Die Episode beginnt an der Festung der Einsamkeit, wo Kara Zor-El sich einem letzten Überrest von Brainiac in ihrem Inneren stellt und ihn in einer Art digitalem Exorzismus entfernt. Brainiac warnt sie, dass sie damit einen Fehler begeht und alle sie künftig nur noch als Monster sehen würden – verunsichert fliegt Kara davon.
Es ist Halloween: Clark möchte mit Lois eine gemeinsame Zukunft aufbauen, doch Lois ist dafür noch nicht bereit – ihre komplizierte Beziehung zu ihrem Vater, General Sam Lane, hält sie zurück. Sam besucht Lois und übergibt ihr Informationen über eine geheime Klon-Einrichtung, die sie an Superman weiterleiten soll.
Die Gruppe untersucht die verlassene unterirdische Anlage „Project Caliban“ und findet dort genetisch veränderte Pflanzen und Tiere, die an kryptonische Flora erinnern.
Tiefer im Komplex entdecken sie einen im Labor erschaffenen kryptonischen Klon namens B1Z, besser bekannt als Bizarro, der von Dr. George Binder wie ein eigener Sohn großgezogen wurde. Rückblenden zeigen, wie Binder ihm mit Freundlichkeit und Empathie begegnete. Supergirl ist zunächst von seiner künstlichen Herkunft abgestoßen, entwickelt aber nach und nach Mitgefühl für ihn.
Als Superman Bizarro verteidigt, sprengt sich ein Sicherheitsroboter der Anlage selbst – die Explosion schlägt Superman bewusstlos, und die gesamte Einrichtung beginnt zu fluten. Während Supergirl Lois und Jimmy in Sicherheit bringt, rettet Bizarro den bewusstlosen Superman und flieht mit ihm in den Wald.
In den letzten Minuten der Episode wird enthüllt, dass Lex Luthor hinter Project Caliban steckt – und die spätere Verwandlung von Hank Henshaw in Cyborg Superman deutet sich bereits an.
