Um Archer und die Mission der Enterprise aufzuhalten, nehmen die Suliban die Crew als Geiseln, als sie entdecken, dass Archer verschwunden ist. Unterdessen sind Archer und Daniels im 31. Jahrhundert gestrandet und versuchen einen Weg zu finden, auf die Enterprise zurückzukehren. Daniels macht sich außerdem Vorwürfe, dass seine impulsive Aktion, Archer von der Enterprise zu holen, den Lauf der Geschichte für immer verändert hat und die zukünftige Existenz der Föderation bedroht.
T'Pol erzählt Archer und Trip eine Geschichte über ihre Urgroßmutter T'Mir und drei andere Vulkanier, die den wirklich ersten Kontakt mit Menschen herstellten, nachdem sie in den 1950er Jahren in einer kleinen Stadt in Pennsylvania abgestürzt waren. Archer und Trip sind verblüfft von ihren Enthüllungen, fanden diese Ereignisse doch viel eher und völlig anders statt als in den Geschichtsbüchern berichtet.
Die Enterprise begibt sich unabsichtlich in ein Minenfeld in romulanischem Territorium und ist dort gefangen, nachdem sie von einer nicht detonierten Mine getroffen wird. Als Reed das Schiff verlässt, um zu versuchen, die Mine zu entschärfen, wird er an die äußere Hülle gepinnt. Archer muss sich entscheiden, ob er Reed retten oder dem romulanischen Befehl folgen soll, umgehend ihr Gebiet zu verlassen.
Aufgrund schwerer Beschädigungen von einer romulanischen Mine benötigt die Enterprise dringend umfangreiche Reparaturen. Wie durch ein Wunder trifft die Enterprise auf eine mysteriöse, hochtechnologische, automatisierte Raumstation, die alles unerklärlich und erstaunlich schnell repariert. Während sie darauf warten, dass die Reparaturen abgeschlossen werden, durchsucht die Crew der Enterprise die unbemannte Station und entdeckt ihren einzigartigen und schrecklichen Computerkern.
Archer verbringt eine unruhige Nacht mit Dr. Phlox auf der Krankenstation, nachdem Porthos, Archers Hund, sich mit einem tödliche Virus auf einem fremden Planeten infiziert hatte. Unterdessen glauben Besatzungsmitglieder, dass Archers erhöhter Stresslevel auf Porthos' Krankheit zurückzuführen ist, aber Dr. Phlox vermutet, dass dies mit Archers unterdrückter sexueller Anspannung zusammenhängt und fordert Archer auf ausgerechnet mit T'Pol mal darüber zu sprechen.
Auf der Suche nach Treibstoff für die Enterprise, entdeckt Archer eine verlassene Bergbaukolonie, die von klingonischen Plünderern kontrolliert wird, die die Kolonisten schikanieren und ihren Treibstoff horten. Nachdem Archer das Problem erkannt hat, trainiert die Besatzung die Kolonisten, um sich zu verteidigen und sich auf einen endgültigen Showdown gegen ihre klingonischen Unterdrücker vorzubereiten.
T'Pol nimmt Archer auf eine streng geheime Mission mit, als sie vom Oberkommando der Vulkanier entsandt wird, um einen Flüchtling zu fangen, der sich seit fast zwei Jahrzehnten ihrem Zugriff entzogen hatte. Währenddessen enthüllt T'Pol Archer ein dunkles und gewalttätiges Geheimnis. Trip, der während seiner Abwesenheit Archer vertritt, findet es schwer, die Bürde des Captains zu tragen.
Reed lässt versehentlich seinen Kommunikator während einer Mission auf einem fremden Planeten zurück. Als er mit Archer zurückkehrt, um den Kommunikator wieder zu bekommen, werden sie von Soldaten gefangen genommen, die sie als feindliche Spione beschuldigen. In der Zwischenzeit verwenden Trip und Mayweather die Tarntechnologie des beschädigten Suliban-Zellenschiffs, das sie zuvor erbeutet hatten, um Archer und Reed zu retten, bevor sie hingerichtet werden.
