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Zwei Monate nachdem Lucifer in die Hölle zurückgekehrt ist, arbeiten Chloe und Maze zusammen, um einen Mordfall zu lösen und ihre Zeit miteinander zu verbringen, um die Lücke zu füllen, die Lucifers und Eves Abwesenheit hinterlassen hat. Währenddessen vergehen in der Hölle tausende von Jahren. Lucifer besucht das Opfer in dessen endloser Zeitschleife und bemerkt, dass der Mord in Los Angeles stattgefunden hat. Deshalb beschließt er, den Fall zu lösen. Das Mordopfer ist Lee "Mr. Said Out Bitch" Garner, mit dem Lucifer in der Vergangenheit bereits zu tun hatte.
Chloe erklärt Maze, dass sie ihre Hilfe nicht länger benötigt. Als Chloe Lees Schwester besucht, wird sie angegriffen, doch Lucifer erscheint, um sie zu retten. Es stellt sich aber heraus, dass dieser Lucifer immer noch in der Hölle ist. Amenadiel übernimmt die Verantwortung für den Club Lux und versucht, dort aufzuräumen, indem er sich einen Drogendealer vorknöpft. Derweil nutzt Dan Selbsthilfe-Therapien, um mit der aktuellen Situation besser umzugehen.
Lucifer kehrt zurück, um Chloe bei den Ermittlungen zu einem Mord in einem Isolationsprojekt zu unterstützen. Dieses Experiment ist für eine zukünftige Marsmission und wird von der Firma unter Leitung von Anders Brody durchgeführt. Doch irgendetwas an Lucifer ist anders. Anstatt die geheimen Wünsche der Menschen zu offenbaren, bringt er ihre Ängste ans Licht. Auch sein Auftreten hat sich verändert. Maze wird misstrauisch und spricht Lucifer daraufhin an. Der gibt schließlich zu, dass er nicht Lucifer ist, sondern Michael, Lucifers Zwillingsbruder. Michael will sich an Lucifer rächen und überzeugt Maze, ihm dabei zu helfen.
Chloe bemerkt ebenfalls die Veränderung und schlägt vor, sich Lucifer zu nähern. Dabei gibt sie preis, dass sie von Anfang an wusste, dass es der falsche Lucifer ist, nämlich bei ihrem ersten Kuss nach seiner Rückkehr. Michael enthüllt Chloe, dass sie ein Geschenk von Gott für Lucifer ist. Währenddessen reist Amenadiel in die Hölle, um den echten Lucifer zu bitten, auf die Erde zurückzukehren und sich um Michael zu kümmern.
Lucifer kehrt aus der Hölle zurück und teilt Chloe mit, dass sie ein Geschenk für ihn ist. Diese Offenbarung verstört Chloe. Gemeinsam untersuchen sie den Mord an einem Showrunner, der eine Sendung basierend auf ihrem Leben kreiert hatte. Maze ist enttäuscht, da Lucifer sie nicht mit in die Hölle genommen hat. Doch Lucifer erinnert sie daran, dass Amenadiel diese Aufgabe hätte übernehmen können. Linda erkennt, dass Maze mit Verlassenheitsängsten zu kämpfen hat, die aus der Trennung von ihrer Mutter Lilith und den restlichen Dämonen stammen.
Inzwischen kommt es zu einem Showdown zwischen Lucifer und seinem Bruder Michael. Michael behauptet, er hätte Lucifer ursprünglich dazu gebracht, die Hölle zu verlassen und nach Los Angeles in den Urlaub zu gehen, sowie viele weitere Ereignisse seines Lebens beeinflusst. Nach einem ausgeglichenen Kampf nutzt Lucifer Mazes Klinge, um Michaels Gesicht zu verletzen. Dadurch wird verhindert, dass Michael sich erneut als Lucifer ausgeben kann.
Später spricht Michael mit Maze und enthüllt, dass Lucifer ein Geheimnis vor ihr verbirgt. Er erklärt ihr auch, wie sie dieses Geheimnis herausfinden kann.
Trixie besucht Lucifer in seinem Penthouse und bittet ihn, ihr eine Geschichte über seinen Ring zu erzählen. Diese Geschichte spielt im Jahr 1946 und wird in einem Schwarz-Weiß-Stil im Stile eines Film noir präsentiert.
