Nachdem der Klingone Klaang auf den Weg in seine Heimatwelt Kronos von den Suliban angegriffen wurde, musste er auf der Erde notlanden. Auf der Flucht vor den Suliban wurde er durch einen Farmer ernsthaft verletzt und hat das Bewusstsein verloren. Captain Jonathan Archer erhält daraufhin von der Sternenflotte den Befehl, den Klingonen mit dem Raumschiff Enterprise in seine Heimatwelt zurückzubringen. Kurz danach wird jedoch auch die Enterprise von den Suliban anggriffen und Klaang entführt. Archer und seine Crew beschließen sich auf die Suche nach den Entführern zu machen.
Als die Besatzung der Enterprise auf ihrer Forschungsmission ein fremdes Raumschiff entdeckt, freut sie sich darauf, an Bord zu gehen. Allerdings treffen Archer und seine Crew auf etwas ganz anderes als erwartet: Die gesamte Mannschaft des Schiffes ist tot. Dr. Phlox findet durch Untersuchungen heraus, das es sich bei den Ermordeten um eine humanoide Rasse handelt, der eine Flüssigkeit entnommen wurde, die der menschlichen Lymphflüssigkeit sehr ähnelt …
Die Enterprise entdeckt einen scheinbar unbewohnten Planeten. Bei näherer Untersuchung, finden sie eine vermeintlich feindliche Spezies vor. Trip, Mayweather und T'Pol landen auf dem Planeten, auf dem sie mit halluzinogenen Pollen infiziert werden, die paranoide Zustände verursacht. Als ein gefährlicher Sturm auf dem Planeten aufkommt, muss Archer einen Weg finden, sie zu retten, bevor sie sich selbst gefährden.
Chefingenieur Tucker, wechselt auf ein fremdes Schiff, um bei Reparaturen des Antriebssystems zu helfen. Er kann das Schiff in Ordnung bringen und die Fremden fliegen weiter. Kurz danach erkrankt Tucker scheinbar und wird von Dr. Phlox darüber aufgeklärt, dass er nicht krank sondern schwanger ist. Als auch die Crew bemerkt, was mit Tucker los ist, versucht sie, die Aliens wiederzufinden. Sie entdecken sie versteckt im Kielwasser eines klingonischen Raumschiffs, welches damit droht beide Schiffe zu zerstören.
Terra Nova ist eine weit entfernte alte Erdkolonie, die von den Menschen gegründet wurde, noch bevor interstellarer Raumflug möglich war. Die Reise dauerte viele Jahre und die Kolonisten demontierten ihre Schiffe nach der Ankunft auf dem Planeten, um Grundmaterialien für ihre Kolonie zu gewinnen. Kurz darauf riss der Kontakt ab und seitdem hat man nichts mehr von Terra Nova gehört. Die Enterprise wird nun ausgesandt, um zu ermitteln, was den Kolonisten zugestoßen ist und ob sie vielleicht noch am Leben sind.
Die Crew der Enterprise besucht ein altes vulkanisches Heiligtum, trotz der Sorge T'Pols, dass ihre menschlichen Gefährten die Ruhe dort stören könnten. Bei der Landung entdecken sie, dass das Kloster von Andorianern, die eine lange konfliktreiche Geschichte mit den Vulkaniern hat, gewaltsam übernommen wurde. Archer entdeckt bald, dass die Enterprise mitten in eine interstellare Fehde zwischen Vulkaniern und Andorianern geraten ist, aus der sie nun einen Ausweg finden müssen.
Während die Crew der Enterprise einen Eiskometen untersucht, werden sie von einem Schiff der Vulkanier beschattet. Trip findet heraus, dass T'Pol geheime Nachrichten an das vulkanische Schiff schickt. Währenddessen muss Archer eine gefährliche Rettungsmission unternehmen, um zwei gestrandete Crewmitglieder von dem sich schnell auflösenden Kometen zurückzuholen.
Die Enterprise entdeckt einen Planeten mit einer Zivilisation, die sich auf einem Entwicklungsstand vergleichbar mit dem des späten 19. Jahrhunderts auf der Erde befindet. Die Crew beschließt, diese Kultur zu studieren, wozu die Mitglieder der Außenmission ihr Aussehen verändern müssen, um sich der fremden Kultur anzupassen und nicht aufzufallen. Dabei werden sie auf dem Planeten in ein tödliches Geheimnis hineingezogen, welches schon mehreren Einwohnern das Leben gekostet hatte.