Auf dem Kurs zu einem schwarzen Loch in einem trinären Sternensystem zeigt die Crew der Enterprise bei ihren Routineaufgaben zunehmend ein immer unberechenbarer werdendes Verhalten: Archers Beschäftigung mit dem Schreiben des Vorworts einer Biographie über seinen Vater; Trips Fixierung auf die perfekte Einstellung des Kapitänsstuhls; Hoshi ist besessen von ihrem Kochen; und Reeds Sorge um eine taktische Warnung. Nur T’Pol, die von den Veränderungen nicht betroffen ist, sucht fieberhaft nach der Ursache für das ungewöhnliche Verhalten ihrer Kollegen.
Nach ihren ersten Erfahrungen im Transporter führt eine Reihe von unheimlichen Ereignissen Hoshi zu der Frage, ob sie dieselbe Person ist. Da Hoshi sich ängstlich und hilflos fühlt, ist sie sich nicht sicher, ob sie den Verstand verliert oder ob der Transporter sie irgendwie verändert hat oder ob eine fremde Bedrohung hinter all diesen bizarren Ereignissen steckt, die plötzlich stattfinden.
Als Trip eine exotische außerirdische Frau vor ihren Entführern rettet, befinden sie sich beide auf der Flucht vor ihren Entführern. In der Zwischenzeit hält Archer einen der außerirdischen Entführer in der Enterprise gefangen und entwirft mit T'Pols Hilfe ein Programm, um den widerwilligen Gefangenen unter Druck zu setzen, ihnen bei der Suche nach Trip zu helfen.
Als sich der Enterprise ein tödlicher Neutronensturm schnell nähert, sucht die gesamte Besatzung für einige Tage Schutz in dem Bereich des Schiffes, der am meisten geschützt ist - den Wartungsschächten innerhalb der Schiffsgondeln. Dort wird auch einigen Außerirdischen Schutz geboten, die nicht ganz ehrlich über sich sind.
Chefingenieur Tucker ist allein auf einer Testmission an Bord von Shuttlepod One, als er von einem Außerirdischen beschossen und gezwungen wird, auf der Nachtseite eines Mondes zu landen. Als er vergeblich versucht die Enterprise zu kontaktieren, entdeckt er, dass sein außerirdischer Feind ebenfalls in der Nähe notgelandet ist. Nun müssen beide entscheiden ob sie miteinander oder gegeneinander kämpfen wollen, denn eine extrem heiße aufgehende Sonne bedroht ihr Überleben.
Während die Enterprise einen Planeten besucht, auf dem eine Konferenz für einen außerirdischen medizinischen Austausch stattfindet, versucht Dr. Phlox von den Vulkaniern Forschungsergebnisse über eine unheilbare Krankheit zu bekommen. Aber er darf nicht verraten, dass T'Pol an dieser Krankheit leidet, denn dieses Wissen würde sie für immer unter ihrem Volk stigmatisieren.
Zwischen den Vulkaniern und Andorianern bricht ein militärischer Konflikt über einen kleinen terrageformten Planeten aus, den beide Seiten für sich beanspruchen. In der Mitte des Gefechts kündigen die Vulkanier an, einen Waffenstillstand auszuhandeln. Der Offizier der Imperialen Wache Shran glaubt, dass man nur einen Mann vertrauen kann, der diesen Waffenstillstand herbeiführen kann - Jonathan Archer. Deshalb werden der Captain und sein Schiff zur Vermittlung des Waffenstillstands gerufen.
Die Crew der Enterprise entdecken ein kleines im All treibendes Schiff, in dem sich eine menschliche Leiche befindet. Trip Tucker und Malcolm Reed finden heraus, dass das Schiff ein paar seltsame Geheimnisse birgt. Alles wird jedoch noch mysteriöser, als die Suliban auftauchen und Anspruch auf das Bergungsgut erheben und Captain Archer auch mit den Tholianern konfrontiert wird, die ebenso agressiv versuchen, das geheimnisvolle Schiff zu bekommen.
