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Die zweite Folge beginnt damit, dass der Großvater weitere Regeln für den Umgang mit Mogwai erklärt: kein grelles Licht und keine Fütterung nach Mitternacht. Kaum ausgesprochen, klopfen Elle und Bandenboss Riley Greene an die Tür. Greene durchschaut, dass der Großvater einst ein Schatzsucher war, und fordert das Wesen heraus.
Der Großvater setzt eine magische Rasseltrommel ein und schaltet Greenes Handlanger aus. Doch Greene greift zu einer Perlen-Magie, mit der er die Seele des Großvaters in eine kleine Kugel zieht und diese verschlingt. Im Tumult können Fong, Sam und alle Mogwai entkommen, während Hon zurückbleibt und gefangen genommen wird. Fong lockt die Verfolger weg und schärft Sam ein, die Mogwai allein zum Tal der Jade zu bringen.
Während Sam und Gizmo ein Nickerchen halten, ziehen die vier neuen Mogwai plündernd durch die Nachbarschaft: Sie zerstechen Fahrradreifen, terrorisieren ein Restaurant und stehlen dessen gesamte Teigtaschen – und fressen dabei nach Mitternacht. Als Sam und Gizmo aufwachen, entdecken sie bereits eine Reihe böser Gremlins, die aus kokonartigen Eiern zu schlüpfen drohen – die unmittelbare Folge des nächtlichen Fressens.
Greene spürt die beiden auf, doch Elle streckt ihn mit einem Wok nieder und schließt sich Sam an. Sie beteuert, nicht gewusst zu haben, dass Greene Sams Familie schaden wollte, und bietet einen Handel an: Sie hilft, das Tal der Jade zu erreichen, und nimmt dafür nur einen kleinen Teil des Schatzes – gerade genug, um Greene für immer zu entkommen. Zudem kann sie eine Nachricht an Sams Eltern übermitteln, die in einem magischen Gefängnis festgehalten werden. Ihr erster Schritt: ein Schlüsselpaar stehlen und auf einen vorbeifahrenden Zug aufspringen. Als Greene erwacht, sehen ihn die frisch geschlüpften bösen Gremlins bereits erwartungsvoll an.
Sam, Elle und Gizmo setzen ihre Reise mit dem Zug fort. Sam erklärt, dass der Schlüssel zum Tal der Jade in der geheimnisvollen Ghost City liegen soll – auch wenn er selbst nicht genau weiß, was das bedeutet. Weil er Elles Diebeszüge missbilligt, will er seinen Fahrpreis lieber ehrlich verdienen und beginnt, Schuhe zu putzen.
Dabei gerät Sam an Yao, einen Bahnpolizisten, der Elle zuvor beim Stehlen in einem der Waggons beobachtet hat. Während Sam sich dessen Belehrungen anhören muss, treffen Elle und Gizmo auf eine weit größere Gefahr: einen ziegenbeinigen Gestaltwandler mit finsteren Absichten, der es auf Gizmo abgesehen hat.
Das Wesen kann Sams Gestalt perfekt kopieren und sät so gezielt Misstrauen innerhalb der Gruppe. Zudem gibt es preis, dass es die vierte Regel der Mogwai kennt: das Leben selbst. Wer ein Mogwai verschlingt, so die Kreatur, gewinnt Unsterblichkeit – was Gizmo in akute Gefahr bringt.
Am Ende zahlt sich das gesäte Misstrauen aus: Elle wendet sich gegen Sam und koppelt den Waggon ab, in dem er sich befindet. Sam bleibt zurück, während Elle und Gizmo mit dem Zug weiterfahren.
Ein heftiger Regensturm zwingt Elle und Gizmo dazu, in einem nahen Gasthaus Schutz zu suchen. Geführt wird es von der scheinbar herzlichen Meng Po, die sich rührend um das Wohl all ihrer Gäste sorgt. Merkwürdig nur: Gäste gibt es keine – lediglich Personal, das behauptet, gerade erst eingestellt worden zu sein, und darauf beharrt, weit jünger zu sein, als es aussieht.
