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Ein Jahr nach dem scheinbaren Attentat auf Professor Xavier stehen die X-Men unter neuer Bewährung. Als die mutantenfeindliche Gruppe Friends of Humanity in den Besitz eines Sentinels gelangt, geht das Team der Sache nach – und Cyclops ringt zugleich damit, das Erbe des Professors fortzuführen und die Truppe in dessen Abwesenheit zu führen.
Die Friends of Humanity entführen den jungen Mutanten Roberto da Costa, genannt Sunspot, um ein hohes Kopfgeld zu kassieren. Storm, Bishop und Cyclops befreien ihn. Im X-Mansion erwacht der arrogante Roberto und trifft auf Cyclops, Storm, Beast und Jubilee, weigert sich jedoch, den X-Men Informationen zu geben, und will sofort wieder gehen.
Cyclops und Jean Grey suchen Dr. Val Cooper auf, die Verbindungsfrau der Vereinten Nationen zu den X-Men, die bislang nur Gerüchte über Milizen mit Sentinel-Waffen gehört hat und nicht weiß, wer die Technologie verteilt. Scott beschäftigt zusätzlich Jeans Schwangerschaft und die Frage, ob die beiden die X-Men verlassen sollten, um ihren Sohn großzuziehen.
Nachdem Wolverine ihn verschreckt, flieht Roberto in einen Nachtclub, wohin ihm ein Teil des Teams folgt. Jeans Visionen schicken die übrigen X-Men in die Sahara, wo sie gegen eine ganze Horde Sentinels kämpfen. Dr. Cooper und Regierungskräfte treffen ein, um den Verantwortlichen Trask festzunehmen.
Roberto gesteht sich ein, dass die X-Men nicht der richtige Ort für ihn sind, und hinterlässt Jubilee seine Visitenkarte. Zum Schluss schlägt der Alarm des Anwesens an: Der Eindringling ist Magneto – Xavier hat ihm in seinem Testament die Leitung des Instituts und der X-Men übertragen.
Ein Jahr nach Xaviers Tod hat sich Magneto gewandelt: Erik Lehnsherr schützt Mutanten vor ihren Verfolgern und rettet zugleich das Leben gewöhnlicher Menschen – und das, ohne selbst zu töten. Der Tod seines besten Freundes scheint ihn dazu bewegt zu haben, seine Ziele mutantischer Vorherrschaft aufzugeben und stattdessen Xaviers Vision einer friedlichen Koexistenz anzunehmen.
Als UN-Kräfte unter Valerie Cooper ins Institut kommen, um Magneto für seinen früheren Terror festzunehmen, ergibt er sich freiwillig, um das Vertrauen der X-Men und der Menschheit zu gewinnen. Während seines Prozesses im UN-Hauptquartier stürmen die Friends of Humanity das Gebäude. Ihr Anführer X-Cutioner will Magneto mit einem entkraftenden Strahlungsstoß treffen – doch Storm wirft sich dazwischen und nimmt den Treffer für ihn.
Magneto stoppt den Angriff, woraufhin die UN ihn begnadigen und darüber beraten, die Mutantennation Genosha in die Staatengemeinschaft aufzunehmen. Für Erik ist es ein erster Schritt, als legitimer Anführer akzeptiert zu werden.
Parallel setzen bei Jean Grey die Wehen ein. Als sich ein Geburtshelfer weigert, das Kind einer Mutantin zur Welt zu bringen, ist Rogue gezwungen, sein medizinisches Wissen zu absorbieren. Jean bringt schließlich einen Sohn zur Welt, den sie Nathan nennt.
Beast muss Storm eröffnen, dass der Strahl sie dauerhaft ihrer Kräfte beraubt hat. Daraufhin verlässt sie das Team, um einen neuen Sinn im Leben zu finden. Während die X-Men noch über ihre Entscheidung sprechen, werden sie vom plötzlichen Auftauchen einer Frau überrascht, die Jean zum Verwechseln ähnlich sieht.
