet heraus, dass Lala einen Kampfklub leitet. Jen will einen irreführenden Nachrichtenbericht widerlegen. Gambi bringt eine mächtige Waffe in seine Gewalt.
Jeffersons heimliches Hobby führt zu weiteren Schwierigkeiten zu Hause. Anissa genießt einen Neuanfang. Bei einer Rede des Bürgermeisters bricht Chaos aus.
Jefferson will Jen unbedingt helfen und reist in die Ionosphäre. Gambi und TC bereiten indes einen Teilchenkondensator vor. Chief Lopez bezichtigt Lightning des Mordes.
Die Familie gewöhnt sich an die Folgen von Jens Unfall. Tobias kündigt Überraschendes an. Destiny und Lala liefern sich eine Konfrontation epischen Ausmaßes.
Anissa und Grace verbringen ihre Flitterwochen im Akashic Valley. In einer Bar wird Grace unter Drogen gesetzt und entführt. Als Anissa einen der Entführer stellt, taucht Painkiller auf und schaltet den Angreifer aus, vergiftet dann aber Anissa, bevor Khalil wieder die Kontrolle übernimmt.
Während Anissa sich erholt, lernt sie Khalils neue Verbündete kennen: den ASA-Überrest Philky und den ehemaligen Marine-Sanitäter Donald. Khalil und Philky verfolgen die Spur der Entführer und pressen einem mit ihnen verbundenen Fotografen Informationen ab; dabei erfährt Khalil, dass die Entführer für eine Frau namens Maya arbeiten.
Als Graces Aufenthaltsort gefunden ist, einigen sich Khalil und seine Painkiller-Seite darauf, dass Painkiller übernimmt, falls es brenzlig wird. Während Painkiller die Wachen bekämpft, kann sich Grace befreien und flieht als Wylde. Maya befiehlt der künstlichen Intelligenz Katie, das Gebäude zu sprengen; Khalil und Wylde entkommen rechtzeitig.
Khalil fasst den Entschluss, Maya für ihre Experimente zur Rechenschaft zu ziehen. Was er nicht weiß: Maya ist die Tochter des sich erholenden Percy Odell.
Anissa und Grace kehren aus den Flitterwochen zurück; auf einer Überraschungsparty wird Grace offiziell in die Familie Pierce aufgenommen. Die Feier wird jäh gestört, als ein FBI-Team mit Durchsuchungsbefehl anrückt: Jefferson wird der Veruntreuung von Geldern der Garfield High beschuldigt, seine privaten Konten werden eingefroren. Lynn vermutet sofort Tobias hinter den Vorwürfen.
Tobias treibt derweil seinen Wahlkampf voran: Bei einer Kundgebung nutzt er Jeffersons vermeintliche Verhaftung als Beispiel für Freelands Niedergang und präsentiert Marcel, einen einst obdachlosen Lehrer, als Vorzeigefall seiner Erneuerung. Zugleich soll das gesamte Viertel rund um das Haus der Familie enteignet werden – angeblich für den Bau eines Krankenhauses.
Jennifer kehrt unter dem Decknamen JJ Stewart an die Garfield High zurück; TC, der für sie schwärmt, begleitet sie an ihrem ersten Schultag. Sie flirtet mit Uriah und stellt sich einem Mitschüler entgegen, der aus Jeffersons Fall online Aufmerksamkeit schlagen will. In Lynns Labor zeigt sich unterdessen, dass JJs Werte als „instabil“ gelesen werden – doch Lynn behält den Befund für sich.
In der Klinik erfährt Anissa von einer geheimen Partnerschaft mit Monovista, die eine Mukoviszidose-Mutation vollständig entfernen kann. Als Blackbird und Wylde einbrechen, um Kikis Behandlungsakte zu sichern, stellt sich ihnen Ishmael in den Weg; erst als Wylde sich in einen Tiger verwandelt, ergreift er die Flucht. Gambi klärt Anissa und Grace anschließend über alles auf, was er über Ishmael herausgefunden hat.
Gambi lässt sich von Lynn eine Ampulle mit Vals Kräften injizieren – ohne spürbare Wirkung. Im Sanctum bemerkt Lynn dann, dass TC in Gambis Nähe nicht mehr mit den Computern sprechen kann: Vals Fähigkeit ist Nullifikation, sie hebt andere Meta-Kräfte auf und wird damit zur größten Gefahr für die Familie Pierce. Gambi entwendet außerdem Promethium, um DEG-sichere Anzüge zu bauen, während sich Tobias’ Handlanger über die Überwachung als Mörder des früheren Bürgermeisters zu erkennen gibt.