In New York City trifft Lucifer auf Lilith, die Mutter von Maze. Sie bittet ihn, ihr ihren gestohlenen Ring zurückzuholen. Lucifer schuldet ihr etwas, weil sie ihm ihre Kinder für seine Armee gegen den Himmel gegeben hat. Um den Dieb zu finden, engagiert Lucifer den Privatdetektiv Jack Monroe. Als der Ring wieder in Liliths Händen ist, entscheidet sie sich, ihre Unsterblichkeit aufzugeben. Sie legt diese Macht in den Ring und übergibt ihn an Lucifer. Sie instruiert ihn, ihren Kindern nichts davon zu erzählen, damit sie stark und unzerbrechlich bleiben.
Nachdem Lucifer die Geschichte beendet hat, erzählt Trixie sie an Maze weiter, die sie bezahlt hat, um die Geschichte zu hören. Maze reist daraufhin nach Reno, Nevada, und trifft dort auf eine gealterte Lilith, die ihre Entscheidung, sterblich zu werden, bereut. Eine Versöhnung bleibt jedoch aus.
Lucifer führt Chloe zu dem Ort, an dem er seine Flügel abgeschnitten hat, doch Chloe braucht noch Zeit, um zu verstehen, dass sie ein Geschenk ist. Sie möchte alles, was mit "Gott" zu tun hat, vermeiden, wird aber zu einem Mordfall in einem Kloster gerufen. Die Nonnen sind zögerlich mit ihren Informationen, also hilft Amenadiel ihr. Lucifer unterstützt Dan bei der Büroarbeit, in der Hoffnung, den Fall schneller zu lösen und Chloe zu helfen, ihre Gefühle zu verarbeiten. Dabei lernt Lucifer von Dan, dass es keine Abkürzungen gibt, sowohl bei der Ermittlung als auch bei Chloes persönlichem Prozess.
Chloe erfährt, dass Amenadiel eine Rolle dabei spielt, dass sie ein Geschenk ist. Durch seine Hilfe erkennt sie, dass das Geschenk ihre Immunität gegen Lucifers Mojo ist, wodurch sie den wahren Lucifer sehen kann. Daraufhin sucht Chloe Lucifers Penthouse auf und erzählt ihm, dass Amenadiel glaubt, Lucifer wähle es, verletzlich in ihrer Nähe zu sein, was zu einem Kuss zwischen den beiden führt.
Parallel dazu offenbart Linda Maze, dass sie im Alter von 17 Jahren ein Kind zur Adoption freigegeben hat. Sie finden das Kind bei einer Besichtigung als Immobilienmaklerin, doch Linda schafft es nicht, ihr die Wahrheit über ihre Mutter zu sagen. Maze besucht Lilith und muss erfahren, dass Lilith im Alter gestorben ist, was Maze sehr wütend macht.
Lucifer und Chloe sind gezwungen, ihre gemeinsame Nacht zu unterbrechen, als sie mit der Untersuchung des Mordes an einem DJ beginnen. Das eigentliche Ziel des Mordes war der Haupt-Act DJ Karnal, dessen richtiger Name Jed ist. Jed ist ein Ex-Freund von Chloe, was Lucifer eifersüchtig macht. Maze versucht, sich Ella anzupassen, um zu lernen, wie man eine emotionale Verbindung zu jemandem aufbaut. Parallel dazu haben Linda und Amenadiel Schwierigkeiten, Charlie, ihr Baby, zu beruhigen.
Jed erzählt Lucifer, dass Chloe ihn verlassen hat, weil er keine Geheimnisse mehr hatte. Daher beschließt Lucifer, geheimnisvoll zu sein und ignoriert fortan Chloes Anrufe. Währenddessen organisiert Chloe mit Ella, Maze und Linda eine verdeckte Operation im Lux, um den Mörder zu finden. Dan, Lucifer, Jed und Amenadiel kümmern sich in dieser Zeit um den weinenden Charlie.
Jed schleicht sich zurück ins Lux und zieht den Mörder aus seinem Versteck. Sie entdecken, dass Charlies Weinen verstummt, wenn er Lucifers wahres Teufelsgesicht sieht. Also sagen sie Dan, dass er nicht mehr gebraucht wird. Doch Michael gibt sich am Telefon als Lucifer aus und lockt Dan zurück ins Haus, wo dieser dann Lucifers Teufelsgesicht erblickt. Letztlich kehrt Chloe in Lucifers Penthouse zurück, und sie verbringen die Nacht miteinander.