Die dritte Folge löst das Rätsel um die beiden Jean Greys auf: Die zweite Jean, die erst kürzlich zur X-Mansion kam, ist die echte Jean Grey. Jene Jean, die mit Scott ein Kind hat, entpuppt sich dagegen als Klon, den Mister Sinister erschaffen hat. Ganz im Sinne der Comic-Vorlage geht Sinisters Plan darauf zurück, durch die Verbindung von Klon und Scott ein genetisch überlegenes Mutantenkind hervorzubringen.
Der Klon verlässt die X-Mansion und beschließt, fortan als Madelyne Pryor zu leben. Unter Sinisters Einfluss verwandelt sie sich in die Goblin Queen: Ihre psychische Signatur wechselt von Blau zu Purpur und Grün, sie zerstört voller Wut die Fotos der schlafenden Jean und erschafft sich ein neues, schwarzes Kostüm. Als Goblin Queen entfesselt sie eine psychische Vision aus Hölle und Dämonen über die X-Men.
Jean gelingt es schließlich, Madelyne aus Sinisters Kontrolle zu befreien. Für den kleinen Nathan Summers kommt die Rettung jedoch zu spät: Sinister hat den Säugling mit dem techno-organischen Virus infiziert, um ihn unverwundbar zu machen. Um Nathan zu retten, sehen sich Scott und Jean gezwungen, ihn in Bishops Zukunft zu schicken, wo eine Heilung existieren könnte.
Die Episode adaptiert damit in verdichteter Form eine der bekanntesten Handlungen der X-Men-Comics rund um Madelyne Pryor und den Inferno-Storybogen. Als Klon von Jean Grey verfügt Madelyne über deren Schlüsselfähigkeiten wie Telekinese und Telepathie – und wird so zu einer tragischen wie gefährlichen Gegenspielerin.
Das Team überlegt, wie es Jubilees achtzehnten Geburtstag feiern soll – sie selbst wünscht sich einen Besuch in der Spielhalle. In ihrem Zimmer entdecken Jubilee und Roberto eine neu installierte Videospielkonsole namens Motendo. Sie entpuppt sich als jüngste Intrige von Mojo, der die beiden mit seiner Technik kurzerhand in ein Videospiel saugt.
In einer Spielwelt, die dem alten X-Men-Arcade-Automaten nachempfunden ist, fliehen Jubilee und Roberto vor Sentinels und mutantenfeindlichen Milizen. Roberto zögert, seine Kräfte einzusetzen, aus Angst, öffentlich als Mutant enttarnt zu werden. Am Ende versetzt Jubilee den entscheidenden Schlag, besiegt das Spiel und befreit die beiden, während Spyral sich um Mojo kümmert. Zurück in der Wirklichkeit küssen sich Jubilee und Roberto.
Der zweite Teil der Folge widmet sich Storm, die nach dem Verlust ihrer Kräfte in Forges abgelegener Hütte Unterschlupf gefunden hat. Die beiden kommen sich über ihre gemeinsamen Erfahrungen näher. Forge besitzt die Gabe, alles zu erfinden und zu bauen, was er sich vorstellen kann, und bietet Storm an, ihr zu helfen, sich an ein Leben ohne ihre Fähigkeiten anzupassen.
Doch dann gesteht Forge den wahren Grund, warum er Storm zu sich geholt hat: Nachdem er seine Gliedmaßen verloren hatte, half ihm die US-Regierung im Gegenzug dafür, dass er jene Technik entwickelte, die letztlich dazu führte, dass Storm entmachtet wurde. Empört schlägt Storm ihm ins Gesicht. In diesem Moment greift der Widersacher (Adversary) an – die Folge endet damit, dass Storm in dessen Armen gefangen ist.
Ein Nachrichtenbeitrag der Reporterin Trish Tilby verkündet einen historischen Moment: Genosha, die erste Mutantennation der Welt, wird in die Vereinten Nationen aufgenommen. Aus Anlass der Feierlichkeiten reist eine Delegation von Mutanten auf die Insel, während im X-Mansion ein Presseevent hinter den Kulissen die inneren Spannungen des Teams offenzulegen droht.
