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Die zweite Staffel setzt unmittelbar nach den Ereignissen des Finales der ersten Staffel an: Nachdem Sylvie ihn durch eine Zeittür gestoßen hat, findet sich Loki in einer TVA wieder, in der ihn sein Freund Mobius nicht erkennt. Schnell wird klar, dass Loki unter einem „Time Slipping“ leidet – er wird unkontrolliert zwischen vergangenen, gegenwärtigen und zukünftigen Versionen der Zeitbehörde hin- und hergerissen.
Auf der Suche nach Hilfe wenden sich Loki und Mobius an Ouroboros, kurz „OB“, den Reparatur- und Entwicklungsexperten der TVA, der als Einziger das Phänomen einordnen kann. OB diagnostiziert das Zeitspringen und erklärt, dass ein temporaler Aura-Extraktor nötig sei, um Loki dauerhaft in der Gegenwart zu verankern.
Der Plan ist riskant: Mobius muss sich temporaler Strahlung aussetzen, während Loki sich im richtigen Moment selbst „prunen“ lässt, um festgehalten zu werden. Parallel dazu ringt die TVA mit den Folgen des Todes von „Er, der bleibt“ – die einst heilige Zeitlinie verzweigt sich unkontrolliert in unzählige neue Stränge.
Im Zentrum dieser Krise steht der Temporal Loom, das Herzstück der TVA, das rohe Zeit in physische Realitäten verwebt und durch die vielen neuen Verzweigungen zunehmend überlastet wird. Hunter B-15 hat inzwischen akzeptiert, selbst eine Variante zu sein, und will die wachsenden Zeitlinien vor der Vernichtung bewahren.
Nach einem letzten Sprung in die Zukunft, bei dem Loki erneut auf Sylvie trifft, gelingt es Mobius schließlich, ihn aus dem Zeitstrom zu ziehen und in der Gegenwart zu fixieren. Zum Abschluss brechen die Hunter durch eine Zeittür auf, um Sylvie aufzuspüren. In der Mid-Credit-Szene taucht diese in einem McDonald’s im Jahr 1982 im verzweigten Zeitstrang von Broxton, Oklahoma, unter.
Loki, Mobius und B-15 reisen ins London des Jahres 1977, um Jäger X-5 aufzuspüren und über ihn Sylvie zu finden. Statt Sylvie treffen sie auf X-5, der sich eine neue Identität als gefeierter Filmstar namens Brad Wolfe zugelegt hat.
Nach einer Verfolgungsjagd überwältigt Loki Brad mit Schattenmagie und bringt ihn in die TVA. Dort schließt er Mobius aus und setzt Brad mit einer Vorrichtung unter Druck, die ihn in einen immer enger werdenden Würfel presst – bis Brad schließlich gesteht, Sylvie gefunden zu haben.
Das Wiedersehen von Loki und Sylvie findet in einem McDonald's im Städtchen Broxton, Oklahoma statt, wo Sylvie sich ein normales Leben aufgebaut hat und dort arbeitet. Ihr Frieden währt jedoch nicht lange: Als die Gruppe General Dox gegenübertritt, hat diese bereits den Großteil der abgezweigten Zeitlinien bombardiert und damit Millionen von Leben ausgelöscht. Zugleich verschärft sich Lokis unkontrolliertes Zeitspringen als Vorbote des drohenden temporalen Zusammenbruchs.
Auf der Jagd nach Ravonna Renslayer und der abtrünnigen Cartoon-Uhr Miss Minutes reisen Loki und Mobius ins Chicago des Jahres 1893, mitten auf die dortige Weltausstellung. Der Druck ist groß: Der temporale Webstuhl der TVA droht zu überlasten, und die Spur führt zu einem Mann, der die Technologie dahinter verstehen könnte.