Am Morgen nach ihrem gemeinsamen Sex bemerkt Chloe, dass sie anscheinend Lucifers Fähigkeit zur Ausstrahlung von Verlangen (Mojo) übernommen hat - allerdings wirkt es nur auf ihn. Gemeinsam mit Lucifer untersucht sie den Mord an einer Opernsängerin. Währenddessen beginnt Ella eine Beziehung mit dem Reporter Pete Daily. Maze versucht, ihren ersten Kampf mit Amenadiel nachzustellen, doch stattdessen gesteht sie ihm ihre Traurigkeit darüber, keine Seele zu haben, und ihren Wunsch, mit jemandem darüber zu sprechen.
Dan besucht Charlottes Grab, voller Angst, in die Hölle zu kommen, nachdem er erfahren hat, dass Lucifer wirklich der Teufel ist. Michael erscheint und erklärt ihm, wie er Errettung finden kann. Als ein weiteres Opfer auf dieselbe Weise entdeckt wird, erkennen sie, dass sie es mit einem Serienmörder, dem sogenannten "Whisper Killer", zu tun haben. Ella und Pete schließen sich Chloe und Lucifer an, um den Täter zu fangen, der Lilien verwendet, bevor er die Stimmbänder seiner Opfer durchtrennt.
Chloe hat das Gefühl, dass es in diesem Fall noch mehr zu entdecken gibt und setzt ihre Ermittlungen fort. Sie erzählt Lucifer, dass sie glaubt, seine Offenheit für sie sei der Grund für seine enthüllten Wünsche. Später erscheint Dan und schießt auf Lucifer.
Lucifer erholt sich schnell von Dans Schuss und ist nun wieder unverwundbar in Chloes Nähe. Während Lucifer den perfekten Racheplan gegen Dan schmiedet, bleibt Chloe bei ihrer Ermittlung gegen den Whisper-Killer entschlossen. Bald erkennt sie, dass der festgenommene Täter nur ein Nachahmer ist. Nachdem sie Lucifer eine Voicemail hinterlassen hat, wird Chloe plötzlich entführt.
Ella schließt sich Lucifer an, um Chloes Ermittlungen fortzusetzen und sie zu finden. Pete überreicht Ella die Schlüssel zu seinem Haus und weist darauf hin, dass er dort Akten über den Whisper-Killer aufbewahrt. Bei ihrer Ankunft entdeckt Ella jedoch ein Feld voller Lilien, die der wahre Killer benutzt. Pete gesteht schließlich, selbst der Whisper-Killer zu sein, leugnet jedoch, Chloe entführt zu haben. Ella schafft es, Pete zu überwältigen, und er wird verhaftet.
Es stellt sich heraus, dass nicht Pete, sondern Michael Chloe entführt hat. Er nutzt ihre Angst, um Zweifel an Lucifer zu säen. Maze stellt Michael zur Rede, doch er verspricht ihr einen Weg zu einer Seele. Währenddessen erkrankt Charlie, woraufhin Amenadiel in Sorge gerät, dass sein Kind nur ein sterblicher Mensch ist. Diese Angst führt dazu, dass Amenadiel unbewusst die Zeit einfriert.
Maze verbündet sich mit Michael, um Lucifer und Amenadiel im eingefrorenen Moment zu bekämpfen. Schließlich erscheint Gott und sagt: "Kinder, ihr wisst, dass ich es hasse, wenn ihr streitet."
Gott beendet den Kampf zwischen seinen Söhnen und verlangt, dass Lucifer, Amenadiel und Michael sich vertragen. Michaels demonstrative Versöhnungsgeste durchschaut Lucifer sofort und lehnt sie ab. Angewidert von der Scharade flüchtet er zurück ins Lux, während Gott die Zeit wieder anlaufen lässt, um endlich seinen Enkel Charlie zu begrüßen.
Chloe, die Lucifer kurz zuvor ihre Liebe gestanden hat, fürchtet, ihn zu sehr gedrängt zu haben, und will ihm Raum geben. Gott hingegen beschließt, die Familie zu einem gemeinsamen Abendessen bei Linda zusammenzubringen. Maze sucht ihn dort auf und bittet um eine Seele – doch Gott lehnt ab, woraufhin sie wütend davonzieht.
