Zu Beginn befinden sich Cate, Kentaro und May weiter in der Gewalt von Monarch, weigern sich aber, der geheimen Organisation zu helfen. Duvall kommt zu dem Schluss, dass die Lehrerin Cate und der Künstler Kentaro tatsächlich nichts wissen. Bei May liegt der Fall anders: Sie versteht es zu verschwinden, und selbst Monarch findet nicht heraus, wovor sie sich versteckt.
Die Organisation entscheidet, das Trio freizulassen und weiter zu überwachen. Tim übergibt ihnen am Flughafen von Nome in Alaska neue Pässe, Telefone, Flugtickets und Geld, entschuldigt sich für Monarchs Eingriff in ihr Leben – und warnt sie zugleich, sich künftig herauszuhalten. Statt nach Japan zurückzukehren, überredet Cate die anderen jedoch, in San Francisco das dortige Büro ihres verschwundenen Vaters Hiroshi zu durchsuchen. May besitzt eine Sicherungskopie von Hiroshis Dateien und schließt sich widerwillig an.
Parallel wird der greise Lee Shaw in seiner Zelle festgehalten. Deputy Director Natalia Verdugo übernimmt seine Befragung, zeigt ihm altes Filmmaterial von ihm, Bill und Keiko und macht ihm klar, dass er Monarchs Gewahrsam nie wieder verlassen wird. Lee wirft der Organisation vor, seit Langem auf dem falschen Weg zu sein und gegen die Titanen nichts zu unternehmen. Tim und Duvall rätseln unterdessen über Lees Alter – mit 91 Jahren wirkt er auffällig jung, angeblich verändert durch eine gescheiterte Mission.
In San Francisco holt James, ein Arbeitskollege von Cates Mutter, das Trio ab und fährt sie durch das von der Zerstörung gezeichnete Umland. So kommt es zum unangenehmen Wiedersehen mit Cates Mutter Caroline, die erst jetzt erfährt, dass ihr Mann in Kentaro einen Sohn aus einer zweiten Familie hatte. Trotz des Schocks nimmt Caroline die Fremden bei sich auf. Im Gespräch offenbart sie, dass sie Cate nach dem Tod ihrer Schüler am G-Day und der folgenden Depression bewusst nach Tokio gedrängt hat, um sie aus ihrer Erstarrung zu holen.
Weil Cate darauf besteht, Hiroshis Büro in der militärisch abgeriegelten Ruinenzone zu durchsuchen, hilft Caroline schließlich selbst: Sie und James schleusen die drei in einem FEMA-Transporter an der Wache vorbei in die zerstörte Stadt und vereinbaren ein Treffen um acht Uhr morgens, bevor das Tor schließt.
Der Weg durch die Trümmer wird für Cate zur Reise in die eigene Vergangenheit. Rückblenden zeigen ihre glückliche Beziehung zu ihrer Freundin Dani am Tag vor dem G-Day – und zugleich, dass Cate sie mit einer anderen Frau betrog. Am G-Day selbst begleitet Cate einen Schulbus voller Kinder, während Dani in der Turnhalle zurückbleibt. Diese Erinnerungen und immer neue Godzilla-Flashbacks lassen Cate mitten in der Ruinenstadt in Panik geraten.
Als das Militär die Eindringlinge fast entdeckt, fliehen die drei in die U-Bahn-Schächte. Cate bricht fast zusammen und wirft Kentaro an den Kopf, sie würden hier unten sterben; May bleibt bei ihr, während Kentaro allein einen Ausweg sucht. In einer weiteren Rückblende wird klar, warum Dani Cate vorwarf, sie wolle das Gute nicht – die Beziehung zerbrach an Cates Untreue. Gegenüber May gesteht Cate, dass sie ihren Vater für seinen Weggang hasst und überzeugt ist, andere stets zu enttäuschen.
Kentaro folgt den Katzen der Gegend und findet so den Weg zu Hiroshis Bürohochhaus. Hinter der von der Wand gerissenen Karte liegt kein Safe, doch Cate erkennt in den eingezeichneten Schleifen ein Muster. Legt man die Karte über die Dateien, überlagern sich die Routen mit San Francisco, Alaska und Afrika – offenbar der Weg, den Hiroshi genommen hat. Gerade rechtzeitig zum Treffen entkommen die drei aus der Sperrzone.
Zurück bei Caroline entschuldigt sich Cate für das, was Hiroshi ihrer Mutter über dreißig Jahre angetan hat. Caroline gesteht, dass sie von der Doppelbeziehung hätte erfahren können, die Wahrheit aber nie wissen wollte. Cate eröffnet ihr, dass Hiroshi für eine geheime, mit Godzilla verbundene Organisation arbeitete und nicht in Alaska starb – und verspricht, ihn zu finden. Am Ende jedoch schleicht sich May heimlich fort, ruft Duvall an und erklärt, sie wolle nach Hause – ein Verrat, der die Gruppe erneut in Monarchs Reichweite bringt.