Dieser Mann ist Victor Timely – ein Erfinder und Hochstapler, der dem Publikum eine Maschine vorführt, die Elektrizität leiten soll, und dabei große Reden über die Zeit schwingt. Loki erkennt in ihm eine Variante von Der, der bleibt. Als Kind erhielt Timely von Renslayer und Miss Minutes ein Handbuch der TVA – die beiden folgen damit einem Plan, den Der, der bleibt, über seinen Tod hinaus angelegt hat.
Miss Minutes macht Timely gegenüber ihre eigenen Absichten deutlich: Sie sehnt sich nach einem Körper, um an seiner Seite zu sein. Ihr Liebesgeständnis weist Timely jedoch zurück und sperrt sie kurzerhand in einen TemPad. Kurz darauf erscheint Renslayer, bewaffnet mit einem groben Prototyp der Zeitstäbe der TVA. Sie will Timely zur Behörde bringen, den Webstuhl reparieren lassen und so ihre Vormachtstellung sichern.
Dann taucht Sylvie auf und streckt mit einem magischen Schlag alle Anwesenden nieder, um sich Victor zu greifen. Trotz ihres Schwurs, jede Kang-Variante zu töten, bringt sie es hier nicht über sich – sie überlässt Timely Loki und Mobius.
Als letzte Handlung öffnet Sylvie mit dem TemPad von Der, der bleibt, eine Zeittür und stößt Renslayer hindurch ans Ende der Zeit. Dort, an der Seite von Miss Minutes, erfährt Renslayer, dass Kang ein gewaltiges Geheimnis vor ihr verborgen hat.
In der Ruine des Turms von Jenem, Der Bleibt, eröffnet Miss Minutes der ehemaligen Richterin Ravonna Renslayer eine unbequeme Wahrheit: Renslayer stand einst Seite an Seite mit ihm, half ihm, den Krieg der zahllosen Kang-Varianten zu gewinnen und die TVA aufzubauen – bis er ihr Gedächtnis löschte und sie zur bloßen Befehlsempfängerin degradierte.
Am Automaten führen Loki und Sylvie ein offenes Gespräch über die Zukunft der Zeitbehörde. Sylvie will die TVA zerschlagen und den freien Willen der Zeitlinien schützen, während Loki das Chaos fürchtet, das ohne jede Kontrolle entstehen könnte.
Unterdessen kämpft das Team um Mobius, O.B. und Victor Timely darum, den überlasteten Temporal Loom zu stabilisieren, der immer mehr neue Zeitlinien nicht mehr verkraftet. Timely wagt sich schließlich in einem Schutzanzug auf den Steg hinaus, um den Durchsatz manuell zu drosseln.
Doch die Temporalstrahlung ist zu stark: Timely wird vor den Augen der anderen in die Länge gezogen und zerrissen. Der Versuch scheitert, und der Loom lässt sich nicht mehr halten.
Der Webstuhl kollabiert und dehnt sich explosionsartig aus. Eine gleißende Lichtwelle erfasst Loki und alle Anwesenden in der TVA – dann bricht der Ton ab und das Bild wird schwarz. Ein radikaler Cliffhanger, der das Schicksal sämtlicher Figuren offenlässt.
„Science/Fiction" setzt exakt im Moment der Loom-Explosion aus der Vorepisode ein. Loki erwacht lebend, doch die Zeitvarianz-Behörde (TVA) ist völlig menschenleer. Als er ein TVA-Handbuch an sich nimmt, beginnt die TVA sich fadenartig aufzulösen – und Loki wird von einem unkontrollierten Zeitsprung fortgerissen.
Statt zu sterben wurden seine Kollegen in ihre ursprünglichen Leben auf der Heiligen Zeitlinie zurückversetzt, bevor die TVA sie einst rekrutierte. Loki springt von Station zu Station: Casey (eigentlich Frank) sitzt 1962 in Alcatraz und plant den Ausbruch, Hunter B-15 arbeitet als Kinderärztin „Dr. Willis" im New York von 2012, Mobius verkauft als „Don" und alleinerziehender Vater 2022 in Ohio endlich Jetskis, und O.B. ist 1994 in Pasadena ein erfolgloser Science-Fiction-Autor und Physikprofessor namens Doug.
