Im Serienfinale steht Fillory am Rande der Katastrophe: Seb wird von einer Stimme aus dem Jenseits dazu getrieben, die Tür ins Totenreich zu öffnen. Zu spät erkennt die Gruppe, dass hinter der vermeintlichen Stimme von Sebs verlorenem Geliebten Lance in Wahrheit Martin Chatwin – das Biest – steckt, der Seb nur benutzt hat. Als die Tür aufgeht, kehren die Toten in die Welt der Lebenden zurück, unter ihnen das Biest selbst.
Zelda opfert sich, um die Portale in den Neitherlands zu versiegeln, damit sich die Toten nicht weiter ausbreiten können – sie begründet es damit, dass ihr Tod als Bibliothekarin sie ohnehin nur in eine andere Zweigstelle versetzt. Martin tötet sie mit einer bloßen Berührung. Unterdessen bringt Seb Eliot ins Totenreich, damit dieser die Tür verschließt; als Martin Eliot mit gebrochenen Fingern aufhalten will, heilt Seb dessen Hände.
Um die Bedrohung endgültig zu beenden, entschließt sich Seb, mit Fillory unterzugehen, während Margo die Zerstörung Fillorys auslöst, indem sie die große Uhr rückwärts laufen lässt. Sie bleibt ohne Fluchtweg zurück, doch Penny – dessen Kräfte zurückgekehrt sind – rettet sie im letzten Moment. Seine Kräfte erhält Penny wieder, weil die Verbindung zu seiner und Julias Tochter an ihn gebunden wird: Fogg hatte zuvor Julias Nabelverbindung scheinbar grausam durchtrennt und den Weltensamen gestohlen – Handlungen, die sich als notwendig erweisen, um Julia zu retten. Professor Lipson findet einen Weg, Foggs Verstand wiederherzustellen.
Mit dem Weltensamen erschaffen Josh, Fen, Margo und Alice eine neue, nach ihren eigenen Vorstellungen geformte Welt – doch der Zauber nimmt die vier mit sich, sodass niemand weiß, wohin sie verschwunden sind. In der neuen Welt machen sie sich daran, die Bewohner des alten Fillory dorthin zu entlassen und noch einmal von vorn zu beginnen.
Zurück bleiben die Überlebenden mit einem bittersüßen Abschied: Eliot unterrichtet nun in Brakebills und lässt sich auf eine Beziehung mit Charlton ein, während Penny und Julia nach ihren verschwundenen Freunden suchen. Auch Seb findet seinen Frieden, als Jane Chatwin ihn in die zeitlosen Clock Barrens bringt.