Parallel ermittelt das Team in einem Mordfall: Auf der Minigolfanlage The Kingdom wird Chris Peterson verbrannt aufgefunden. Lucifer taucht trotz allem am Tatort auf, vor allem um seinem Vater zu entkommen. Die Befragung der Geschwister und der Freundin Betty führt zunächst in die Irre, und schließlich gesteht Vater Pete Peterson die Tat als angeblichen Unfall.
Beim eskalierenden Familienessen hält Lucifer seinem Bruder Michael dessen Intrigen vor und stellt dem Vater die entscheidende Frage, ob er seine Kinder überhaupt liebe. Gottes Antwort – wenn er es aussprechen müsse, habe er als Vater versagt – deutet Lucifer als Nein und verlässt das Haus in der Überzeugung, sein Vater sei zur Liebe unfähig.
Der Fall klärt sich auf: Gasspuren überführen Betty, die The Kingdom niederbrennen wollte, um Chris von seiner Familie zu befreien; im Gerangel stürzte er, und die Flammen gerieten außer Kontrolle. Am Abend eröffnet Lucifer Chloe, dass er ihr die drei Worte niemals sagen werde – er halte sich für ebenso liebesunfähig wie seinen Vater und eine Liebeserklärung deshalb für eine Lüge. Zugleich verbannt Gott Michael ohne Erklärung von der Erde.
Gott entscheidet sich, auf der Erde zu bleiben, um seinen Sohn Lucifer und dessen Leben näher kennenzulernen. Seine Anwesenheit hat jedoch eine seltsame Nebenwirkung: Immer wieder brechen Menschen unvermittelt in Gesang und Tanz aus – ein Phänomen, das nur den Engeln auffällt. Lucifer beschließt, das Verhältnis zu seinem Vater aufzuarbeiten, und lädt ihn sogar ins Penthouse ein.
Parallel ermitteln Lucifer und Chloe im Mord an einem Football-Schiedsrichter, der mit einer vergifteten Trillerpfeife getötet wurde. Die Spur führt über einen überehrgeizigen Spieler und dessen dominante Mutter schließlich zur Ehefrau des Opfers, einer Chemielehrerin, die den ständig unzufriedenen Mann nach Jahren der Kränkung tötete.
Nebenbei erfährt Linda von Amenadiel, dass ihr Sohn Charlie ein ganz normaler Mensch ist. Während Linda erleichtert ist, hadert Amenadiel mit der Vorstellung, dass Engel den Menschen überlegen seien; erst als er die eigene Unvollkommenheit anerkennt, versöhnen sich die beiden.
Am Ende gesteht Gott, dass die ständigen Gesangseinlagen unbeabsichtigt geschehen: Er verliert die Kontrolle über seine Kräfte. Der Abend endet mit einem gemeinsamen Duett von Vater und Sohn, bei dem Gott zum ersten Mal Tränen zeigt.
Gott rudert zurück und behauptet, seine Kräfte seien nur durch die Ankunft auf der Erde durcheinander. Lucifer glaubt ihm nicht – schon gar nicht, nachdem Gott Daniel versehentlich zerplatzen lässt und wieder zusammensetzt. Um das Leben seines Sohnes wirklich zu begreifen, macht sich Gott für kurze Zeit selbst zum Menschen und genießt die kleinen Alltäglichkeiten.
Gemeinsam ermitteln Lucifer, Chloe und Gott im Mord an dem früheren Boxer Albert Walcott. Bei einer verdeckten Operation plaudert Gott unbedacht aus, dass Lucifer mit der Polizei zusammenarbeitet. Die Dealer geraten in Panik und schlagen zu – und Gott verspürt zum ersten Mal Angst.
Als sein Vater verletzt wird, gerät Lucifer außer sich und zeigt sein Teufelsgesicht. Gott ist entsetzt, weil ihm dadurch bewusst wird, wie Lucifer sich selbst sieht. Unterdessen erfährt Maze von Gottes Verwundbarkeit und will ihn töten, bringt es aber nicht über sich, als sie mitanhört, wie er Trixie von seinen eigenen Fehlern erzählt.
