Die dritte Staffel von Resident Alien endet mit dem großen Showdown gegen die Greys. Diese verfügen über eine Formel, mit der sie die Erde für Menschen und Grey-Mensch-Hybriden unbewohnbar machen wollen. D'arcy, die als Heldin sterben möchte, bringt Harrys Bombe zur Basis der Greys, gerät durch ein Portal auf deren Mutterschiff und wird gefangen genommen. Parallel dazu sprechen Ben und Kate offen über ihre Entführungserlebnisse und die Ortungsgeräte in ihren Körpern – Kate lehnt eine Entfernung ihres Implantats jedoch ab, weil es ihre einzige Verbindung zu ihrem entführten Baby ist.
Joseph entscheidet sich im letzten Moment, Harry zu helfen, nachdem er von den Plänen der Greys erfährt. Gemeinsam mit Asta und Bridget erreicht die Gruppe die Basis. Asta öffnet mit einer Fernsteuerung ein Portal und folgt D'arcy, während Joseph Harry und Bridget ebenfalls den Weg auf das Schiff ermöglicht. Anschließend nutzt Joseph Harrys Alienkugel, um das Geysirwasser in Sand zu verwandeln und den Plan der Greys damit zu durchkreuzen.
An Bord des Schiffs befreit Harry Asta und D'arcy und trifft auf seinen entfremdeten Sohn Robert. Während D'arcy die entführte Kate zu deren Kind führt, finden die beiden Frauen das Baby in einem Raum voller weiterer entführter Säuglinge. Kate wird erneut gefangen genommen, doch D'arcy kann mit dem Baby entkommen. Bridget dagegen findet an Bord ein tragisches Ende, was Harry mit dem Verlust seines Nachwuchses ringen lässt.
Auf der Flucht erkennen Asta, D'arcy und Harry, dass das Mutterschiff der Greys in Wahrheit der Mond der Erde ist. Zurück in Patience feiern Asta und Dan Harrys vermeintlichen Sieg im Diner – doch Harry reagiert ungewöhnlich abweisend auf den angebotenen Kuchen. Zugleich kämpft Joseph gegen Peter, der inzwischen zu einem nahezu unzerstörbaren Cyborg geworden ist.
Das Finale endet auf mehreren Cliffhangern: General McCallister betritt durch ein Portal die Stadt, D'arcy bringt Ben und Kate ihr Baby zurück, und Sahar will mit Max eine Entschuldigung überbringen – doch Max schreit auf, als er hinter Harrys menschlicher Gestalt einen räuberischen Mantid erkennt. In der Schlussszene sind Harry und Bridget in der Mondbasis der Greys gefangen zu sehen, was die wahre Natur der Figur bis zum Ende in Frage stellt.