Die Folge beginnt mit einem Albtraum von Lynn: Sie hält ihre eigene Familie im Labor gefangen und begast sie, um ihnen die Kräfte zu nehmen, damit sie eine „normale Familie“ sein können – mit verheerenden Folgen. In der Therapiesitzung deutet ihre Therapeutin den Traum als Botschaft des Unterbewusstseins: Ihre Familie brauche keine „Heilung“, und der Versuch, sie zu verändern, könnte ihr eher schaden.
Jennifer tritt als Lightning öffentlich auf und wirbt in einem Instagram-Livestream für den Spendenlauf des Musikprogramms ihrer Schule. Nach der Übertragung hat sie Schmerzen und hört die Stimme der ursprünglichen Jen in ihrem Kopf. Detective Shakur warnt Black Lightning, dass die Polizeichefin als Nächstes Lightning ins Visier nimmt; zugleich beobachtet Ishmael sie aus dem Verborgenen. Als Lightning zu einem vermeintlichen Dankestreffen mit Uriah gelockt wird, steckt in Wahrheit Chief Lopez dahinter – nach einem kurzen Handgemenge kann Lightning entkommen.
Gambi baut Anissa einen neuen Thunder-Anzug, der ihre Dichte eine Zeit lang hält, selbst wenn sie ihre Kräfte ablegt. Im Medizinzentrum trifft Anissa auf den verängstigten Darius, der aus der Datenbank zur gefälschten Mukoviszidose-Behandlung ausgesperrt wurde; wenig später findet sie ihn ermordet in seinem Haus. Lynn wiederum wird der Zugang zu ihrem Labor verwehrt: Ihre Forschung wurde auf Anordnung von Special Agent Mason beschlagnahmt, angeblich weil Jeffersons veruntreutes Geld sie finanziert habe. Zu Hause wird Lynn schließlich von Mason verhaftet, ins Gefängnis von Freeland gebracht und auf Tobias’ Anweisung durchsucht.
Gambi und TC klären die Familie Pierce über die Gefahr durch Ishmael auf. Black Lightning verschafft sich über Detective Shakur etwas Zeit und provoziert Ishmael zu einem Kampf, indem er Freeland zu seiner Stadt erklärt. Parallel taucht Painkiller in Freeland auf, schaltet Handlanger aus und presst einem Mann im Verhör das Geständnis ab, dass es ein verstecktes Kassenbuch gibt, das belegt, wie Tobias Jefferson hereingelegt hat – anschließend tötet er ihn.
Tobias besticht den Direktor von Monovista, um an das von Lauren gebaute Gerät zu gelangen, und erhält von Val die von Lynn hergestellten Ampullen mit ihrer Kraft. Nach einem Besuch am Schrein seiner toten Schwester aktiviert er die Kombination aus Gerät und Ampullen. Die Wirkung ist verheerend: Anissa verliert ihre Kräfte, als sie fast von einem Auto erfasst wird, Black Lightning mitten im Kampf gegen Ishmael, TC im Sanctum bei Gambi – und Jennifer stürzt ungebremst zu Boden, als ihre Flugkraft mitten im Flug versagt.
Der letzte Handlungsbogen von Black Lightning beginnt: Nachdem Tobias Whale den von Gambi entwickelten Emitter gestohlen und damit sämtliche Metamenschen in Freeland ihrer Kräfte beraubt hat, geraten die Pierces in höchste Gefahr. Jennifer stürzt als Lightning vom Himmel und wird nur durch ein Kraftfeld in ihrem neuen Anzug gerettet; Black Lightning entkommt dem Auftragskiller Ishmael dank eines Tarnmodus seines Anzugs; und Anissa wird als Thunder von ihrer Freundin Grace vor einem heranrasenden Wagen aus der Bahn gestoßen.
Zugleich wird Lynn verhaftet – ihr wird die Verletzung von Bürgerrechten im Zuge ihrer Forschung zur Last gelegt. Jefferson erreicht über Detective Shakur ein kurzes Gespräch mit ihr; Lynns Anwalt Keith, ein teurer alter Bekannter und zugleich Ex-Freund, übernimmt den Fall, und Anissa hinterlegt die Kaution in Millionenhöhe. Die entmachtete Gruppe sucht im Sanctum nach Antworten, wie sie ihre Kräfte verloren haben.