Niemand erinnert sich an die TVA oder an Loki. Ausgerechnet O.B. glaubt ihm dank seines Hintergrunds in theoretischer Physik und Science-Fiction sofort und wird zu Lokis wichtigstem Verbündeten. Er ist überzeugt, dass gerade Lokis Zeitspringen der Schlüssel zur Rettung ist, und trainiert ihn, die Fähigkeit gezielt einzusetzen. Mit dem von Loki geretteten Handbuch – das O.B. selbst geschrieben hat – baut er ein provisorisches TemPad, eine weitere jener paradoxen Kausalschleifen der Staffel.
Zuletzt sucht Loki Sylvie in Broxton, Oklahoma auf, deren Erinnerung – wie seine – intakt geblieben ist. Sie lehnt einen Wiederaufbau der TVA ab: Für sie ist jeder dort, wo er hingehört. Loki gesteht, dass er seine Freunde zurückwill und nicht allein sein möchte; die beiden trennen sich erneut. Doch als der vom zerstörten Loom ausgehende Zerfall auch Sylvies neues Zuhause zerreißt, springt sie zur Heiligen Zeitlinie und schließt sich Lokis wiedervereinter Truppe an.
In O.B.s Wohnquartier entsteht die Basis einer neuen, rudimentären TVA – auffällig ähnlich seinem alten Büro, ein Hinweis darauf, dass Loki womöglich unwissentlich die Entstehung der ursprünglichen TVA nachvollzieht. Kaum ist die Gruppe versammelt, beginnt jedoch die Heilige Zeitlinie selbst zu zerfasern: Erst lösen sich seine Freunde in Fäden auf, dann die Umgebung. Im letzten Augenblick meistert Loki sein Zeitspringen endgültig und springt zurück in die TVA – zurück zu O.B., noch vor der Explosion des Temporal Loom. Ein zweiter Anlauf, um alles zu retten, ist eröffnet.
Im Serienfinale kehrt Loki an den Temporalen Webstuhl zurück – genau in dem Moment, in dem Victor Timely den Durchsatz-Multiplikator einsetzen will, um die überlasteten Zeitstränge zu entlasten. Doch sobald Timely das Schutztor durchschreitet, wird er von der temporalen Strahlung ausgelöscht.
Loki nutzt sein anfangs unkontrolliertes Zeitspringen, um den Ablauf immer wieder neu zu beginnen. In unzähligen Varianten versucht er, Timely früher loszuschicken oder ihn zu schützen, doch jeder Anlauf endet im selben Desaster – der Webstuhl zerreißt, die Zeitlinien sterben ab.
Über einen Zeitraum, der sich für ihn wie Jahrhunderte anfühlt, lernt Loki, seine Fähigkeit gezielt zu steuern. Er kehrt zu seinen Gefährten zurück, studiert die Mechanik des Webstuhls und begreift schließlich, was Er-der-bleibt längst wusste: Der Webstuhl lässt sich nicht dauerhaft reparieren, solange unendlich viele Zeitlinien existieren. Jede Lösung, die alle retten soll, führt in die Katastrophe.
Loki entscheidet sich für einen dritten Weg. Er zerstört den Temporalen Webstuhl und greift mit bloßen Händen nach den auseinanderdriftenden Zeitsträngen. Er trägt sie zum Ende der Zeit, nimmt dort den Thron von Er-der-bleibt ein und verwebt die Stränge zu einer gewaltigen, baumartigen Struktur. Als lebendiger Weltenbaum hält Loki die Zeitlinien fortan eigenhändig zusammen – ein Opfer seiner Freiheit, um das Multiversum und seine Freunde zu schützen.
Während Loki allein im Zentrum dieses Baums Wache hält, kehren seine Weggefährten in ihr Leben zurück: Mobius beobachtet in der heiligen Zeitlinie seine Söhne, B-15 und die anderen führen die TVA weiter. Loki hat sein „glorreiches Ansinnen“ gefunden – nicht als Herrscher, sondern als Hüter.