In der Villa interviewt Trish Tilby mehrere X-Men, darunter Beast und Cyclops. Als das Gespräch auf die Liebesgeschichte von Scott und Jean kommt, wird die Stimmung zunehmend unangenehm. Jean ringt derweil weiter damit, ihre Kräfte und Erinnerungen zu ordnen, und findet Trost bei Logan.
Auf Genosha treffen Magneto, Rogue und Gambit ein und begegnen zahlreichen Mutanten – vom Hellfire Club über Madelyne Pryor bis zu Nightcrawler. Magneto wird der Thron der Mutantennation angetragen. Er nimmt das Angebot des Rates an, aber unter einer Bedingung: Er werde ihr König sein, wenn Rogue an seiner Seite zur Königin ernannt wird.
Während die Mutanten ausgelassen ihre neue Heimat feiern, erscheint über der Insel ein gigantischer Sentinel – größer als alle zuvor. Von einem Master Mold gesteuert, richtet die Maschine ein Massaker an und verwüstet Genosha vollständig; Tausende feiernde Mutanten kommen ums Leben.
Im Chaos des Angriffs stößt Gambit ein kinetisch aufgeladenes Motorrad in die Bahn eines Schusses, um Rogue zu retten. Anschließend stürzt er sich mit seinem geladenen Bo-Stab in den Kampf, wird jedoch von einer hervorstehenden Strebe aufgespießt. Noch im Sterben lädt er die Strebe mit explosiver Energie und zerstört den Sentinel mit einer Berührung. Rogue hält den toten Gambit in ihren bloßen Händen – ein Verlust, der die Serie in ihre zweite Hälfte katapultiert.
Nachdem Forge vom Adversary gebissen und infiziert wurde, muss Storm um sein Leben kämpfen – und sich dabei sowohl äußeren als auch inneren Dämonen stellen. Mithilfe eines alten Buchs seiner Mutter gelingt es Forge zunächst, den Dämon aus seinem Körper zu vertreiben, doch danach bricht er zusammen.
Das Buch verweist auf einen in der Nähe wachsenden Kaktus, dessen Saft als starke Medizin Forge heilen könnte. Storm macht sich auf den Weg in eine nahe Höhle, um die Pflanze zu holen, während der Adversary sie auf Schritt und Tritt heimsucht und mit ihren Ängsten konfrontiert.
Storm erkennt, dass der Verlust ihrer Kräfte nicht allein auf die Waffe des X-Cutioners zurückgeht, sondern auch auf eine innere Blockade – die Lüge, ein Leben als Mensch könne verlockend sein. Als sie diese Selbsttäuschung überwindet, kehren ihre Kräfte zurück. Mit dem gewonnenen Kaktussaft heilt sie Forge.
Parallel meldet sich Lilandra per Holo-Botschaft und verkündet ihre bevorstehende Hochzeit mit Charles Xavier, den sie gerettet und dabei liebgewonnen hat. Zugleich zeigt sich, dass Mister Sinister hinter dem Angriff auf Genosha steckt: Er offenbart Bolivar Trask seinen Plan, einen Krieg zwischen Menschen und Mutanten zu entfachen, für den der Anschlag auf Genosha nur der Auftakt war.
Die Folge beginnt mit der Beerdigung von Gambit, der beim Angriff auf Genosha ums Leben kam. Jubilee ist wütend auf Rogue, die der Trauerfeier ferngeblieben ist – denn Rogue befindet sich auf einem Rachefeldzug. Sie überfällt einen Militärstützpunkt, um den Aufenthaltsort von Henry Gyrich und Bolivar Trask zu erfahren, die sie für das Massaker verantwortlich macht.
Auf ihrer Jagd tut sich Rogue widerwillig mit Captain America zusammen, um Informationen auszutauschen. Von ihm erfährt sie, dass Trask und Gyrich mit einer Organisation namens OZT in Verbindung stehen.
