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Max gelingt die Flucht aus Manticore, sie ist mit einem Retrovirus infiziert, das für Logan gefährlich werden könnte, wenn sie ihn berührt. Per Videoübertragung verrät sie der Öffentlichkeit den geheimen Standort des Labors. Renfro befiehlt daraufhin die Zerstörung Manticores.
Die Bundesbehörden wollen alle Flüchtlinge, die bei der Vernichtung Manticores entkommen konnten, töten. Max will sie retten und gerät in die Hände des Agenten White...
Max führt Joshua zu Sandemans früherer Residenz. Inzwischen entdeckt Lydecker, eine geheime Begräbnisstätte der Kiloma-Indianer, die auf geheimnisvolle Weise mit Manticore verbunden ist. Alec gerät in Lebensgefahr, als er von White gefasst wird.
Eine mysteriöse Infektion tötet zahlreiche Menschen. Entflohene Mutanten aus Manticore sollen die Epidemie ausgelöst haben. Doch Max entdeckt, dass Cyril einen Wirkstoff entwickelt hat, der gezielt bestimmte Gruppen vernichten kann. Das würde das Ende aller Manticore-Flüchtlinge bedeuten.
Max verbringt ein seltsames Hallween-Fest, mit anderen Mutanten. Sie jagen einen kopflosen Körper, der einen Mordanschlag plant. Albtraum oder Wirklichkeit?
Eine Kreatur die Joshua ähnlich sieht, attackiert, und tötet Polizisten. Max glaubt jedoch, dass hinter den Angriffen Joshuas traumatisierter Bruder steckt. Alec wird bei "Jam Pony" angestellt und gerät in Schwierigkeiten beim Handeln mit illegalen synthetischen Hormonen.
Max totgeglaubter Bruder Zack taucht plötzlich auf. Er lebt bei einer Steelhead-Bande, aus der Max ihn herausholen möchte. Doch Zack ist völlig verändert und nicht mehr der gleiche wie früher.
Fischer finden in ihrem Netz ein Mädchen mit Kiemen. Sie glauben eine Meerjungfrau gefangen zu haben. Doch Max und Alec vermuten, dass sie ein Manticore-Flüchtling ist und wollen sie retten, denn auch Agent White ist hinter ihr her.
Eyes Only will einer Frau helfen, deren Kind entführt wurde. Logan und Max sind entsetzt als sie erfahren, dass es sich um Whites Frau und Kind handelt. Währenddessen entdeckt Alec Joshuas Talent als Maler. Mit ungeahnten Folgen...
Mitglieder der Widerstandsorganisation S-One-W werden festgenommen. Auf der Suche nach dem Verräter gerät Max an den Jungen Brainiac, der die Zukunft vorhersagen kann. Für Max wird sie tödlich enden.
Alec erinnert sich plötzlich an einen Auftrag aus seiner Vergangenheit als Manticore-Agent. Er wird verfolgt von Erinnerungen an ein Mädchen, das er liebte und tötete.
Max erhält ein Gegenmittel gegen das Virus in ihr, das Logan bedroht. Es wirkt nur 12 Stunden, die sie mit Logan verbringen will. Doch Joshua bittet sie, ihn bei der Jagd nach einem Monster zu helfen. Die Zeit verrinnt...
Max wird bei einer Schießerei schwer verletzt. Im Krankenhaus findet man in ihrem Blut einige Anomalien. Dadurch kommt Agent White wieder auf ihre Spur. Er setzt eine als Krankenschwester getarnte Killerin auf Max an.
Max stolpert über eine ausgeflippte Bande Jugendlicher, die sie für Manticore-Kids hält. Sie entdeckt, dass sie abhängig sind von ihrem Anführer, der sie mit seinem Blut versorgt.
Logan bittet Max, ihr beim Kampf gegen den Sparacino-Clan zu helfen und einen Informanten zur Kooperation mit der Polizei zu bewegen. Doch dessen Geliebte ist ein Manticore-Flüchtling mit gefährlichen Kräften...
Nachforschungen führen Logan und Alex zu einer mysteriösen Schule, in der sich Ames Whites Sohn befinden soll. Sie geraten in das Zentrum einer gefährlichen Sekte...
Nach einem beinahe tödlichen Zwischenfall mit Logan beschließt Max, ihre Beziehung für immer zu beenden. Ein Mord, der von Alecs Manticore-Zwilling Ben begangen wurde, macht ihn verdächtig und bringt alle Transgenetischen in Gefahr ... dank White und seiner undichten Stelle in den Medien. In der Zwischenzeit findet Joshua die perfekte Frau, kann aber nicht den Mut aufbringen, sein Geheimnis zu gestehen.
Max muss ihr Gelübde brechen, Logan zu meiden, nachdem Joshuas Freundschaft mit der blinden Frau ihn zur Zielscheibe einer transgenen Menschenjagd in der Kanalisation macht. In der Zwischenzeit lässt White die Nachricht von den menschlich aussehenden X-5 an die Medien durchsickern, was zu einem groß angelegten Angriff gegen die sogenannten „Monster“ führt, die Amok laufen, und zum Tod eines Angehörigen eines der Transgenetischen.
Max' Leben ist in größerer Gefahr als je zuvor, als sie von der einzigen Person gejagt wird, die sie besser kennt als jeder andere - ihrem Klon. Obwohl selbst die Existenz dieser exakten Nachbildung für Max neu ist, erkennt sie schnell die drohende Gefahr, die von einer Person ausgeht, die in ihren Kopf eindringen und ihr Leben infiltrieren kann wie niemand sonst. Max muss sich nicht nur mit dieser neuen Bedrohung auseinandersetzen, sondern auch mit der Zerrüttung ihrer Beziehung zu Logan und Joshuas Enttäuschung darüber, dass sie nicht mehr in die Öffentlichkeit gehen kann, und muss in einem Wettlauf mit der Zeit herausfinden, wie sie diesen tödlichen Feind aufhalten kann, bevor es zu spät ist.
Max beginnt, seltsame Markierungen auf ihrem Körper zu entwickeln, während sie einen transgenen Widerstand gegen White anführt, als dieser versucht, einen ihrer „Brüder“ zu fangen. Die Transgenetischen werden jedoch durch die Enthüllung von Geheimnissen über ihren „Vater“ verblüfft, die alles bedrohen, was sie glauben, und viele weitere Fragen aufwerfen. In der Zwischenzeit starten die Bewohner von Terminal City eine Kampagne gegen die Menschen, die sie jagen, und Alec erfährt, warum Logan sich von seinen früheren Freunden fernhält.
Max ist gezwungen, der Welt ihre wahre Identität zu offenbaren, als sie ihre eigene Art während einer potenziell tödlichen Geiselnahme bei Jam Pony verteidigen muss, an der Joshua und Alec beteiligt sind.