Malcolm vertraut seiner KI Kokoro den wiederkehrenden Albtraum vom Weltuntergang an und ringt dabei mit der Frage nach Schicksal und Vorherbestimmung – ebenso wie mit seinem Ehrgeiz, gleichsam einen Gott zu erschaffen. Seine drei Kinder setzen unterdessen ahnungslos ihren Weg durch den Untergrund fort.
Der beim ersten Zusammentreffen beschädigte Terminator steigt aus dem Wasser, prüft mit einem Spiegel seine Schäden und beschafft sich neue Kleidung: Er tötet einen Mann von passender Statur und rüstet zusätzlich seinen Arm mit einer eingebauten Armbrust auf.
Während die verzweifelte Eiko der Polizei zu entkommen versucht, rückt die geheimnisvolle Vergangenheit der Betreuerin Misaki stärker in den Blick. In den abgeschlossenen Katakomben holt der Terminator die Kinder schließlich ein – doch Eiko trifft rechtzeitig ein, um ihnen Zeit zur Flucht zu verschaffen.