Nach einem Rückblick, in dem das Ehepaar Bach 28 Jahre zuvor um ihren von Aliens entführten Sohn trauert, entdeckt Asta in der Gegenwart, dass Harry den Alien-Tracker Peter Bach in seinem Bunker gefangen hält – und ihm den von den Greys eingesetzten Peil-Chip aus dem Nacken entfernt hat, Peters einzige Verbindung zu seinem Sohn. Asta befreit Peter, und die beiden Erzfeinde beschließen, gemeinsam General McCallisters geheime Basis in Wyoming zu infiltrieren.
Als trojanisches Pferd lässt sich Harry im Käfig auf die Basis bringen. Peter verschafft sich Zugang, fesselt General McCallister, lädt geheime Dateien herunter und befreit Gefangene – darunter seinen inzwischen erwachsenen Sohn Robert. Harry bricht aus seiner Zelle aus und aktiviert die im Staffel-1-Finale ausgeschalteten Soldaten, die er nun als willenlose Kämpfer gegen die Wachen einsetzt.
Harry findet das Alien-Baby, das ihm die vollständige Botschaft seines zukünftigen Ichs (Goliath) über die Greys übergibt. Als das Baby ihn „Daddy“ nennt, entwickelt Harry echte Zuneigung und nimmt es in seine Obhut. Auf der Flucht will sich Robert mit Peter vereinen, doch der Grey-Agent Joseph feuert auf Robert – Peter wirft sich in die Kugel und stirbt, nachdem er Harry das Versprechen abgenommen hat, Robert zu retten.
Harry würgt Joseph und verschont anschließend auf Drängen des Babys auch McCallister. Er bringt Robert und das Baby in Sicherheit. Deputy Liv entdeckt derweil Videomaterial, auf dem Peter mit einer unbekannten Person – Harrys Arm im Karohemd – im Wagen sitzt.
In Patience überwindet D'Arcy ihre Tablettensucht; auf Astas Drängen schickt Dan schließlich seine erwachsene Tochter statt D'Arcy fort – woraufhin Asta und D'Arcy beschließen, zusammenzuziehen. Der schlaflose, sich ungeliebt fühlende Bürgermeister Ben baut übermüdet einen Autounfall, kommt aber glimpflich davon. Im Klinikum versöhnt er sich mit Kate, und die ganze Stadt zeigt ihm ihre Anteilnahme.
