Im Jahr 2552 steht die Menschheit im Krieg mit der außerirdischen Allianz der Covenant. Auf dem abtrünnigen Planeten Madrigal, den Aufständische von der Erdregierung UNSC unabhängig machen wollen, landen Covenant-Elitekrieger und beginnen, die Bewohner einer Siedlung zu massakrieren. Die UNSC greift mit dem Spartan-II-Trupp Silver Team unter Master Chief Petty Officer John-117 ein. Silver Team besiegt die Elites, kann das Blutbad jedoch nicht verhindern; einzige Überlebende bleibt das junge Mädchen Kwan Ha.
Bei der Untersuchung des Covenant-Landeplatzes stößt Silver Team auf ein geheimnisvolles Artefakt. Als John es berühren will, durchzuckt ihn eine Vision aus seiner Kindheit und ruft verschüttete Erinnerungen wach. Ein überlebender Elite beobachtet die Szene und flieht. John trennt sich vom Trupp und nimmt das Artefakt sowie die verletzte Kwan mit auf den Weg zu seinem Heimatplaneten Reach, wo Dr. Catherine Halsey die Entdeckung über eine Videoaufzeichnung verfolgt.
Parallel berichtet der geflohene Elite in der Covenant-Hauptstadt High Charity dem Propheten Mercy von seinem Fund. Halsey gerät derweil mit Admiral Parangosky über ihre Methoden aneinander und wird angewiesen, die Entwicklung einer neuartigen Künstlichen Intelligenz namens Cortana einzustellen.
An Bord des Schiffs wird Kwan von UNSC-Commander Miranda Keyes kontaktiert, die sie überreden will, die Galaxis vor den Covenant-Angriffen zu warnen. Aus Misstrauen gegenüber der UNSC lehnt Kwan ab. John erhält den Befehl, sie zu exekutieren, verweigert ihn jedoch. Daraufhin wird die Sauerstoffzufuhr von Schiff und Anzug gedrosselt, um Kwan zu töten und John auszuschalten — beides scheitert.
Als das Schiff nach Reach zurückgeschickt wird, rückt das Militär an, um John zu neutralisieren. Um Kwans Vertrauen zu gewinnen, nimmt er seinen Helm ab. Nach der Landung umstellen zahlreiche Marines das Schiff. Statt aufzugeben, aktiviert John erneut das Artefakt, das genug Energie freisetzt, um den Stützpunkt lahmzulegen und das eigene Schiff mit Strom zu versorgen. John und Kwan entkommen von Reach und fliehen in den Weltraum.