Die Enterprise wird von der Sternenflotte ausgesandt, dem Frachter Fortunate beizustehen, der von nausikaanischen Piraten angegriffen wurde. Captain Keene wurde dabei ernsthaft verwundet und sein erster Offizier Ryan Cross hat das Kommando übernommen. Als Archer und seine Mannschaft das Schiff erreichen, sind sie erstaunt, dass die Crew der Fortunate Archers Hilfsangebote ablehnen und stattdessen von Rache an den Angreifern besessen sind, ungeachtet aller Folgen.
Als die Enterprise auf ein fremdes Schiff trifft, das Sternenbeobachter transportiert, um ein stellares Ereignis zu beobachten, lädt sie Archer auf sein Schiff ein, ohne zu bemerken, dass sich Silik, ein feindlich gesinnter Suliban, unter ihnen befindet. Doch er entdeckt schon bald, dass Silik an einer Zeitreisemission beteiligt ist. Nun muss Archer ihn aufhalten, bevor Silik den Lauf der Geschichte beeinflusst.
Die Enterprise wird von einem unbekannten Schiff angegriffen und die Crew muss hart arbeiten, um die neuen Phaserkanonen in Gang zu bekommen, um sich besser verteidigen zu können. Nebenbei muss Captain Archer feststellen, dass niemand Reed gut genug kennt, um ihm ein wirklich passendes Geburtstagsgeschenk zu machen.
Captain Archer muss eine schwierige ethische Entscheidung treffen. Die Crew entdeckt einen Planeten mit zwei Spezies, von denen eine verzweifelt medizinische und wissenschaftliche Hilfe benötigt, die andere das jedoch ablehnt. Bei den Versuchen zur Hilfeleistung erinnert sich Dr. Phlox an seine denobulanische Vergangenheit, um die ethischen Probleme der Gegenwart zu lösen.
Nachdem die Enterprise ein beschädigtes, klingonisches Schiff entdeckt hat, steigen T'Pol, Hoshi und Reed in eine Shuttlekapsel, um es zu untersuchen. Auf dem Schiff angekommen wird die Shuttlekapsel von einer feindseligen Klingonin gestohlen und die Crewmitglieder der Enterprise damit auf dem klingonischen Schiff zurückgelassen. Archer muss nun mit den Klingonen Kontakt aufnehmen und sie um Hilfe bitten, seine Crew zu retten.
Captain Archer und T'Pol werden entführt, als sie dem angeblich mit den Vulkaniern verbündeten Planeten Coridan einen Besuch abstatten wollen. Es stellt sich heraus, dass vor allem die Regierung des Planeten mit den Vulkaniern verbündet ist. Eine von Einheimischen organisierte Untergrundbewegung misstraut dagegen dem irdischen Schiff in ihrer Umlaufbahn. Als Trip einen Rettungsversuch unternimmt, trifft er unverhofft auf alte Bekannte.
Chefingenieur Tucker und Waffenoffizier Reed sind mit einem Shuttle auf einer Routinemission. Am vereinbarten Treffpunkt mit der Enterprise entdecken sie die Trümmer des Schiffes auf einem Asteroiden. Der nächste bewohnte Planet ist Lichtjahre entfernt und der Sauerstoff reicht nur für eine Woche. Deprimiert setzen die beiden Offiziere einen Kurs auf den leeren Raum und bereiten sich auf das Unausweichliche vor.
Nachdem die Enterprise einem zivilen vulkanischen Schiff bei Reparaturen hilft, stellt die Crew fest, dass diese Gruppe von Vulkaniern auf der Suche nach einen Weg ist ihre Emotionen wieder in ihr Leben zu integrieren. Als die beiden Crews zusammen arbeiten und schnell Freunde werden, ist der Vulkanier Tolaris von T'Pol fasziniert und drängt sie, mit ihren eigenen Emotionen zu experimentieren.
Bei der Erforschung eines unbekannten Planeten, trifft die Crew der Enterprise auf eine Gruppe von Außerirdischen, die die einheimischen Wesen zur Erholung jagen. Währenddessen wird Archer von Visionen einer Frau heimgesucht, die verzweifelt versucht, mit ihm zu kommunizieren. Dadurch erfährt Archer, dass sie und ihre Artgenossen die Beute bei dieser Jagd sind. Archer folgt ihrem Ruf und ebnet das Spielfeld gegen die fremden Jäger.
