Ahsoka schickt die Crew der Geist auf eine Mission. Die Rebellen sollen einen geheimnisvollen Verbündeten ausfindig machen und für ihre Sache gewinnen. Als sie bei ihrer Suche jedoch auf ehemalige Soldaten der Klonarmee stoßen, hat Kanan angesichts seiner Erfahrungen mit der Order 66 wenig Vertrauen in diese.
Die Rebellen brechen zu einer Mission auf um einen Kriegsveteranen zu finden, dessen Erfahrung und Führungsqualitäten ihn zu einem exzellenten Verbündeten machen. Doch dann finden die Rebellen heraus, dass der Kriegsheld ein alter Klonkrieger ist … Während Ezra und die anderen langsam Freundschaft mit den alten Klonkriegern schließen, kann Kanan einfach kein Vertrauen fassen. Doch als das Imperium herausfindet, dass die alten Klonkrieger mit den Rebellen unter einer Decke stecken, müssen alle plötzlich zusammenarbeiten.
Auf der Suche nach Vorräten für die Flotte wagen Ezra, Sabine, Zeb und Chopper eine Mission zu einer verlassenen Medizinstation. Als jedoch die Ankunft von zwei von Darth Vader gesendeten Inquisitoren Sabine und Ezra in Gefahr bringen, hecken Zeb und Chopper einen Plan aus um ihre Freunde zu retten.
Um dem Druck der Verantwortung als Rebell und Jedi zu entfliehen, macht sich Ezra mit Chopper zu einer Rettungsmission auf, nachdem sie ein Notsignal erhalten haben. Überrascht stellt er fest, dass das Schiff in Not von Hondo Ohnaka geführt wird. Dieser schlägt Ezra vor sich ihm anzuschließen.
Während die Rebellen ein neues Schiff benötigen um eine imperiale Blockade zu bekämpfen, begibt sich Hera auf eine gefährliche Mission, um einen exzentrischen Schiffsingenieur zu treffen. Hera gewinnt sein Vertrauen, doch wird das reichen, um ein neues Schiff zu bekommen?
Sabine soll einen Kurier zu einem Treffpunkt begleiten. Eine bedeutsame Mission, denn der Kurier muss Geheiminformationen, die für die Rebellen von großer Bedeutung sind, übermitteln. Doch unterwegs kommt es zur Konfrontation mit ihrer alten Freundin und Partnerin.
Ein Schiff des Imperiums nutzt eine neue Superwaffe um Ezra, Kommandant Sato und seine Crew gefangen zu nehmen. Kanan versucht die festgehaltenen Rebellen zu retten und die Waffe zu zerstören. Wird ihm diese gefährliche Mission gelingen?
Das Imperium ist auf der Suche nach machtsensitiven Kindern. Ezra und Kanan gehen Koordinaten nach, die Ahsoka entschlüsselt hat, um den Nachwuchs vor dem Imperium zu schützen.
Ezra empfängt eine Vision seiner Eltern, die ihn motiviert, nach Lothal zurückzukehren. Als die Flotte der Rebellen auf dem Planeten Garel angegriffen wird, machen sich Ezra und Kanan auf den Weg nach Lothal, um der Vision von Ezra nachzugehen. Dort finden sie einen ehemaligen Häftling mit Wissen über seine Eltern.
Eine Beraterin des Senators Bail Organa wird nach Lothal entsandt. Sie soll der Rebellenflotte zusätzliche Schiffe organisieren. Doch das Eingreifen des Imperiums verhindert dies. Nun müssen die Rebellen eine neue Strategie entwickeln, um die Schiffe an sich zu bringen.
Da der Druck des Imperiums wächst, werden neue Hyperraum-Routen nach Lothal benötigt. Die Rebellen entdecken eine Abkürzung, doch um diese nutzen zu können, müssen sie erst die Erlaubnis des Anführers eines nahen Systems einholen.
Die Rebellen sind erstaunt, als sie zwei Lasat auf der Flucht begegnen. Gemeinsam müssen sie nun dem Imperium entkommen, um die Lasat sicher zu ihrem neuen Heimatplaneten zu bringen.
Die Crew ist auf der Suche nach Treibstoff für die Rebellenflotte. Dabei muss sie Weltraumkreaturen vor der Minengilde beschützen, da diese ihm nach dem Leben trachtet.
Die Rebellen verbünden sich mit einem Freitheitskämpfer, um ein imperiales Schiff zu stehlen, das den Planeten bombardiert. Allerdings merken sie schnell, dass der Freiheitskämpfer andere Absichten hat.
Nach einem misslungenen imperialen Angriff sind Zeb und Agent Kallus auf einem Eisplaneten gestrandet. Da Kallus noch immer an den Verletzungen von dem Zusammenstoß bei der Flucht leidet, müssen die Zwei zusammenarbeiten, um unter den harten Bedingungen überleben zu können.
Nachdem sie den Inquisitoren nur knapp entkommen sind, reisen Kanan und Ezra mit Ahsoka zurück zum Jedi-Orden auf dem Planeten Lothal. Dort bitten sie Yoda um Informationen über ihre imperialen Feinde. Unterdessen wächst Kanans Sorge darüber, Ezra nicht mehr beschützen zu können.
Nach einer hastigen Flucht bleibt Chopper versehentlich auf einem verlassenen Stützpunkt zurück. Kurzerhand versteckt er sich auf einem imperialen Frachter und freundet sich mit einem imperialen Droiden an. Chopper schafft es diesen für die Rebellen zu rekrutieren und bekommt seine Hilfe, um einen Ort für eine dringend benötigte Rebellenbasis zu finden.
Kanan und Ezra bereiten sich auf die Abreise mit Ahsoka vor, um das Mysterium der Sith im Herzen des Imperiums aufzudecken. Unterdessen nehmen die Rebellen den neuen Stützpunkt unter die Lupe. Allerdings besetzen rücksichtslose Kreaturen den Planeten, die die Rebellen abwehren müssen während sie einen Weg finden, die Basis zu retten.
Kanan, Ezra und Ahsoka folgen einem Inquisitor auf den Planeten Malachore. Sie hoffen, ihn fassen und verhören zu können, um Informationen über Darth Vader zu erlangen. Bald stoßen sie auf ein weiteres Individuum mit Plänen, die Sith anzugreifen …
