Der junge Peter Parker alias Spider-Man wird von Nick Fury, dem Direktor der S.H.I.E.L.D., einer Organisation, die gegen das Böse kämpft, als neues Mitglied verpflichtet.
Nick Fury ist von Peters Superheldenfähigkeiten begeistert und bittet Peter, das Team angehender Superhelden zu führen. Obwohl Peter sich zunächst nicht ganz wohl bei dem Gedanken fühlt, ‚Chef zu sein‘, willigt er ein.
Mittlerweile haben sich Peter und sein Team gut aufeinander abgestimmt und arbeiten Hand in Hand. Jetzt wollen sie auch Nick Fury davon überzeugen und ihn damit beeindrucken, dass sie den Wissenschaftler Dr. Doom einfangen.
Spider-Mans Erzfeind Dr. Otto Octavius möchte Spider-Man so schnell wie möglich vernichten. Um seinem Ziel näher zu kommen, erschafft er aus Spider-Mans DNA eine ominöse Kreatur namens Venom.
Peter Parker alias Spider-Man lernt Tony Stark kennen, der als Iron Man versucht, das Böse zu besiegen. Er nimmt Spider-Man unter seine Fittiche. Und mit seiner Hilfe bekommt Peter sogar einen besseren Kampfanzug.
Peter Parker hat immer größere Probleme, seine wahre Identität geheimzuhalten. Der Taskmaster versucht als getarnter Sportlehrer, Peters Geheimnis auf die Schliche zu kommen.
Hulk und Spider-Man kämpfen gemeinsam gegen das Energiewesen. Peters Freundin ist so begeistert von ihrem Superhelden, dass sie den Kampf für eine Nachrichten-Sonderausgabe filmt.
Spider-Man ist krank. Und als hätte er damit und mit seiner geheimen Identität nicht schon genug zu tun, muss er sich auch noch mit Venom, der sich als sein bester Freund Harry entpuppt, herumschlagen.
Spider-Man und seine Klassenkameraden machen einen Schulausflug ins Museum. Plötzlich wird die Geschichte lebendig und die Schüler müssen dem großen Thor dabei helfen Asgard zu befreien. Thor wurde von seinem Halbbruder Loki in einen Frosch verwandelt und kann sich alleine nicht mehr wehren. Loki hat die Kontrolle über Asgard erlangt und das gesamte Reich in eine Eislandschaft verwandelt.
Spider-Man und Wolverine kämpfen gemeinsam gegen Mesmero. Mesmero sorgt im Gegenzug dafür, dass Wolverine und Spider-Man ihre Körper tauschen. Beide sind mit den Kräften des anderen Körpers überfordert und wissen nicht damit umzugehen. Ausgerechnet in diesem Moment taucht Sabretooth auf, der mit Wolverine noch eine alte Rechnung offen hat.
Bösewicht Venom bringt Unheil über die Stadt. Bis auf Spider-Man ahnt niemand, dass sich hinter Venom Peters bester Freund Harry Osborn verbirgt. Er ist in der Gestalt des Venoms gefangen und kann sich nicht dagegen wehren. Als die Situation zu eskalieren droht, entschließt sich Spider-Man dazu seinem Team von Harry Geheimnis zu erzählen. Gemeinsam versuchen sie ihn von Venom zu befreien.
Spider-Man ärgert sich darüber, dass er auf Schritt und Tritt von Nick Fury überwacht wird. Er möchte endlich mal etwas Zeit für sich ganz allein haben und sich wirklich privat fühlen können. Fury gewährt ihm dies und entlässt Spider-Man in seine wohl verdiente Freizeit. Dock kaum steht er nicht mehr unter Beobachtung wird er von Dr. Octavius entführt. In letzter Sekunde gelingt es Spider-Man einen Notruf an Fury abzusetzen.
Spider-Man und seine gesamte Schulklasse sind in einen tiefen Schlaf versetzt worden, in dem sie ihre schlimmsten Albträume durchleben. Verantwortlich dafür ist der Dämon Nightmare. Peter und Daniel gelingt es aus diesem Schlaf zu erwachen. Die beiden bitten Dr. Strange um Hilfe, einen alten Bekannten von Daniel, der magische Fähigkeiten besitzt. Gemeinsam versuchen sie Nightmare aufzuhalten.
Der alljährliche Wissenschaftswettbewerb steht an. Da Peter diesen vergessen hat, ist die Zeit für eine gute Erfindung mehr als knapp. Anstatt sich mit seinem Teamkollegen Luke einen gemeinsamen Plan zu überlegen, startet Peter einen Alleingang und stiehlt etwas von Dr. Connors. Das geht allerdings gewaltig nach hinten los und die Situation droht zu eskalieren.
Als Spider-Man den Heliporter betritt ist Nick Fury verschwunden und Zodiac hat die Macht übernommen. Laut Zodiac ist Nick Fury nicht mehr am Leben. Spider-Man möchte das nicht glauben und macht sich auf die Suche nach ihm. Schließlich gelingt es ihm seinen Lehrer zu finden und aus den Händen von Zodiac zu befreien. Gemeinsam versuchen Fury und Spider-Man den Heliporter zu retten.
Der feindselige Beetle treibt sein Unwesen in New York City. J. Jonah Jameson berichtet in den Nachrichten darüber und ruft dazu auf den Beetle zu entlarven und schließlich zu beseitigen. Spider-Man und sein Team bekommen den Auftrag den Nachrichten Reporter zu beschützen und den Beetle außer Gefecht zu setzen.
