Das Staffelfinale der dritten Staffel führt den Machtkampf zwischen Ryan Wilder und ihrem Bruder Marquis zum Höhepunkt. Marquis bricht in ein altes Versteck des Jokers in einem verlassenen Vergnügungspark ein und kapert anschließend über die Batcave-Technik sämtliche Bildschirme Gothams: Er fordert die Bevölkerung auf, in fünf Stunden auf die Straße zu gehen, wenn er Batwomans geheime Identität enthüllen will.
Ryan sucht Alice in Arkham auf, die weiterhin auf den „Joy Buzzer“ hofft, um sich von ihrem Wahn heilen zu lassen. Alice verrät, dass es Marquis nie um die Identität ging – er will den letzten Plan des Jokers vollenden. Mit Jadas Technik-Team spürt Luke Marquis auf: Er hat den Bat-Blimp gestohlen und will von dort Säurebomben über dem in den Straßen versammelten Gotham abwerfen, um Millionen Menschen zu töten.
Während Mary und Sophie über den Trophäenraum an den Hypnose-Schirm des Pinguins gelangen, um die Menge unbemerkt in Sicherheit zu bringen, übernimmt Luke die Kontrolle über den Blimp – bis Marquis den Piloten und die Steuerung erschießt. Batwoman dringt auf das Luftschiff vor; im Kampf zwingt sie Marquis zu Boden und prügelt auf ihn ein, während sie ihren Bruder zurückfordert, doch er stößt sie durch ein Fenster.
Mit dem Enterhaken reißt Batwoman Marquis mit sich und öffnet einen Fallschirm; beide landen auf einem Dach. Im erneuten Kampf stürzen sie über die Kante, Batwoman hält Marquis fest. Alice erscheint, zieht beide in Sicherheit und ermöglicht Batwoman, Marquis mit dem Joy Buzzer zu betäuben. Batwing dockt die KI seines Anzugs an, lenkt den Blimp in ein unbewohntes Gebiet und entkommt, kurz bevor das Luftschiff explodiert.
Am Ende ist Marquis geheilt und weniger mörderisch; Ryan und Jada bringen ihn in die Klinik und hoffen auf eine gemeinsame Zukunft. Alice hinterlässt Mary eine Nachricht, dass sie in ein Schweizer Sanatorium geht, um Hilfe zu suchen, während Ryan und Sophie sich näherkommen. Doch im Wrack des Blimps entdeckt eine Reporterin eine monströse Gestalt, die sie und den Kameramann angreift – ein Cliffhanger für das, was in Gotham noch lauert.
