Ein Jahr nach Xaviers Tod hat sich Magneto gewandelt: Erik Lehnsherr schützt Mutanten vor ihren Verfolgern und rettet zugleich das Leben gewöhnlicher Menschen – und das, ohne selbst zu töten. Der Tod seines besten Freundes scheint ihn dazu bewegt zu haben, seine Ziele mutantischer Vorherrschaft aufzugeben und stattdessen Xaviers Vision einer friedlichen Koexistenz anzunehmen.
Als UN-Kräfte unter Valerie Cooper ins Institut kommen, um Magneto für seinen früheren Terror festzunehmen, ergibt er sich freiwillig, um das Vertrauen der X-Men und der Menschheit zu gewinnen. Während seines Prozesses im UN-Hauptquartier stürmen die Friends of Humanity das Gebäude. Ihr Anführer X-Cutioner will Magneto mit einem entkraftenden Strahlungsstoß treffen – doch Storm wirft sich dazwischen und nimmt den Treffer für ihn.
Magneto stoppt den Angriff, woraufhin die UN ihn begnadigen und darüber beraten, die Mutantennation Genosha in die Staatengemeinschaft aufzunehmen. Für Erik ist es ein erster Schritt, als legitimer Anführer akzeptiert zu werden.
Parallel setzen bei Jean Grey die Wehen ein. Als sich ein Geburtshelfer weigert, das Kind einer Mutantin zur Welt zu bringen, ist Rogue gezwungen, sein medizinisches Wissen zu absorbieren. Jean bringt schließlich einen Sohn zur Welt, den sie Nathan nennt.
Beast muss Storm eröffnen, dass der Strahl sie dauerhaft ihrer Kräfte beraubt hat. Daraufhin verlässt sie das Team, um einen neuen Sinn im Leben zu finden. Während die X-Men noch über ihre Entscheidung sprechen, werden sie vom plötzlichen Auftauchen einer Frau überrascht, die Jean zum Verwechseln ähnlich sieht.