Zwischen Elle und Gizmo herrscht noch immer dicke Luft. Doch während sie sich einquartieren, bemerkt Elle, dass mit Meng Po und ihren Bediensteten etwas grundlegend nicht stimmt. Das freundliche Auftreten der Wirtin täuscht über eine unheimliche Wahrheit hinweg.
Als Sam die beiden schließlich einholt, trinkt er von Meng Pos verzaubertem Tee. Das Getränk löscht sein Gedächtnis aus und macht ihn zu einem weiteren willigen Mitglied der stetig wachsenden Belegschaft – gefangen im Bann der Wirtin.
Parallel dazu tut sich etwas auf Rileys Boot, wo die übrigen Mogwai gefangen gehalten werden: Sie kratzen an der Wand, entdecken einen Ausgang durch einen Lüftungsschacht im Dach und arbeiten sich gemeinsam durch die Luftkanäle – ein erster Schritt in Richtung Freiheit.
Sam, Elle und Gizmo folgen der Karte von Sams Großvater durch den unheimlichsten Wald, den sie je gesehen haben. In der Dunkelheit lauern seelenraubende, untote Bürokraten (Jiangshi), die die drei angreifen. Großvater Wings Rat im Notizbuch lautet schlicht: „stechen oder rennen“.
Auf der Suche nach Schutz stoßen die Gefährten auf ein hölzernes Gebäude, in dem ein Waisenjunge namens Radish schon seit einiger Zeit haust und sich ihnen anschließt.
Unterdessen sind auf Riley Greenes Schiff die Gremlins ausgebrochen und stiften Chaos. Sams Eltern nutzen das Durcheinander für einen eigenen Fluchtversuch. Greene und die Gremlins besiegeln ihre Partnerschaft – die Kreaturen ersetzen fortan seine Handlanger.
Die Reise führt Sam, Elle und Gizmo auf einen lebhaften, bizarren Geistermarkt. Dort suchen sie Hilfe bei Gizmos Schöpferin – doch zunächst müssen sie beweisen, dass Menschen nicht durch und durch schlecht sind.
Die geheimnisvolle Göttin Nüwa entpuppt sich als Schöpferin der Mogwai. Gemeinsam mit der Gottheit Fuxi hatte sie die Wesen einst als Prüfung für die Verantwortung der Menschen erschaffen. Nüwa ist zwar bereit, Gizmo ins Tal der Jade zurückzuschicken, traut den Menschen den Weg dorthin aber nicht zu.
In der siebten Folge von Gremlins: Secrets of the Mogwai spitzt sich die Flucht von Sam Wing, Elle und dem Mogwai Gizmo zu. Gemeinsam mit der geschwächten Göttin Nüwa, die durch ein Gift ihre Kräfte kaum noch einsetzen kann, versuchen sie, ins Tal der Jade — Gizmos Heimat — zu gelangen, bevor der skrupellose Industrielle Riley Greene und seine Armee böser Mogwai sie einholt.
In einer Taverne verschanzt, wehren sich Sam und Elle gegen die angreifenden Mogwai. Sam entzündet ein Feuer, das die lichtscheuen Kreaturen verscheucht. Greene, der lieber im offenen Kampf gewinnt, dringt schließlich selbst ein — trifft dort aber nur auf den verbündeten Radish. Der Gruppe gelingt die Flucht, doch nun heften sich auch noch Fuchsgeister an ihre Fersen, die es auf den frei umherlaufenden Mogwai abgesehen haben.
Auf dem Weg zum sogenannten Bagua-Raum, von dem aus Gizmo nach Hause geschickt werden soll, trennen sich die Wege kurzzeitig: Elle lockt die Verfolger als Köder auf sich, während Sam mit Gizmo entkommt. Um Gizmos Witterung zu verbergen, reibt sich der Mogwai mit Fisch aus einem Karren ein. In einem gewitzten Manöver lenkt Elle die Fuchsgeister schließlich direkt in Greenes Mogwai-Truppe.
