Kung Kungs Sturm gewinnt an Kraft und wird bis nach Innocence, Clamp Castle und San Francisco bemerkt. Die Wings, Elle, Chang und Margot suchen höher gelegenes Terrain, während Margot sich gegen Kung Kungs Ruf wehrt. Elle und Margot tauchen nach den verlorenen Wunschsteinen, während Sam beim Anblick seines Hutes neuen Mut fasst und mit seiner Familie und dem nun reuigen Chang einen Plan schmiedet.
Im Zug zwischen den Welten entwickelt Noggin eine Theorie zu Gizmos Anfällen: Wie alle Mogwai trägt Gizmo den Fluch, den Fuxi ihm auferlegt hat, ein zerstörerischer Trickster zu sein. Solange er versucht, der stets perfekte Mogwai zu sein, wird dieser Drang immer wieder durchbrechen. Niemand könne dauerhaft perfekt sein, und Gizmo solle sich hin und wieder etwas gehenlassen – beginnend damit, den Zug zu kapern, um Sam zu helfen.
In der Stadt gesteht Fong ihrem Vater, wie sehr sie es hasste, dass er in ihrer Jugend ständig auf Abenteuern war. Großvater räumt seine falschen Entscheidungen ein und würde sich, hätte er einen Wunschstein, wünschen, wieder jung zu sein, um seine Abenteuer mit der Familie an seiner Seite zu erleben. Fong verzeiht ihm.
Chang stellt Kung Kung zur Rede, doch der Gott zeigt ihm, dass die Stadt tatsächlich unzerstörbar ist: Jeder Schaden wird sofort rückgängig gemacht. Mit den magischen Gegenständen aus Sams Abenteuerkiste und Fundstücken wie Calamity Janes Peitsche lenkt die Gruppe Kung Kung ab, damit Fong ihn in die verzauberte Flasche bannen kann – doch er ist zu mächtig und entreißt sie ihr. Als Kung Kung zum Angriff ansetzt, rammt ihn der herbeieilende Zug zwischen den Welten und lässt ihn zu Wasser zerfallen.
Gizmo und Noggin vereinen sich wieder mit Sams Familie, doch Kung Kung formt sich neu. Sam erkennt, dass Elle nur mit den Wunschsteinen eine Chance hat, und will ihr Zeit verschaffen. Noggin und Gizmo springen ins Wasser und beschwören eine Armee aus Mogwai und Gremlins. Während der Kampf tobt, findet Elle mit ihrer Mutter einen Wunschstein. Margot, inzwischen vollständig zu Wasser geworden, drängt ihre Tochter mit letzter Kraft, den Wunsch gegen Kung Kung einzusetzen, und zerfällt. Elle wünscht sich Kung Kung fort – der Gott ist besiegt, Sturm und Fluten verschwinden.
Fong gesteht Sam endlich, dass er bereit für Abenteuer ist. Elle scheint ihre Mutter für immer verloren zu haben, doch die letzten Wasserpfützen verwandeln sich in Menschen – allesamt einstige Wassergeister in Kung Kungs Diensten, nun befreit; auch Margot ist wieder Mensch. Großvater ruft den Zug herbei, um die früheren Wassergeister fortzubringen, während Noggin sich wieder Algernon nennt und in Changs Stadt bleibt, um mit Mogwai und Gremlins in Frieden zu herrschen. Zum Schluss nimmt Großvater einem der Menschen den dritten Wunschstein ab und behält ihn, und die Wings beschließen, als Nächstes nach New York City zu reisen.