Die Spur führt nach Madripoor, wo Bolivar Trask den X-Men schließlich Rede und Antwort steht. Er enthüllt, dass Mister Sinister hinter dem Angriff auf Genosha steckt und dass OZT aus dem alten Sentinel-Programm hervorgegangen ist – Sinister arbeite bereits an einer neuen Art von Sentinels. Rogue, von Zorn getrieben, bringt Trask an den Rand des Abgrunds.
Doch Trask selbst entpuppt sich als Waffe: In einen menschlichen Sentinel verwandelt, wird er für das Team zu einer übermächtigen Bedrohung – bis Cable eingreift und den X-Men zur Seite steht.
Zum Schluss offenbart sich der eigentliche Gegenspieler: Bastion und seine Organisation OZT – Operation: Zero Tolerance. Und noch eine Enthüllung erschüttert das Team: Magneto lebt. Er befindet sich in Bastions Gefangenschaft, ruhiggestellt durch ein kraftdämpfendes Halsband.
Der erste Teil des dreiteiligen Staffelfinales bringt den wahren Drahtzieher hinter dem Massaker von Genosha ans Licht: Bastion. Cable klärt die X-Men über ihn auf – über die Prime Sentinels, die Bastion mithilfe des techno-organischen Virus erschafft, und über sein Ziel, eine neue, „bessere" Spezies hervorzubringen.
Bastions Operation Zero Tolerance infiziert mutantenfeindliche Menschen mit dem techno-organischen Virus. Ohne Erinnerung an ihre Umwandlung lassen sie sich jederzeit als Prime Sentinels aktivieren. Cable warnt, dass das Genosha-Massaker ein unveränderlicher Fixpunkt der Zeit ist, den Bastion nutzen will, um einen 300 Jahre währenden Krieg zu entfesseln – an dessen Ende die Versklavung der Mutanten in einer menschlichen Utopie steht.
Als die UN der Welt verkündet, dass Xavier noch lebt, formiert sich vor der Schule ein antimutantischer Protest – viele glauben, die X-Men hätten seinen Tod nur vorgetäuscht. Bastion aktiviert die Prime Sentinels: Zahlreiche Demonstranten verwandeln sich, und auch Trish Tilby entpuppt sich als Prime Sentinel und greift Beast und die anderen an.
Um die Sentinels zu stoppen, fliegt Magneto zum Nordpol und entfesselt eine weltweite elektromagnetische Schockwelle, die sämtliche Maschinen lahmlegt – ein globaler Blackout, dessen Auswirkungen rund um den Globus zu spüren sind. Zugleich erreicht Charles Xavier endlich die Villa und sendet einen Notruf an alle X-Men. Die Folge endet mitten in der Eskalation und bereitet den zweiten Teil des Finales vor.
Das Staffelfinale führt den Kampf gegen Bastion zu seinem Höhepunkt. Während eine Hälfte des Teams in Bastions Gewalt ist, stellt sich die andere Magneto entgegen. Xavier greift telepathisch nach seinem alten Freund Magnus und erinnert ihn an den Traum, den sie einst von einem friedlichen Miteinander von Menschen und Mutanten teilten – untermalt von Rückblenden auf ihre erste Begegnung, als sie einander offenbarten, dass sie Mutanten sind.
Das Gold Team erreicht Asteroid M in einem gekaperten Sentinel und schließt sich dem Blue Team im Kampf an. Rogue treibt der Wunsch nach Vergeltung für Gambit an, während Cyclops vergeblich versucht, Bastion zur Vernunft zu bringen. Da bombardiert das US-Militär Asteroid M mit Raketen. Bastion kommt in der Explosion des Kernreaktors um, als der Asteroid zur Erde zurückzustürzen beginnt.
Mit vereinten Kräften gelingt es den X-Men, den Asteroiden davon abzuhalten, an der Ostküste einzuschlagen. Die Erde ist gerettet, und auch Magneto besinnt sich – doch er und die X-Men werden durch die Zeit verstreut, während die Welt sie für tot hält.
In der fernen Vergangenheit und Zukunft treffen die zeitversetzten X-Men auf einen jungen Apocalypse beziehungsweise auf Cable.