Am Bagua-Raum entpuppt sich der Fischkarren als getarnter Flussgeist, der Gizmo fressen will. Sam und Elle stoßen die Kreatur in den Fluss — die Quelle ihrer Kraft, wie Nüwa entsetzt feststellt. Der Geist greift erneut an; Elle wirft sich schützend vor Gizmo und wird an seiner Stelle verschlungen. Nüwa tötet den Geist, doch Elles Puls ist kaum noch zu spüren. Erst der geheimnisvolle Himmlische Administrator kann sie mit einer magischen Zutat wiederbeleben.
Während der Administrator ein Portal zum Tal der Jade öffnet und Sam, Elle und Gizmo hindurchschickt, stellt sich Nüwa Greene entgegen, um den dreien Zeit zu verschaffen. Der Kampf endet bitter: Ein Mogwai mit einem magieresistenten Ring bringt die Göttin zu Fall, und Greene verschlingt sie, um sich ihr gesamtes Wissen anzueignen. Sam, Elle und Gizmo landen unterdessen auf einem verschneiten Berg — das Tal der Jade liegt endlich in Sichtweite.
Die achte Folge von Gremlins: Secrets of the Mogwai beginnt mit einem seltenen Moment der Ruhe: Sam, Elle und Gizmo erreichen das Tal der Jade, die Heimat der Mogwai. Gizmo trifft seine Artgenossen wieder, und die anfängliche Furcht der Mogwai vor den beiden Menschen weicht schnell — gemeinsam bringen sie mit Gesang die Pflanzen des Tals zum Leuchten.
Doch der Frieden trügt. Riley Greene, der die Göttin Nüwa verschlungen und ihre Kräfte übernommen hat, tötet den Himmlischen Administrator, als dieser ihm die Hilfe verweigert, und öffnet sich mit gestohlener Magie ein eigenes Portal ins Tal. Derweil entdeckt Elle das im Fels steckende Messer der Schöpfung — Nüwas Werkzeug, mit dem sich Dinge erschaffen lassen. Sie formt daraus einen goldenen Schmetterling, doch Sam mahnt, dass Sterbliche nicht Gott spielen sollten, und legt die Klinge zurück.
Beim Abschied bemalt Gizmo die Gesichter seiner Freunde als Zeichen, dass er immer bei ihnen sein wird. Die Umarmung wird jäh unterbrochen, als Greene erscheint. Er will nicht nur die Mogwai, sondern vor allem das Messer der Schöpfung. Sam greift danach, zögert jedoch, als Greene ihm mit einer Vision seiner Eltern droht — und verliert die Klinge. Greene verschlingt einen Mogwai und macht sich damit unsterblich.
Während die bösen Mogwai die übrigen zusammentreiben und Gizmo demütigen, wendet sich das Blatt: Die zur Bestie gewordene Mogwai-Anführerin Claw umarmt Greene scheinbar liebevoll — und fällt ihn dann mit den anderen an. Mit einer Axt trennen sie ihm die verzauberte Hand ab, und mit dem Messer der Schöpfung wünscht Claw ihm auch die zweite Hand fort. Entmachtet und besiegt geht Greene zu Boden.
Der Sieg hat jedoch einen bitteren Preis: Claw reißt das Messer an sich, verwandelt alle verbliebenen Mogwai in ihre monströse Gestalt — nur Gizmo bleibt verschont — und stürzt sich mit ihnen in Greenes Portal nach Shanghai. Elle will ihren Mogwai-Freund noch zurückhalten, doch Claw stößt ihn ins Portal und schließt es hinter sich. Sam, Elle sowie Sams Eltern Fong und Hon bleiben allein im Tal der Jade zurück.
