Eine Rückblende führt auf den Müllplaneten Oban, wo die spätere Covenant-Agentin Makee als Kind aufwuchs. Bei einem Angriff der Covenant wird deutlich, dass nicht ein Objekt, sondern Makee selbst gesucht wurde – sie besitzt dieselbe Gabe wie der „Dämon“. Als Erwachsene bereitet sie sich darauf vor, für die Propheten den Keystone und ebendiesen Dämon aufzuspüren; gemeint ist Master Chief.
Bei der UNSC treibt Dr. Halsey ihr umstrittenes Cortana-Projekt voran, obwohl Admiral Parangosky misstraut und Halseys Tochter Dr. Miranda Keyes Zugang zum Madrigal-Artefakt verschafft. Halsey nutzt einen illegal erzeugten Flash-Klon ihrer selbst: Aus dem lebenden Klon wird das Bewusstsein extrahiert – der Körper anschließend vernichtet – und die KI Cortana in Master Chief eingesetzt, um seine Leistung zu optimieren.
Cortana soll Master Chief steuern, wird von Halsey aber vorerst gedrosselt, bis klar ist, wie das Artefakt auf ihn wirkt. Master Chief erträgt die ständige KI-Stimme nur widerwillig; als Cortana kurzzeitig die Kontrolle übernimmt und das Artefakt berührt, kann sie nichts sehen. Mit Cortanas Anleitung entfernt Master Chief den Inhibitor in seinem Rücken, der seine Emotionen unterdrückt hat.
Am Artefakt erinnert sich Master Chief, dass er als Kind ein zweites, dazugehöriges Artefakt zeichnete und mit seinem Vater etwas vergrub. Durch Ausschluss schließen sie, dass es auf dem verlassenen Planeten Eridanus II liegen muss. Unterdessen will Kwan Ha zurück auf ihren Heimatplaneten Madrigal, wo Vinsher mit Gewalt die Macht übernimmt; sie bietet Soren das Vermögen ihrer Familie, und er willigt ein, sie zurückzubringen.
Zum Ende führt Makee ein Täuschungsmanöver aus: Sie gibt sich als einzige Überlebende eines havarierten Schiffes aus, lockt so ein UNSC-Schiff an und entfesselt wurmartige Kreaturen, die die gesamte Besatzung töten. Drei Schiffe brechen zu verschiedenen Zielen auf – Makee verhöhnt die UNSC und kündigt an, Artefakt und Dämon zu finden, Kwan reist nach Madrigal, und Master Chief macht sich mit Halsey und Cortana auf nach Eridanus II.