Die Enterprise treibt durch das All und die Crew liegt am Boden, durch Gas betäubt, als ein Raumschiff andockt, aus dem mehrere Ferengi mit Atemmasken in das Schiff gelangen. Doch während die Ferengi das Schiff nach Profit durchsuchen, erwacht Chefingenieur Tucker und macht sich auf, sein Schiff wieder aus der Hand der unbekannten Aliens zu befreien.
Die Crew der Enterprise besucht einen Planeten, wo das Wrack eines Geisterschiff liegen soll. An Bord des Wracks treffen sie auf Überlebende eines Absturzes, der etwas mehr als drei Jahre zurückliegt. Archer erklärt sich gern zur Hilfe bereit und so wird das Wrack wieder raumtauglich gemacht. Plötzlich macht die Crew an Bord der Enterprise jedoch eine interessante Entdeckung: Der Absturz dieses Schiffes muss mehr als zwanzig Jahre zurückliegen.
Archer und Mayweather werden auf einen Planeten in einem Lager der Tandaraner gefangen gehalten, die mit den Suliban im Krieg liegen. Die Suliban waren ursprünglich eine friedliebende Spezies. Erst als der Cabal - die genetisch verbesserten Suliban - damit begann, die Tandaraner anzugreifen misstrauten die Tandaraner plötzlich allen Suliban und steckte sie als Staatsfeinde in Gefangenenlager.
Eine seltsame, symbiotische Kreatur dringt in die Enterprise ein und verleibt sich einige Crewmitglieder, darunter Archer und Trip, ein und hüllt sie als Nahrungsmittelvorrat in einen Kokon. Hoshi, unter dem Kommando von T'Pol, steht vor ihrer größten Herausforderung, die darin besteht, einen Weg zu finden, mit der Lebensform zu kommunizieren, um ihre Kameraden zu retten und das Wesen auf seinen Planeten zurückzubringen.
Nachdem die vulkanische Botschafterin V'Lar wegen Spionage angeklagt wurde, bittet Admiral Forest die Enterprise, sie zurück zu nach Vulkan zu bringen. Nach dem Angriff einer korrupten außerirdischen Spezies verweigert V'Lar jede Auskunft über die Motive der Angreifer. Als die Enterprise erneut von weiteren feindlich gesinnten außerirdischen Schiffen angegriffen wird, gerät die gesamte Crew in höchste Lebensgefahr. Nach einem Gespräch mit der Botschafterin bittet T'Pol Archer zum allerersten Mal um Hilfe.
Als Archer und Trip von einem außerirdischen Anführer auf einen wüstenartigen Planeten eingeladen wurden, entdecken sie, dass er ein Terrorist ist, der sie mit falschen Versprechen auf seinen Planeten gelockt hat. T'Pol, die das Kommando hat, wird vor eine schwierige Entscheidung gestellt, als Archer und Trip nicht lokalisiert werden können.
Als die Crew einen Landurlaub auf dem berühmten Erholungsplaneten Risa unternimmt, hat Archer eine mysteriöse Begegnung mit einer außerirdischen Frau. Hoshi hat ein überraschendes romantisches Rendezvous. Mayweather erleidet einen Unfall beim Felsenklettern. Und Trip und Reed gehen aus, nur um am Ende des Abend als ahnungslose Opfer eines Überfalls dazustehen. In der Zwischenzeit bleibt Phlox mit T'Pol an Bord, um seinen jährlichen, 48-stündigen Winterschlaf zu halten. Er erfährt aber einige Ungewöhnlichkeiten, als sie ihn aufwecken müssen, weil ein verletztes Crewmitglied an Bord kommt.
Bei dem Besuch einer Bergbau-Kolonie kommt es zu einem folgenschweren Unfall, der die gesamte Siedlung zerstört und alle dort lebenden Menschen tötet. Auf der Rückkehr zur Erde wird der von Schuldgefühlen geplagte Archer plötzlich vom früheren Crewmitglied Daniels durch die Zeit entführt und erfährt, dass unbekannte Kräfte die Zeitlinie manipulieren und die Explosion nicht von der Crew der Enterprise verursacht wurde. Doch um herauszufinden, wer in der Zeitlinie herumpfuscht, muss die Enterprise ein technisch weit überlegenes Suliban-Schiff angreifen.