Aus den Daten des getöteten Darius rekonstruiert das Team die Wahrheit: Eine angebliche Mukoviszidose-Behandlung war nur ein Deckmantel, um Metagene zu ernten – und alle Spuren führen zu Tobias Whale. Der Gangsterboss festigt derweil seine Macht, übernimmt das Cobra-Kartell, zieht Ishmael auf seine Seite und verfügt über ein Armband, das die dämpfende Wirkung des Emitters aufhebt. Khalil geht als Painkiller gegen Tobias' Buchhaltung vor und erbeutet dessen Kassenbuch.
JJ leidet besonders unter dem Verlust ihrer Rolle als Heldin. Gegen den Rat aller setzt sie sich unter Strom, um ihre Kräfte neu zu zünden – der Versuch gelingt, doch sie braucht mehr Energie und steigt erneut in die Ionosphäre auf. Dort erlebt sie etwas Ungewöhnliches unter den Teilchen und kehrt zur Erde zurück, während am Himmel eine Restenergie zurückbleibt. Zum Schluss wird Tobias per digitalem Signal zu einer Zusammenkunft geladen, in der er einer geheimnisvollen Gruppe Bericht erstattet, deren Anerkennung er sucht.
Lightning fängt in einem Lagerhaus die gestohlenen Metagene ab, spürt dabei aber, dass mit ihren zurückgewonnenen Kräften etwas nicht stimmt – sie beginnen zu schwinden. Tobias Whale wird misstrauisch, weil Lightning seine Lieferung gestoppt hat, und lässt Jennifers Daten überprüfen. Schließlich erhält er die Bestätigung, dass Jennifer und Lightning ein und dieselbe Person sind.
Jefferson leidet darunter, ohne seine Kräfte nicht mehr er selbst zu sein; Gambi verspricht, den Emitter zu finden, der sie blockiert. Lynns Anwalt rät ihr zu einem Deal mit Gefängnisstrafe, doch Lynn besteht darauf, allein zu entscheiden. Unterdessen wird Tobias zum Bürgermeister von Freeland gewählt und stattet Polizeichefin Ana Lopez mit Metaboostern und Armbändern aus, die seine kräfteblockierende Welle abwehren.
Anissa und Jennifer weihen ihre Eltern ein: Jennifer hat ihre Kräfte zurück, und die beiden haben die Metagene erbeutet. Khalil meldet sich bei Jefferson mit Informationen aus einem digitalen Register: Looker steht seit ihrer Flucht aus ASA-Gewahrsam in Tobias' Diensten und hat mit ihrer Silber-Fähigkeit Menschen kontrolliert, um Jefferson zu belasten. Khalil beschließt, sie zu jagen.
Lynn entwickelt ein Serum, das das Silber aus den Kontrollierten entfernt. Jefferson gewinnt Detective Shakur für den Plan und offenbart ihm, dass er Black Lightning ist. Sie verabreichen Agent Mason das Serum; Looker spricht kurz durch ihn, ehe das Silber aus seinem Körper getrieben wird und Mason befreit ist. Khalil dringt zu Looker vor, die mit ihrem Silber in seinen Kopf eindringt – gemeinsam mit Painkiller überwältigt er sie, nimmt ihr die Kräfte und schickt sie zur Beichte nach Freeland zurück.
Jennifers von TC eingefädeltes Date mit Uriah endet tragisch, als ein Handlanger von Tobias sie töten will: Uriah wird getroffen und stirbt, nachdem er Jennifer gedrängt hat, Lightning zu bleiben – sie gibt sich die Schuld, während ihre Kräfte weiter schwinden. Gambi und Lauren suchen in den Tunneln unter Freeland nach dem Hersteller und stoßen auf eine Prometheum-Ader, die sich durch die ganze Stadt zieht. Als Tobias erfährt, dass Khalil zurück ist, schickt er Ishmael, um ihn zu töten.
Jefferson erfährt von Uriahs Tod und spricht mit Jennifer über seinen eigenen Vater Alvin, der einst von Tobias Whale getötet wurde. Gambi und Lauren hacken sich in Monovista International und decken auf, dass das Ernteprojekt „Event Horizon“ heißt.
Tobias wird vom Shadow Board wegen seines Versagens, Lightning auszuschalten, zur Rede gestellt. Er lässt das Vorstandsmitglied, das ihn kritisiert, von einem Auftragskiller töten – woraufhin sich die übrigen Mitglieder ihm unterwerfen. Nachdem Gambi Lynns Fußfessel gehackt hat, arbeitet Lynn mit Lauren zusammen und offenbart, dass ihre Familie eine Gruppe von Metamenschen ist.
