Auf dem geheimen ONI-Planeten Onyx trainiert Corporal Perez mit einer Einheit von Spartan-III-Kadetten in VR-Simulationen unter dem Kommando von Kai-125 – zwischen den beiden Frauen wächst die Spannung. Zugleich befragt Admiral Parangosky Colonel Ackerson bei einer Tasse Tee zu Gerüchten über ein fremdes Schiff und eine Halsey-Sichtung. Unbemerkt hat Master Chief die Basis bereits unterwandert.
Um ihr eigenes Leben zu retten, verrät Halsey, wo ONI Sorens Sohn Kessler festhält. Kwan Ha folgt derweil der geheimnisvollen Priesterin-Erscheinung in einen Brunnenschacht und landet in einem uralten Höhlensystem – jenem Ort, an dem Halsey einst den Halo-Schlüsselstein fand. Dort stellt sich heraus, dass inzwischen Halseys Tochter, Commander Miranda Keyes, die Ausgrabungen leitet.
Master Chief wird gefangen genommen, kann sich jedoch befreien. Kai stellt ihn und weigert sich zu glauben, dass ONI den Fall von Reach bewusst zugelassen hat; sie prügelt ihn bewusstlos, während Ackerson und Parangosky zusehen. Ackerson ist überzeugt, dass Chief mit Makee zusammenarbeitet, und setzt eine Black-Ops-Einheit auf ihn an.
Cortana kompromittiert die Kommunikation von Onyx und offenbart, dass sie nach ihrer Trennung von Chief einen Pakt mit Parangosky geschlossen hat, um die Kovenanten auszuspionieren. Zugleich weckt sie in Master Chief neuen Kampfeswillen und weist ihn an, erneut mit dem Artefakt in Verbindung zu treten, ehe die Kovenanten die Halo-Ringe erreichen.
Var 'Gatanai vollendet unterdessen sein Ritual zum Arbiter. An Bord seines Schiffes hat Makee ihre Fähigkeit verloren, mit den Schlüsselsteinen zu kommunizieren – Cortana bietet ihr Hilfe an. Als ein misstrauischer Kovenanten-Priester Makee entlarvt, entfesselt der Arbiter ein blutiges Gefecht auf der Brücke. Im Finale berührt Chief das Artefakt auf Onyx, während Makee zeitgleich das ihre erreicht – die Verbindung ergreift beide.
