„Déjà Vu“ bildet die Mitte der zwölfteiligen dritten Staffel und teilt die Handlung wie gewohnt auf zwei Schauplätze auf. Auf dem Rückweg von Ross ändert Ark-1 den Kurs, um einem Notsignal zu folgen. Während die Crew eine ruhige Phase genießt – Garnet und Ian kommen sich näher, und Brice deutet die Erscheinung von Dr. Morozov als eine Art Echo von Homebase-1 –, stößt das Schiff am Notrufsender auf Trümmer, die von einer Ark stammen.
Noch bevor die Besatzung bestimmen kann, um welches Schiff es sich handelt, gerät Ark-1 in eine Kettenreaktion und explodiert – nur um kurz darauf an denselben Punkt zurückzukehren und den Ablauf von Neuem zu beginnen. Die Crew steckt in einer Zeitschleife. Laut dem Avatar von Dr. Morozov hat sich der Vorgang bereits rund 230-mal wiederholt, und jeder Versuch, dem Muster zu entkommen, führt zurück an den Anfang.
Trotz aller Bemühungen bricht die Schleife bis zum Ende nicht auf: Die Weltraum-Handlung schließt ungelöst, die Besatzung bleibt scheinbar dauerhaft gefangen, und woher die Trümmer genau stammen und was den Kreislauf auslöst, lässt die Folge bewusst offen.
Parallel herrscht auf Homebase-1 Chaos. Strickland entgeht Attentätern, die ihn töten sollen, und kann fliehen. Das bringt Avega dazu, sich mit der klugen Alicia zusammenzutun, um mehr über Ves und die Vorgänge in der Kolonie herauszufinden. Die beiden decken auf, dass Ves und die Attentäter zu einer geheimen Gruppe namens Black Thorn gehören, hinter der zwielichtige Machenschaften stecken. Am Ende ringen sie Ves ein Geständnis ab und stellen sie – vorerst – zur Rede.
Zugleich vertiefen sich die Rätsel um die parallele Entwicklung von Mensch und Tier auf dem Planeten. Das weckt erneut Mister Trusts Interesse und führt ihn zurück zu der Tafel, deren veränderter Text Angus und Alicia zu den „musikalischen Türmen“ über den Tunneln führt. Als Kelly ihre Implantate einsetzt, um die Klangwellen besser zu erfassen, löst das eine englische Übersetzung der Tafeln aus, die von echter Gefahr kündet – ein Ausblick auf die zweite Staffelhälfte.
