Die zwei Fringe-Welten sind mit Hilfe der Peter-Brücke miteinander verbunden. Es wird gemeinsam an der Rettung gearbeitet - und auch sonst ist nicht wirklich alles beim Alten. Oder ist es gerade beim ganz Alten? Denn etwas fehlt, was eigentlich nie da war oder nie da sein sollte: Peter ist verschwunden. Sein Verschwinden hat sich jedoch, wie wir in etlichen Projektionen in dieser Episode sehen und von den Observern hören, nicht vollständig vollzogen. Peter ist noch da: wie ein Echo, ein Widerhall der Ereignisse im Fringe-Universum, eine Erinnerung. Auch in den Figuren selbst ist dieses teilweise unbewusste Echo nicht abgeklungen: In Neither Here Nor There hallt es in ihrem Innern wider - nur wissen sie nicht genau, was sie so traurig macht. Denn sowohl Olivia als auch Walter sind traurig, als hätte man die Zeit zurückgedreht und sie zurück in die erste Staffel geschickt: in die Zeit vor Peter.
Ein Serienkiller aus dem anderen Universum schlägt wieder zu und man bittet das Fringe-Team aus unserem Universum um Hilfe. Doch der Killer ist ihnen immer einen Schritt voraus. Also beschließt man, das Pendant von der anderen Seite, einen Professor für forensische Psychologie, ins Boot zu holen und steht dann vor der schwierigen Frage, ob man es wirklich riskieren sollte, Zivilisten auf die andere Seite zu schicken.
Die Leichen zweier Kinder tauchen auf und gerade einmal wenige Stunden nach derem Tod sind sie bereits nahezu komplett verwest. Als das Fringe-Team den mysteriösen Fall untersucht, stoßen sie auf einen Organismus, der noch mehr Opfer dieser Art fordern könnte. Währenddessen wird Walter von immer schlimmeren Halluzinationen geplagt.
Olivia entdeckt eine eigenartige Wolke, die sie zu verfolgen scheint und die vermutlich mit Zusammenhang mit Walters alten Cortexiphan-Experimenten steht. Walter entscheidet sich dazu, nach drei Jahren sein Labor zu verlassen, um Olivia bei dem Fall zu helfen und muss sich den Dämonen seiner Vergangenheit stellen.
Die jüngsten Ereignisse werden überschattet, als die neuen, fortgeschritteneren Gestaltwandler wieder auf der Bildfläche erscheinen. Als sich die Gefahr zu eskalieren droht, bekommt das Fringe-Team Unterstützung von keinem anderen als Peter. Dieser versucht, Zugang zu Walter zu bekommen, der sich, wie die anderen auch, nicht an Peter erinnert.
Ungewöhnliche Zeitanomalien beschäftigen das Fringe-Team, das verzweifelt versucht, ein bestimmtes Schema zu erkennen. Während der Ermittlungen erscheinen der Elektroingenieur Raymond und dessen Frau Kate, eine Physikprofessorin, auf der Bildfläche, die irgendetwas mit der Sache zu tun zu haben scheinen.
Das Fringe-Team beschäftigt ein mysteriöser Vorfall, als ein Mann durch ungeklärte Umstände plötzlich stirbt und sein Körper innerhalb von Sekunden kreideweiß wird. Sie finden heraus, dass das nicht der erste Vorfall dieser Art ist und kommen dabei einem Mann auf die Spur, der eigentlich bereits tot sein müsste. Derweil hat Olivia ungewöhnlich starke Migräneanfälle.
Um endlich wieder in die richtige Zeitlinie zurückgelangen zu können, will Peter in das Paralleluniversum reisen, um Walternate zu konfrontieren. Doch seine Reise, auf der er von Lincoln begleitet wird, entpuppt sich als sehr gefährlich. Unterdessen erhält Olivia eine schockierende Warnung.
