Das Staffelfinale knüpft direkt an den Cliffhanger an: Madam Claw ist zu einem gewaltigen, kaijugroßen Gremlin herangewachsen und verwüstet Shanghai, während der um seine Hand gebrachte Riley Greene weiter im Hintergrund seine Fäden zieht. Sam, Elle und Gizmo müssen die Kreatur aufhalten, bevor die Stadt endgültig zerstört wird.
Der entscheidende Schlüssel bleibt das Tonmesser der Schöpfung. Als Claw das Messer verschluckt, springt Gizmo kurzerhand in ihr Maul. Beim nächsten Ausbruch der Riesin wird Gizmo mitsamt dem Messer hinausgeschleudert und kann es im Flug ergreifen, ehe er auf einem Dach landet. Damit ist Claw bezwungen.
Mit dem Messer in der Hand nutzt Sam dessen Macht, um die übrigen bösen Gremlins zurück in harmlose, knuddelige Mogwai zu verwandeln und so die Stadt zu retten. Doch Greene bringt die Helden noch einmal in seine Gewalt und will das Messer nutzen, um alle in Kakerlaken zu verwandeln.
Sam, Elle und Gizmo überlisten ihn mit einem Trick: Sie stimmen im Chor an, Greene solle bloß nicht daran denken, sich selbst in eine Kakerlake zu verwandeln – woraufhin genau dieser Gedanke ihn übermannt und er sich selbst in ein Insekt verwandelt. So besiegt sich der Bösewicht durch seine eigene Gier.
Mit Greenes Niederlage kehren all seine Opfer ins Leben zurück, darunter die Göttin Nuwa. Sie sammelt die Kreaturen ein und bringt sie zurück ins Tal der Jade, während Gizmo eigens nach Shanghai zurückläuft, um Sam und Elle noch einmal zu umarmen. In der Schlussszene deutet sich Größeres an: Ein einziger überlebender Gremlin – Noggin – hat sich an Bord eines Schiffes geschmuggelt, das geradewegs Kurs auf San Francisco nimmt, ein augenzwinkernder Brückenschlag zur Kinovorlage.