Spider-Man und sein Team sollen ein Training im Schnee absolvieren. Weil sie darauf keine Lust haben, entfliehen die Freunde auf eine einsame Insel und genießen die Sonne und das Meer. Allerdings währt die Urlaubsstimmung nicht lang, auf der Insel gehen merkwürdige Dinge vor sich. Spider-Man und die anderen versuchen das Geheimnis um die Insel zu lüften. Dabei stoßen sie auf Flint Marko, der ihnen das Leben schwer macht.
Die Wrecking Crew treibt ihr Unwesen in New York City und zerstört dabei ganze Straßenzüge. Allerdings beschränkt die Crew sich ausschließlich auf die Zerstörung der Stadt, ohne dabei etwas zu stehlen. Das lässt Nick Fury stutzig werden und er beauftragt Spider-Man und sein Team, in einem Undercover-Einsatz herauszufinden, welches Ziel die Wrecking Crew verfolgt.
Hulk wird von Außerirdischen angegriffen und Spider-Man versucht ihm zu helfen. Da er Hulk mag und nicht möchte, dass Fury auf die Idee kommen könnte ihn gefangen zu nehmen, nimmt er ihn mit zu sich nach Hause. Durch seine riesigen Ausmaße stellt Hulk allerdings das ganze Haus von Peter und seiner Tante May auf den Kopf. Gemeinsam gelingt es den beiden aber schließlich, die Außerirdischen zu besiegen und Spider-Man kann Nick Fury davon überzeugen dass Hulk ein Freund und kein Feind ist.
Spider-Man hat riesigen Hunger und es kommt ihm gelegen, dass ein Hot Dog Verkäufer ihm einen seiner Hot Dogs schenkt. Allerdings handelt es sich bei dem vermeintlichen Hot Dog Verkäufer um Loki, der mit Spider-Man noch eine alte Rechnung offen hat. Der Hot Dog war verzaubert und Spider-Man wird in ein Schwein verwandelt. Als Schwein wird er von den Jägern von Asgard gejagt. Bevor die Jäger ihn erwischen können, kommt Thor ihm zur Hilfe geeilt.
In der Schule soll ein Theaterstück aufgeführt werden und Spider-Man soll die Hauptrolle übernehmen. Allerdings ist es Agent Phil Coulson zu riskant Peter Parker selbst diese Rolle spielen zu lassen, da seine Identität aufgedeckt werden könnte. Bei der Suche nach einem passenden Schauspieler fällt die Wahl ausgerechnet auf Flash Thompson, einen von Peters größten Rivalen. Kurz vor der Aufführung überkommt den Protagonisten Lampenfieber und Peter Parker muss nun doch als Zweitbesetzung einspringen.
Während Peter seine Freizeit mit seinem besten Freund Harry verbringt, wird dessen Vater Norman Osborn von Iron Man angegriffen. Peter wird umgehend zu Spider-Man und eilt dem Vater seines Freundes zur Hilfe. Er kann nicht glauben, dass sein Freund Iron Man plötzlich nicht mehr zu den Guten gehört und geht der Sache auf den Grund. Spider-Man findet heraus, dass Dr. Octavius die Rüstung von Iron Man gestohlen hat um sich mit falscher Identität an Norman Osborn zu rächen. Gemeinsam nehmen Iron Man und Spider-Man den Kamp gegen Dr. Octavius auf.
Spider-Man und sein Team haben die Ehre mit Captain America zu trainieren. Die Freunde sind fasziniert von ihm und seinen Kräften. Als der Captain sich zu einer Besprechung zurückzieht, lässt er sein Schild in der Obhut des Teams. Während Spider-Man mit dem Schild spielt, geht es verloren und fällt ausgerechnet Dr. Doom in die Hände. Spider-Man nimmt die Verfolgung auf und versucht den Schild seinem rechtmäßigen Besitzer zurückzubringen. Dies gelingt ihm allerding letztendlich nur mit Captain Americas Hilfe.
Peter Parker ist genervt. Seine Tante May findet Gefallen an Agent Phil Coulson und trifft sich mit ihm zum Abendessen. Peter hat Angst, dass seine Tarnung auffliegen könnte und seine Tante mitbekommt dass er Spider-Man ist. Um die Sache unter Kontrolle zu haben, beobachtet er heimlich das Treffen der beiden. Plötzlich wird das Restaurant vom Beetle angegriffen und Tante May wird entführt. Gemeinsam versuchen Spider-Man und Coulson, Peters Tante aus den Fängen des Beetles zu befreien.
In der Schule gibt es Zeugnisse. Zur Feier des Tages lädt Norman Osborn seinen Sohn und Peter in ein schickes Restaurant ein. Doch kurz bevor sie das Restaurant betreten wird erst Peter und dann auch noch Norman Osborn zu einem Notfall gerufen. Harry bleibt allein und enttäuscht zurück. Spider-Man und sein Team werden in den Hallen von Oscorp gebraucht. Dr. Octopus hat seinen Vorgesetzten Norman Osborn in den Green Goblin verwandelt. Das Team nimmt den Kamp gegen die beiden auf. Spider-Man möchte allerdings versuchen, den Vater seines besten Freundes zur Vernunft zu bringen, ohne ihn töten zu müssen.
Norman Osborn wurde von Dr. Octopus in den Green Goblin verwandelt. Spider-Man und sein Team schaffen es einfach nicht, die Verwandlung rückgängig zu machen. Sie können nur noch versuchen Harry vor seinem eigenen Vater zu beschützen. Dem Team gelingt es, den Green Goblin zu besiegen und zum vollständigen Rückzug zu bewegen. Allerdings hinterlässt dieser eine Spur der Verwüstung. Der Heliporter ist vollkommen zerstört und Harry zu Tode betrübt. Spider-Man muss sich jetzt nicht nur um Harry kümmern, sondern auch um das gesamte Team. Durch die Zerstörung des Heliporters sind Ava, Daniel, Luke und Alexander obdachlos geworden.