Die vorletzte Folge der Staffel setzt mitten in der Krise an: Shanghai feiert das chinesische Neujahrsfest mit einem Feuerwerk, doch die Feierlichkeiten werden jäh unterbrochen, als sich ein von Riley Greene geöffnetes Portal auftut. Durch den Riss stürzen zahllose bösartige Mogwai in die Stadt und stiften augenblicklich Chaos.
Sam ist von seinem jüngsten Scheitern schwer getroffen und muss zunächst in sich gehen, um neue Kraft zu schöpfen. Als er sich entschließt, Gizmo zu Hilfe zu eilen, hält seine Mutter ihn zurück und ruft ihn eindringlich bei seinem vollen Namen. Von Zweifeln geplagt bleibt Sam zunächst in der Sicherheit des Elternhauses, während Elle sich allein aufmacht, um Gizmo aus den Händen von Madam Claw zu retten.
Madam Claw zieht mit dem gefangenen Gizmo durch die Stadt und trägt das Tonmesser der Schöpfung bei sich, mit dem sich die Kreaturen erschaffen und verwandeln lassen. Gizmo gelingt es kurzzeitig, Claw mit einem Kitzeln aus dem Konzept zu bringen, doch sie erlangt rasch wieder die Oberhand und nutzt das Messer, um noch mehr Verwüstung anzurichten.
Schließlich siegt bei Sam der Mut über die Angst. Er kann sogar seine Eltern für einen Rettungsversuch gewinnen, sodass die Familie sich mit Elle zusammentut. Der Plan: Madam Claw lange genug abzulenken, um an das Tonmesser der Schöpfung zu gelangen und die bösen Gremlins wieder in harmlose Mogwai zu verwandeln.
Nebenbei liefert die Folge die titelgebende Namensgebung: Riley Greene entscheidet, dass die Bezeichnung „Mogwai“ für diese zerstörerischen Wesen zu niedlich ist, und tauft sie kurzerhand „Gremlins“ – ein Vorgriff auf die vertraute Kinovorlage.
Das Staffelfinale knüpft direkt an den Cliffhanger an: Madam Claw ist zu einem gewaltigen, kaijugroßen Gremlin herangewachsen und verwüstet Shanghai, während der um seine Hand gebrachte Riley Greene weiter im Hintergrund seine Fäden zieht. Sam, Elle und Gizmo müssen die Kreatur aufhalten, bevor die Stadt endgültig zerstört wird.
Der entscheidende Schlüssel bleibt das Tonmesser der Schöpfung. Als Claw das Messer verschluckt, springt Gizmo kurzerhand in ihr Maul. Beim nächsten Ausbruch der Riesin wird Gizmo mitsamt dem Messer hinausgeschleudert und kann es im Flug ergreifen, ehe er auf einem Dach landet. Damit ist Claw bezwungen.
Mit dem Messer in der Hand nutzt Sam dessen Macht, um die übrigen bösen Gremlins zurück in harmlose, knuddelige Mogwai zu verwandeln und so die Stadt zu retten. Doch Greene bringt die Helden noch einmal in seine Gewalt und will das Messer nutzen, um alle in Kakerlaken zu verwandeln.
Sam, Elle und Gizmo überlisten ihn mit einem Trick: Sie stimmen im Chor an, Greene solle bloß nicht daran denken, sich selbst in eine Kakerlake zu verwandeln – woraufhin genau dieser Gedanke ihn übermannt und er sich selbst in ein Insekt verwandelt. So besiegt sich der Bösewicht durch seine eigene Gier.
Mit Greenes Niederlage kehren all seine Opfer ins Leben zurück, darunter die Göttin Nuwa. Sie sammelt die Kreaturen ein und bringt sie zurück ins Tal der Jade, während Gizmo eigens nach Shanghai zurückläuft, um Sam und Elle noch einmal zu umarmen. In der Schlussszene deutet sich Größeres an: Ein einziger überlebender Gremlin – Noggin – hat sich an Bord eines Schiffes geschmuggelt, das geradewegs Kurs auf San Francisco nimmt, ein augenzwinkernder Brückenschlag zur Kinovorlage.