Ein Jahr nach dem scheinbaren Attentat auf Professor Xavier stehen die X-Men unter neuer Bewährung. Als die mutantenfeindliche Gruppe Friends of Humanity in den Besitz eines Sentinels gelangt, geht das Team der Sache nach – und Cyclops ringt zugleich damit, das Erbe des Professors fortzuführen und die Truppe in dessen Abwesenheit zu führen.
Die Friends of Humanity entführen den jungen Mutanten Roberto da Costa, genannt Sunspot, um ein hohes Kopfgeld zu kassieren. Storm, Bishop und Cyclops befreien ihn. Im X-Mansion erwacht der arrogante Roberto und trifft auf Cyclops, Storm, Beast und Jubilee, weigert sich jedoch, den X-Men Informationen zu geben, und will sofort wieder gehen.
Cyclops und Jean Grey suchen Dr. Val Cooper auf, die Verbindungsfrau der Vereinten Nationen zu den X-Men, die bislang nur Gerüchte über Milizen mit Sentinel-Waffen gehört hat und nicht weiß, wer die Technologie verteilt. Scott beschäftigt zusätzlich Jeans Schwangerschaft und die Frage, ob die beiden die X-Men verlassen sollten, um ihren Sohn großzuziehen.
Nachdem Wolverine ihn verschreckt, flieht Roberto in einen Nachtclub, wohin ihm ein Teil des Teams folgt. Jeans Visionen schicken die übrigen X-Men in die Sahara, wo sie gegen eine ganze Horde Sentinels kämpfen. Dr. Cooper und Regierungskräfte treffen ein, um den Verantwortlichen Trask festzunehmen.
Roberto gesteht sich ein, dass die X-Men nicht der richtige Ort für ihn sind, und hinterlässt Jubilee seine Visitenkarte. Zum Schluss schlägt der Alarm des Anwesens an: Der Eindringling ist Magneto – Xavier hat ihm in seinem Testament die Leitung des Instituts und der X-Men übertragen.
