„Science/Fiction" setzt exakt im Moment der Loom-Explosion aus der Vorepisode ein. Loki erwacht lebend, doch die Zeitvarianz-Behörde (TVA) ist völlig menschenleer. Als er ein TVA-Handbuch an sich nimmt, beginnt die TVA sich fadenartig aufzulösen – und Loki wird von einem unkontrollierten Zeitsprung fortgerissen.
Statt zu sterben wurden seine Kollegen in ihre ursprünglichen Leben auf der Heiligen Zeitlinie zurückversetzt, bevor die TVA sie einst rekrutierte. Loki springt von Station zu Station: Casey (eigentlich Frank) sitzt 1962 in Alcatraz und plant den Ausbruch, Hunter B-15 arbeitet als Kinderärztin „Dr. Willis" im New York von 2012, Mobius verkauft als „Don" und alleinerziehender Vater 2022 in Ohio endlich Jetskis, und O.B. ist 1994 in Pasadena ein erfolgloser Science-Fiction-Autor und Physikprofessor namens Doug.
Niemand erinnert sich an die TVA oder an Loki. Ausgerechnet O.B. glaubt ihm dank seines Hintergrunds in theoretischer Physik und Science-Fiction sofort und wird zu Lokis wichtigstem Verbündeten. Er ist überzeugt, dass gerade Lokis Zeitspringen der Schlüssel zur Rettung ist, und trainiert ihn, die Fähigkeit gezielt einzusetzen. Mit dem von Loki geretteten Handbuch – das O.B. selbst geschrieben hat – baut er ein provisorisches TemPad, eine weitere jener paradoxen Kausalschleifen der Staffel.
Zuletzt sucht Loki Sylvie in Broxton, Oklahoma auf, deren Erinnerung – wie seine – intakt geblieben ist. Sie lehnt einen Wiederaufbau der TVA ab: Für sie ist jeder dort, wo er hingehört. Loki gesteht, dass er seine Freunde zurückwill und nicht allein sein möchte; die beiden trennen sich erneut. Doch als der vom zerstörten Loom ausgehende Zerfall auch Sylvies neues Zuhause zerreißt, springt sie zur Heiligen Zeitlinie und schließt sich Lokis wiedervereinter Truppe an.
In O.B.s Wohnquartier entsteht die Basis einer neuen, rudimentären TVA – auffällig ähnlich seinem alten Büro, ein Hinweis darauf, dass Loki womöglich unwissentlich die Entstehung der ursprünglichen TVA nachvollzieht. Kaum ist die Gruppe versammelt, beginnt jedoch die Heilige Zeitlinie selbst zu zerfasern: Erst lösen sich seine Freunde in Fäden auf, dann die Umgebung. Im letzten Augenblick meistert Loki sein Zeitspringen endgültig und springt zurück in die TVA – zurück zu O.B., noch vor der Explosion des Temporal Loom. Ein zweiter Anlauf, um alles zu retten, ist eröffnet.