Chloe sorgt sich derweil um Trixie, die eine rebellische Phase durchlebt. Am Ende nimmt Gott seine Kräfte zurück, dankt Maze und deutet an, dass selbst sie eines Tages eine Seele erlangen könnte. Gegenüber Amenadiel und Lucifer gesteht er schließlich, dass seine Probleme viel länger andauern – und dass er sich zur Ruhe setzen will.
Lucifer beauftragt Dan mit einem scheinbar simplen Gefangenentransport. Am nächsten Morgen erwacht Dan neben einer Leiche und hat keine Erinnerung an die Nacht. Kurz darauf wird er an seinem Wagen überfallen; verzweifelt bittet er Ella um Hilfe.
Auf der Suche nach Antworten wird Dan in einem fremden Haus niedergeschlagen und von Amenadiel befreit. Gemeinsam mit Lucifer nimmt er Kontakt zu Gangmitgliedern auf und erkennt schließlich, dass ein alter Freund hinter der Intrige steckt. Mit einer bunt zusammengewürfelten Truppe und Maze stellt er sich dem Verräter.
Die Lage eskaliert zu einer Pattsituation zwischen Dans Crew, der russischen Mafia, den Los X's und seinem früheren Kameraden. Als Schüsse fallen, wirft sich Maze dazwischen und rettet Dan das Leben.
Am Ende klärt Lucifer auf: Der gesamte Transport war ein aufwendig inszenierter Streich – Vergeltung dafür, dass Dan ihn einst im Penthouse angeschossen hatte. Lucifer wollte, dass Dan Schuldgefühle entwickelt, doch zu seiner Überraschung erklärt Dan, dass ihm die Tortur geholfen hat, seine Schuld hinter sich zu lassen.
Heimlich verfolgt Dr. Linda den Wagen von Adriana – jener Tochter, die sie einst zur Adoption freigegeben hat. Zur selben Zeit bespricht Lucifer mit Amenadiel dessen mögliche Rolle als neuer Gott und beschließt, seinem Bauchgefühl zu folgen; er schlägt Chloe vor, ihre Beziehung offiziell zu machen.
Am Tatort um den ermordeten Mr. Sterling stellt sich heraus, dass Linda festgenommen wurde. Maze, Chloe und Lucifer erkennen rasch, dass sie jemanden deckt: Linda offenbart, dass Adriana ihre Tochter ist und sie fürchtet, diese habe Sterling erschossen. Adriana stellt sich und gesteht, obwohl ihr Freund Owen auf ihre Unschuld beharrt.
Die Ermittlungen führen zu zwielichtigen Geschäften mit dem Kunsthändler Jamie und dessen Handlanger Clive. Maze spürt Clive auf und liefert sich einen Kampf mit einer rivalisierenden Kopfgeldjägerin – es ist Eve, die auf der Suche nach sich selbst die glücklichen Zeiten mit Maze wiederbeleben will. In einem Lagerhaus finden sie die Mordwaffe, doch Clive überfällt sie und Eve wird angeschossen.
Weil Adrianas Fingerabdrücke auf der Waffe sind, gerät sie unter Verdacht, bis Ella Beweise für eine Falle findet. Linda durchschaut, dass Owen Adriana hereingelegt hat, und bedroht ihn mit der Waffe, ehe Chloe und Lucifer sie beruhigen. Später sucht Adriana Linda auf und verrät, dass sie um ihre wahre Herkunft weiß.
Unterdessen kommt Amenadiel zu dem Schluss, dass er noch nicht bereit ist, Gott zu werden. Lucifer sieht darin eine Chance, alle Probleme auf einmal zu lösen – indem er selbst der neue Gott wird.
Nachdem Gott seinen Rückzug angekündigt hat, will Lucifer der neue Gott werden. Sein Bruder Michael sammelt derweil im Himmel Unterstützer für seinen eigenen Anspruch. Remiel bietet Lucifer an, für ihn zu spionieren, weil sie die Vorstellung von Michael als Anführer noch mehr verabscheut als Lucifer selbst.
Chloe ermittelt im Mord an einer Frau, die tot im Haibecken eines Aquariums treibt. Ella begegnet dabei unwissentlich Gott, der ihr die Zweifel an ihrer eigenen Güte nimmt. Amenadiel und Gott kommen beim Golfspiel ins Gespräch, und Amenadiel erkennt, dass Michael ihren Vater manipuliert hat, um ihn glauben zu lassen, er verliere seine Kräfte.
