Das Staffelfinale beginnt damit, wie die Armee der Viltrumiten eine dicht besiedelte Stadt verwüstet, gewaltige Flutwellen auslöst und Hochhäuser in Trümmer legt. Diese Katastrophe entpuppt sich als schwerer, traumatischer Albtraum im Kopf des gezeichneten Mark.
Zurück auf der Erde erfährt Mark, dass sich seine Mutter Debbie einvernehmlich von ihrem Partner Paul getrennt hat – nur um sie kurz darauf von Thragg zerrissen zu sehen, was sich als Halluzination erweist. Samantha eröffnet ihm eine schwerwiegende Neuigkeit: Während seiner langen Abwesenheit hatte sie eine Abtreibung, weil sie sich nicht bereit fühlte, allein Mutter zu werden.
Als Mark den überlegenen Thragg angreift, zeigt sich, dass dieser ihn nicht töten will. Stattdessen bietet Thragg einen Pakt an: Die verbliebenen Viltrumiten sollen als Menschen getarnt auf der Erde leben und sich mit Menschen fortpflanzen, um ihre Rasse zu erhalten – ohne Einmischung von Mark, Nolan oder der Koalition. Im Gegenzug wollen sie der Erde nicht schaden, solange sie unentdeckt bleiben. Erschöpft und um seine Familie und den Planeten zu schützen, nimmt Mark den Waffenstillstand widerwillig an.
In der Post-Credit-Szene sieht Allen allein in seinem neuen Büro eine holografische Botschaft von Thaedus. Darin verrät dieser, dass er eine „perfektionierte“ Version des Scourge-Virus entwickelt hat – erschaffen direkt aus seiner eigenen DNS.