Als Archer und Tucker die enolianische Heimatwelt in einem Shuttle verlassen, werden sie fälschlicherweise festgenommen und in ein Gefangenentransportschiff gebracht, das für die Strafkolonie Canamar bestimmt ist. Bevor der Fehler behoben werden kann, übernimmt einer der außerirdischen Insassen das Schiff und zwingt Archer damit zu einem gefährlichen Schachzug.
Die Enterprise wird von einem riesigen außerirdischen Schiff "verschluckt", das von körperlosen Wesen gesteuert wird. Diese Wesen nehmen Gestalt an, indem sie die Körper verschiedener Crewmitglieder übernehmen, um mehr über die Menschen zu erfahren, wie sie behaupten. Um die Kontrolle über die Enterprise zurück zu erlangen bittet Archer T'Pol ihre Kräfte der Geisteskontrolle einzusetzen, um herauszufinden, was die Außerirdischen wirklich vorhaben.
Captain Archer ist vor einem klingonischen Tribunal angeklagt, gegen das Reich zu konspirieren. Seine einzige Hoffnung, einem Todesurteil oder einem Leben in den Dilithium Minen auf Rura Penthe zu entkommen ist ein alter und desillusionierter klingonischer Anwalt mit wenig Energie oder Enthusiasmus für diesen Fall.
Als die Enterprise den Kurs ändert, um ein planetarisches Phänomen zu untersuchen, nutzt Fähnrich Mayweather die Gelegenheit, das Frachtschiff zu besuchen, auf dem er geboren und aufgewachsen ist, die E.C.S. Horizont. Aber sein Vater, der Kapitän des Schiffes, ist erst kürzlich gestorben, und Travis stellt fest, dass die Dinge zu Hause seitdem nicht mehr die gleichen waren.
Die Enterprise wird gebeten, eine Gruppe denobulanischer Geologen aus einer Welt zu evakuieren, die von einer militanten Fraktion übernommen wurde. Unterdessen steht Phlox vor einem Dilemma, als ein Evakuierter, ein Antaraner, der unter einer tödlichen Dosis Strahlung leidet, sich weigert, von einem Denobulaner behandelt zu werden, da beide Spezies verfeindet sind.
Während die Enterprise einen Stern in den frühen Stadien einer Supernova studiert, trifft sie auf eine Spezies namens Vissians. Beide Seiten verstehen sich hervorragend, bis Trip ein wenig zu neugierig auf ein Mitglied des dritten Geschlechts der Spezies wird - ein namenloses Individuum, das als "Cogenitor" bezeichnet wird.
Ein Forscherteam findet in der Arktis die Überreste eines außerirdischen Raumschiffes und daneben auch die Körper von zwei kybernetisch verbesserten Humanoiden. Nachdem man diese Körper aufgetaut hat, erwachen sie zu Leben und entführen die Wissenschaftler. Als die Enterprise zu Hilfe gerufen wird, erkennen Archer und seine Crew schnell, dass sie es hier mit einem unnachgiebigen und hinterhältigem Gegner zu tun haben.
Während die Enterprise auf dem Weg zu einem Nebel aus Dunkler Materie ist, erhält Archer die Nachricht, dass A. G. Robinson, sein früherer Rivale in den Anfängen des NX-Testprogramms, gestorben ist. Während einer Shuttlepod-Mission zum Phänomen der Dunklen Materie erinnert sich Archer an T'Pol, als er und Robinson um die Ehre kämpften, als erster die Warp 2-Barriere zu durchbrechen.
Ein Kopfgeldjäger der Tellariten nimmt Archer gefangen, der ihn für eine beträchtliche Belohnung den Klingonen übergeben will. In der Zwischenzeit ist T'Pol mit einem außerirdischen Erreger infiziert, der ihre ursprünglichen vulkanischen Triebe entfesselt.
Die Sonde einer unbekannten außerirdischen Spezies entfesselt einen verheerenden Angriff auf der Erde. Die Enterprise wird zurückgerufen und auf dem Weg nach Hause erhält Archer Informationen, dass die Angreifer aus einer Region des Weltraumes kommen, die als Delphic-Ausdehnung bekannt ist - ein Ort, an dem sehr bizarre Dinge geschehen und von dem nur wenige Schiffe zurückkamen.