Peters Aufenthalt auf der anderen Seite dauert an und wird dadurch komplizierter, dass sich das andere Fringe-Team mit einem Rennen gegen die Zeit konfrontiert sieht, da es gilt, einen neuen gefährlichen Gegner zu stoppen.
Olivia versucht weiterhin, mit der ominösen Warnung der Beobachter zurechtzukommen. Derweil interessiert sich das Team für ein Mädchen, das die mysteriöse Fähigkeit hat, den Tod von Menschen vorherzusehen.
Astrid erhält unerwarteten Besuch von ihrem Pendant aus dem Paralleluniversum. Derweil bekommen es Olivia und Peter mit einem Mörder zu tun, der seine Opfer mit einem Gift tötet, welches eigentlich noch gar nicht erfunden wurde.
Peter, Olivia und Walter müssen einem mysteriösen und furchteinflößenden Fringe-Ereignis ins Angesicht blicken, als sie in einer Stadt namens Westfield festsitzen, aus der es kein Entkommen zu geben scheint.
Das Team nimmt sich eines psychisch kranken Mannes an, der in Verbindung zu einer Reihe von Serienmorden zu stehen scheint. Gleichzeitig versuchen Walter und Peter herauszufinden, wie Olivias Verhalten zu erklären ist, wobei Walter eine schockierende Entdeckung macht.
Walter und Peter müssen versuchen, Olivia aus der Hand von David Robert Jones zu befreien, der Olivias versteckte Fähigkeiten aktivieren möchte. Dabei erhalten sich überraschende Hilfe des Beobachters September.
Olivia leidet unter Peters jüngster Entscheidung, während dieser einer merkwürdigen Spur nachgeht, die September ihm hinterlassen hat. Derweil jagt das Fringe-Team einen grausamen Mörder, der es auf liebende Paare abgesehen hat.
Das Team wird zu einem bizarren Vorfall gerufen und Peter entdeckt erstaunliche Parallelen zu einem Fall, in dem er bereits in der alten Zeitebene ermitteln musste. Derweil hat Olivia wegen ihres Zustandes mit Konsequenzen zu rechnen.
Lincoln reist auf die andere Seite, um mit Bolivia und seinem alternativen Ego nach einem Mann zu suchen, der eine überraschende Verbindung zu den Gestaltwandlern zu haben scheint.
Drei Menschen sterben aufgrund eines Flugzeugabsturzes, ohne jedoch in einem Flugzeug gewesen zu sein. Das Team untersucht den Fall, wobei Walter das erste Mal seit Jahren ins andere Universum reist. Derweil offenbart David Robert Jones, was sein nächstes Ziel ist und Bolivia glaubt, dass sich in ihrem Team ein Maulwurf befindet.
Im Jahr 2036 haben die Beobachter die Macht an sich gerissen und unterdrücken die Weltbevölkerung. Die FBI-Agenten Etta und Simon versuchen insgeheim, gegen die Beobachter vorzugehen und eines Tages schöpfen sie neue Hoffnung, dass ihnen das auch gelingen wird.
Mysteriöse Erdbeben erschüttern beide Universen und den Teams beider Welten wird klar, dass David Robert Jones dahintersteckt. Die Teams müssen ihn stoppen, bevor beide Universen zerstört werden und entdecken dabei eine Verbindung zu den Personen, die als Kinder mit Cortexiphan behandelt wurden.
Um gegen ein mysteriöses Fringe-Ereignis vorzugehen, bei dem Menschen plötzlich von Innen heraus verbrennen, muss sich Walter seiner schmerzhaften Vergangenheit stellen. Währenddessen steht das Team wieder David Robert Jones gegenüber, den es endgültig aufzuhalten gilt, um beide Universen zu retten.
Das Team wird bis an seine Grenzen gebracht, als sie verzweifelt versuchen, William Bells Plan, ein neues Universum zu erschaffen, zu verhindern. Dabei muss Olivia feststellen, dass sie in jenem Plan eine entscheidende Rolle spielt.
