Freeland wird abgeriegelt und die ASA ruft das Kriegsrecht aus und sucht nach Meta- Menschen, während einige von ihnen, wie Jefferson, in einem Testzentrum stecken. Lynn und er werden wiedervereint, doch Odell will sie beide als Unterstützung gegen die Markovier. Mit Gambis Hilfe will Anissa als Blackbird Metas aus der Stadt schmuggeln. Anissa und die Reporterin Jamillah Olsen näher sich an. Jennifer hat indes Schwierigkeiten sich zurückzuhalten und Issa befragt Tobias, hat damit jedoch seinen Zweck erfüllt.
Während die ASA noch mehr Kontrolle übernimmt, planen die Markovier ihren nächsten Schritt. Jefferson und Lynn kriegen mehr Freiheiten, sind sich jedoch uneinig ob sie der ASA helfen sollen damit jedoch Metas retten könnten, was sie bei der sterbenden Maryam versuchen. Jennifer bekommt Besuch von Odell und Lala nimmt sich der Hundert an. Henderson unterstützt Gambi dabei Blackbird zu helfen, die in der Perdi Community Ärger bekommt und Odell gibt den beeinflussten Khalil einen grausamen Auftrag.
Ein Virus breitet sich unter den Meta-Menschen aus und Lynn soll Nachforschungen anstellen. Odell hat währenddessen ein Geschenk für Jefferson und Folter für Tobias. Jennifer führt den neuen Schüler Brandon herum und Odell schickt Painkiller und Black Lightning los gegen die Markovier vorzugehen, während Henderson an seine Grenzen gerät. Lynn hat eine Vermutung über das Virus und Odell Lügen und einen Auftrag für Jennifer. Grace taucht wieder auf und Black Lightning wird für seinen Einsatz belohnt.
Um das Virus aufhalten zu können, geht Lynn ein Risiko ein. Jefferson sieht unterdessen die Unterdrückung in Freeland und streitet sich mit Anissa wegen ihrer Rolle als Blackbird. Painkiller wird weiter von Odell benutzt und Jennifer wird von diesem von den guten Absichten der ASA überzeugt. Ihr Mitschüler Tavon wird verdächtig ein Meta zu sein und mitgenommen, doch Black Lightning und Blackbird greifen ein. Indes hat Lynn hat einen Durchbruch gegen das Virus, wurde jedoch von Odell gelinkt, der ein Geschenk für Jennifer hat.
Tavon feiert seine Befreiung und Odell schickt Painkiller los um Blackbird aus dem Weg zu räumen. Unterdessen kommt Lynn eine Idee, die sie an Tobias testen soll und Jefferson überredet Anissa Tavon zurück nach Freeland zu bringen, doch Painkiller kreuzt ihren Weg, was tragisch und in einem kleinen Aufstand der Garfiel High endet. Auf den reagieren die ASA Soldaten mit Gewalt, was ihnen Odell und Jennifer jedoch nicht durchgehen lassen und Henderson verfolgt seine eigenen Pläne.
Das Gift von Painkiller setzt Anissa schwer zu, doch sie kann nur auf Gambi hoffen und beschließt ihrer Familie nichts zu sagen. Jennifer bricht in die Wohnung ihres neuen Mitschülers Brandon ein und erfährt Erstaunliches und Henderson rekrutiert nach einem Rückschlag Jamillah Olsen für seinen Widerstand gegen die ASA. Die wird unterdessen von den Markoviern attackiert. Black Lightning eilt jedoch zur Unterstützung, während Grace Anissa beisteht und Lynns Sucht außer Kontrolle gerät.
Grace hat mit ihren Kräften zu kämpfen und Gambi bittet Lynn um Hilfe. Während Odell sich erholt, trifft sich Jennifer mit Major Grey. Jefferson und Henderson haben Unstimmigkeiten über das weitere Vorgehen gegen die ASA und Gambi und Lynn darüber, wie sie mit Kahil verfahren sollen. Jennifer und Brandon nehmen sich indes seiner Kräfte an. Als Anissa ihren Vater bittet Grace und andere Meta- Menschen aus Freeland zu schmuggeln, wird es für Grace brenzlig und Painkiller bekommt eine neue Zielperson.
Anissas erfährt was in den Medien außerhalb Freelands über die Stadt kursiert und will ihnen mit der Hilfe von Gambi und Jamillah die Wahrheit zu spielen. Tobias macht Lynn die Pläne der ASA deutlich, deren Leitung Kommander Williams übernommen hat. Er will Jeffersons altes Haus als Stützpunkt nutzen will, doch eine Bewohnerin weigert sich auszuziehen und Black Lightning unterstützt sie. TC stößt auf Gambi und Thunder auf Painkiller. Lynn flieht, lässt jedoch etwas Wichtiges zurück und Black Lightning stellt sich Williams.
