Die Daleks brauchen die Hilfe des Doktors. Ein Planet, den sie als Irrenhaus nutzen, soll zerstört werden, bevor die dort untergebrachten beschädigten Daleks fliehen können. Der Doktor nimmt Kontakt zu einer Pilotin auf, die nach einem Absturz ihres Raumschiffes auf dem Planeten gelandet ist.
Ein Raumschiff droht im Jahr 2367 auf die Erde zu stürzen. Der Doktor versammelt ein Team um sich und begibt sich an Bord. Dort begegnet das Team, zu seiner Verwunderung, zahlreichen Dinosauriern.
Der Doktor landet versehentlich im Wilden Westen. Im örtlichen Arzt erkennt er einen Außerirdischen namens Jex, der an freiwilligen Probanden Experimente ausführt. Eine von Jex' Kreationen hat sich allerdings gegen ihn gewandt und verlangt nun seinen Kopf.
Amy und Rory stellen sich die Frage, ob sie mit dem Doktor weiter reisen sollen oder ob es Zeit für ein normales Leben wird. Während sie in ihr normales Leben zurückfinden, erscheinen überall auf der Welt verteilt Milliarden schwarzer Würfel. Erst ein Jahr später offenbaren sie ihr gefährliches Geheimnis.
Der Doktor nimmt Amy und Rory mit auf einen Ausflug in den Central Park in New York. Dort begegnen sie den weinenden Engeln, die Rory zurück in die dreißiger Jahre schicken. Dort begegnet er River Song, seiner Tochter.
Der Doktor sucht in der Gegenwart nach Clara, der er bereits zwei Mal begegnet ist - wobei jede Begegnung tödlich für Clara endete. In London findet er nun eine dritte Version von ihr. Gemeinsam untersuchen sie seltsame Vorkommnisse im WiFi-Netzwerk der Stadt.
Mit seiner neuen Begleiterin Clara Oswald reist der Doktor zu den Ringen von Akhaten, einer entfernten Planetenkonstellation. Dort trifft Clara auf ein verängstigtes junges Mädchen, das sich als Königin der Jahre vorstellt. Die Königin muss bei einer Zeremonie einen rituellen Gesang vorführen, doch der geringste Fehler kann für die Bewohner tödlich enden.
Die TARDIS materialisiert sich auf einem U-Bott inmitten der Wirren des Kalten Krieges. Schnell stellt sich heraus, dass der Doktor nicht das einzige außerirdische Wesen an Bord ist: Im Frachtraum hat die Besatzung eine in Eis gefrorene Kreatur untergebracht, die sie fälschlicherweise für ein Mammut hält.
Auf einem verlassenen Anwesen im Moor soll es spuken. Die Rede ist von einer Brunnenhexe, die seit Jahrhunderten dort ihr Unwesen treibt. Der Doktor und Clara finden tatsächlich einen Geist, der jedoch ihre Hilfe dringend benötigt.
Eine Abwrackmannschaft macht sich an der TARDIS zu schaffen. Sie soll in ihre Einzelteile zerlegt und verkauft werden. Der Doktor muss nicht nur die Zerstörung verhindern, sondern auch seine Begleiterin wiederfinden, die in den Tiefen der TARDIS verloren gegangen ist.
Eine Mordserie geht 1893 in der Kleinstadt Sweetville um: Am Flussufer werden regelmäßig Leichen angespült, deren Haut rotgefärbt zu sein scheint. Der Doktor scheint auf unangenehme Weise in die Fälle verwickelt zu sein.
Der Doktor nimmt Clara mit zum intergalaktischen Freizeitpark Hedgewick's World of Wonders. Doch statt dem versprochenen Vergnügen erblicken sie vor den Toren nur gähnende Leere. Der Park wurde stillgelegt. Bevor sie umkehren will der Doktor noch herausfinden, was es mit den kleinen metallenen Insekten auf sich hat, die er vor Ort findet.
Die Flüstermänner entführen während einer telepathischen Konferenz, an der auch Vastra, Jenny, Strax und Clara teilnehmen, mehrere Teilnehmer an einen unbekannten Ort. Clara berichtet dem Doktor von dem Vorfall, der sich an einen Ort begeben muss, an dem er besser niemals auftauchen sollte.