Um Gott den Ruhestand zu versüßen, schickt Lucifer Gabriel zur Göttin, die aus ihrem eigenen Universum zurückkehrt und sich mit Gott versöhnt. Trotz der Enthüllung über Michael hält Gott an seinem Entschluss fest: Er überlässt den Engeln die Wahl seines Nachfolgers, bekennt Lucifer seine Liebe und seinen Stolz und reist mit der Göttin fort.
Ohne Lucifers Wissen arbeitet Gabriel jedoch auch für Michael und birgt die beiden Teile des Flammenschwerts, die Lucifer einst in das Universum der Göttin geschickt hatte.
Lucifer versucht vergeblich, seine Geschwister für seine Wahl zum Gott zu gewinnen. Ohne davon zu wissen, kündigt Chloe bei der LAPD, um künftig als seine „Beraterin“ zu arbeiten. Ihr letzter Fall dreht sich um einen ermordeten Spurensicherungstechniker, der Besitztümer von Mordopfern gestohlen hatte.
Die Spur führt zu einem Hehler namens TJ, der beim Angriff auf Lucifer übermenschliche Kräfte zeigt und entkommt. Auf der Verfolgung gerät Dan in die Gewalt von Söldnern, die ihn über den Hehler ausfragen und ihm das Bild eines Grabes zeigen. Bei seinem Fluchtversuch wird Dan erschossen; sterbend nennt er Chloe nur noch den Namen „Caleb“.
Amenadiel erkennt, dass Caleb der Junge ist, dem er einst geholfen hat, und dass die Kräfte des Hehlers von der Halskette stammen, die er in Calebs Grab gelegt hatte. Gemeinsam mit Lucifer schließt er, dass Michael im Besitz von Azraels Klinge ist und mit der Halskette das Flammenschwert wiederherstellen will, um jeden Widerstand gegen seine Herrschaft zu brechen.
Als Lucifer Chloe gesteht, dass er vor allem Gott werden will, um sich ihrer würdig zu erweisen, reagiert sie verärgert. Bei Dans Beerdigung eröffnet Amenadiel ihm zudem, dass Dan nicht im Himmel ist. Maze und Lucifer nehmen Rache an den Söldnern, und Lucifer erklärt Linda, dass er Gott werden müsse, um die Ungerechtigkeit im Universum zu beheben.
Kurz davor, selbst zum neuen Gott zu werden, macht Michael seinem Bruder ein Angebot: Lucifer solle wieder König der Hölle werden, mit Chloe an seiner Seite. Dafür hat Michael Dans Ermordung eingefädelt, um Chloe mit Schuldgefühlen in die Hölle zu treiben. Lucifer lehnt ab – woraufhin Michael Remiel tötet und das letzte Teil des Flammenschwerts an sich bringt.
Im Los Angeles Memorial Coliseum treten Lucifer, Amenadiel, Chloe, Eve, Maze und mehrere Dämonen gegen Michael und dessen Anhänger an, um über den neuen Gott abzustimmen. Es kommt zum Kampf zwischen den Brüdern. Lucifer und Chloe gelingt es, das Flammenschwert zu zerbrechen, doch Michael verletzt Chloe tödlich. Im Sterben begreift Chloe, dass Dans Tod nicht ihre Schuld war, und gelangt ohne Schuldgefühle in den Himmel.
Lucifer kann den Verlust nicht ertragen und reist selbst in den Himmel, wo ihm Lee Garner hilft – die erste Seele, die der Hölle entkommen ist. Geschützt von Liliths Unsterblichkeitsring erreicht Lucifer Chloe und opfert sich, um sie wiederzubeleben, ehe er wegen seines Himmelsverbots in Flammen aufgeht.
Mit der Kraft des Schwertstücks besiegt Chloe Michael. Da kehrt Lucifer unerwartet zurück. Statt den Bruder zu töten, schneidet er ihm die Flügel ab und gewährt ihm eine zweite Chance auf der Erde. Durch dieses selbstlose Opfer erweist sich Lucifer der Gottesrolle würdig, und alle versammelten Engel knien vor ihm nieder.