Jennifer ist im inneren Konflikt wegen ihrer Zusammenarbeit mit Odell und der Loyalität ihrer Familie gegenüber, die ASA macht dem Widerstand einen Strich durch die Rechnung und Jefferson erfährt, dass Khalil noch lebt. Als der Himmel über Freeland sich rot färbt, steht Jennifer plötzlich zwei Doppelgängerinnen aus Paralleldimensionen gegenüber. In deren Leben, die sie besucht, hat Jennifer Entscheidungen getroffen, die katastrophale Folgen haben. Ihre Familie versucht unterdessen sie zu retten, geraten jedoch selber in Schwierigkeiten.
Jefferson und Jennifer kehren nach ihrem Ausflug in andere Dimensionen nach Freeland zurück, mit neuen Zielen. Jennifer bemerkt jedoch, dass mit ihrer Mutter etwas nicht stimmt und Jefferson erkennt bald was, wird jedoch von Henderson gebraucht. Währenddessen kommt TC hinter Gambis Geheimnisse und Jennifer und Brandon werden entführt, wissen sich jedoch zu wehren. Blackbird überredet Black Lightning ihr die Führung dabei zu überlassen, die Meta-Kids zu befreien und Jennifer konfrontiert Odell.
Jennifer erzählt ihrem Vater von ihrer Zusammenarbeit mit Odell und Gambi bittet Lynn um Stabilisierungsmittel. Zudem bekommt sie Besuch von einem ASA Agenten, mit dem sie Tobias befreien will um den Metas zu helfen. Black Lightning und Thunder bringen Odell in ihre Gewalt. Als dieser von der ASA befreit werden soll, trifft Lightning auf Khalil, was sie erschüttert. TC erweist sich als nützlich, Lala hat Probleme mit Lady Eve und Lynn hilft Tobias zu fliehen, der eigene Pläne hat, doch sie hat vorgesorgt.
Nun in der Hand in der Markovianer hat Lynn mit Dr. Jace eine Auseinandersetzung, doch Mosin kennt ihre momentane Schwäche. Jennifer, wütend und enttäuscht von ihrer Familie, will mit TC versuchen Khalil wiederzuholen, während Anissa und Jefferson von Lynns Entführung erfahren. Sie schließen sich mit Major Grayle unter Bedingungen zusammen um sie zu retten und stellen ein Team auf. Lynn wird indes von Dr. Jace unter Druck gesetzt und Jennifer dringt zu Khalil durch, kann seine grausamen Taten jedoch nicht verschwinden lassen.
Die angeschlagene Lynn wird von den Markoviern gezwungen an dem Stabilisierungsmittel zu arbeiten, sie führt sie jedoch hinters Licht. Das Team, das sie retten und Tobias wieder gefangen nehmen soll, ist währenddessen am Trainieren, doch die Stimmung ist aufgeladen. Trotzdem wird Khalil überzeugt sich ihnen anzuschließen. Durch Grace schaffen sie es leicht in die Einrichtung der Markovier, doch Brandon will Dr. Jace töten und der mächtige Meta Gravedigger erweist sich als starker Gegner.
Zurück in Freeland hält sich Odell scheinbar an den Deal mit Jefferson und die Pierce offenbaren sich einander. Khalil hat mit Painkiller zu kämpfen und Jennifer unterstützt und begleitet Brandon zu Dr. Jace, die ihm unerwartetes gesteht. Das Perdi Camp wird von Makroviern angegriffen und Khalil scheint seinen Kampf zu verlieren. Währenddessen bekommt Eve die Aktentasche von Lala und gibt sie mit Bedingungen an Gambi weiter. Der entdeckt darin die Geschichte der Entstehung der Meta-Menschen.
Gravedigger bereitet sich auf den Angriff auf Freeland vor, während Dr. Jace und Lynn seine Macht bewusst wird und Jefferson was mit Freeland passiert, wenn sie ihn nicht aufhalten. Er und das Team treffen Vorbereitungen, doch es gibt Spannungen. Lady Eve will eine Abmachung mit Odell und Lynn offenbart Jefferson eine Verbindung zwischen ihm und Gravedigger, während Khalil Painkiller unterliegt. Anissa und Grace überraschen die Pierce Familie am letzten Abend vor dem Krieg, doch als sich Gravedigger nähert, unternimmt Jennifer einen Alleingang.
Black Lightning und Gravedigger stehen sich im Kampf gegenüber, während Jennifer den Markoviern in die Hände fällt. Die ASA beginnt ihre Spuren zu verwischen, was Opfer fordert, so wie der Krieg, der in Freeland tobt. Tobias sinnt unterdessen auf Rache und Khalil kämpft im Inneren gegen Painkiller. Gravedigger sorgt dafür, dass Grace Thunder angreift und Odell will die Grube in die Luft jagen. Die Pierce Familie und ihre Verbündeten geben alles um Gravedigger aufzuhalten und die ASA zur Verantwortung zu ziehen, doch nicht alle Gegner werden besiegt.