Polizeichefin Ana Lopez trifft sich mit Detective Shakur, um Meta-Booster und spezielle Armbänder zu verteilen, sobald Lightning wieder auftaucht. Während Khalil Looker an den Stadtrand von Freeland fährt, werden beide von Ishmael überfallen, der sie töten soll. Painkiller kämpft gegen Ishmael und tötet ihn, indem er sein Gift auf den Griff von Ishmaels Schwert bringt. Anschließend übergibt Khalil Looker und das Gegengift an Kevin Mason und Detective Shakur.
Jefferson und Gambi entwickeln ein Gerät, das Tobias' Erinnerungen an die geheime Identität von Jeffersons Familie löschen soll. Nach einem Ausflug in die Ionosphäre wird Lightning über Reds Auftauchen informiert und besiegt ihn, indem sie sein spezielles Armband zerstört. Statt Uriah zu rächen, übergibt sie Red der Polizei und teilt Lopez mit, dass diese ihre Drohung über einen Live-Stream verbreitet hat. Weil ihre Kollegen dies bei Reds Festnahme sehen, setzt Lopez den Meta-Booster an sich selbst ein.
Anissa und Grace sprengen die Anlage, in der die Meta-Gene gelagert sind, und löschen zugleich die Server. Jefferson trifft Tobias in Alvins Haus und gibt vor, auf dessen Handel einzugehen. Doch Tobias fängt das Gerät ab, „gesteht“, Alvin getötet zu haben, und schlägt Jefferson brutal zusammen. Mit Jeffersons Handy ruft Tobias schließlich Jennifer an und behauptet, ihr Vater sei tot.
Die Pierce-Familie glaubt Jefferson tot; TC und Gambi versuchen im Sanctum, seine Kräfte wiederherzustellen. Anissa schwört, Tobias Whale für all seine Verbrechen an der Familie und an ganz Freeland zur Rechenschaft zu ziehen, während Tobias auf einer Pressekonferenz dazu aufruft, Freeland gemeinsam mit ihm „wieder großartig“ zu machen.
Tatsächlich ist Jefferson nicht tot, sondern in einem schlichten Grab lebendig begraben und ohne Kräfte. Seine Hilferufe hört niemand, und in seinem Kopf verfolgt ihn Tobias' Stimme. Eine Rückblende dreißig Jahre zurück zeigt den jungen Jefferson, wie Gambi einen Gangster begräbt, den Jefferson in Notwehr mit seinen Kräften getötet hat; Jefferson schwört, nie wieder zu töten, und Gambi verspricht, ihm den guten Gebrauch seiner Gaben beizubringen.
In der Ionosphäre – von den Figuren „der Glaze“ genannt – formt sich die Energie nach und nach zur echten Jennifer Pierce, gespielt von China Anne McClain. Es stellt sich heraus, dass die aus der Sphäre zurückgekehrte Frau eine Betrügerin namens JJ ist, die Jens DNA und Erinnerungen übernommen hatte, um deren Leben an sich zu reißen. Die beiden kämpfen; am Ende nimmt die echte Jen ihre Lightning-Kräfte wieder an und absorbiert JJ endgültig.
Parallel dringen Gambi, Anissa und Grace nach Drakestone vor, wo der „Maker“ zur Unterdrückung der Meta-Kräfte gefangen gehalten wird, und zerstören das Gerät mit Sprengstoff – die Kräfte der Metahumans kehren zurück, und Wylde und Thunder retten Gambi in letzter Sekunde. Im Sarg trifft Jefferson in einer Zwischenwelt seinen verstorbenen Vater, der ihm zuspricht, er habe alles, was er brauche, um Tobias zu stoppen. Jefferson erwacht mit wiederhergestellten Kräften und befreit sich, indem er Energie aus dem Promethium der Erde zieht.
Im finalen Duell stürzt Black Lightning Tobias aus dem Fenster und lässt ihn schließlich rapide altern und sterben. Der wieder bei Sinnen befindliche TC befreit Khalil/Painkiller vom Tötungsbefehl gegen die Pierces – um den Preis, dass Khalil seine Erinnerung an Jennifer verliert. Zum Abschluss feiern die Pierces Anissas und Graces Hochzeit, Jefferson und Lynn kündigen ihre erneute Heirat an, und Jefferson wie Gambi ziehen sich zurück und übergeben den Kampf um Freeland an Lightning, Thunder, Wylde und TC. In einer Schlussszene entkommt Lala endlich seinem zerstörten Gefängnis.