Counselor Deanna Troi untersucht den Geist von Jack Crusher und entdeckt hinter der roten Tür seiner Visionen die Präsenz des Borg-Kollektivs. Es zeigt sich, dass Picards vermeintliches Irumodic-Syndrom in Wahrheit eine organische Borg-Genveränderung ist, die er bei seiner Assimilation als Locutus entwickelt hat. Diese biologische Struktur hat er an seinen Sohn Jack vererbt, der dadurch als organischer Sender für das Kollektiv dient.
Die Wechselbälger hatten Picards ursprünglichen Leichnam von der Daystrom Station gestohlen, um den Borg-Gencode in das Transportersystem der Sternenflotte einzuschleusen. Auf diese Weise lassen sich alle Offiziere unter 25 Jahren gleichzeitig assimilieren. Jack flieht verzweifelt zum Borg-Kubus, um die Borg-Königin zu stellen, wird dort jedoch überwältigt und unter dem Namen Võx assimiliert.
Während der Feierlichkeiten zum Tag der Frontier übernimmt die Borg-Königin über Jack die Kontrolle über die vernetzte Flotte. Admiral Shelby kommt an Bord der Enterprise-F ums Leben. Captain Shaw opfert sein Leben, um Picard und der Crew die Flucht zu ermöglichen, und übergibt zuvor das Kommando der Titan an Seven of Nine, die er erstmals mit ihrem gewählten Namen anspricht.
Geordi La Forge führt Picard und dessen frühere Crew im Sternenflottenmuseum zur restaurierten USS Enterprise-D – dem einzigen einsatzfähigen Schiff, das nicht mit dem Borg-Netzwerk verbunden ist. Die Episode bereitet damit das Serienfinale vor.