Das Staffelfinale verschränkt zwei Zeitebenen. 1972 wird Präsident Richard Nixon von Kriegsgegnern bedrängt, während der Außerirdische Valiant Thor den Vietnamkrieg als notwendiges Ablenkungsmanöver von den massenhaften Entführungen von Menschen rechtfertigt. Nixon und Henry Kissinger – der sich als getarntes Reptiloid entpuppt – stören sich an Thors auf Jahrzehnte angelegtem Zeitplan.
In Rückblenden entscheidet sich Mamie Eisenhower nach dem Tod ihres Mannes für Thors Angebot der Unsterblichkeit in der Area 51. Nixon durchschaut, dass er als Sündenbock aufgebaut wird. Unter dem Decknamen „Deep Throat“ streut Mamie beim Reporter Bob Woodward Informationen, um Nixon zu diskreditieren statt zu töten und so die Aufmerksamkeit von Thor abzulenken. Nach seiner Entführung tritt Nixon zurück; 1979 täuscht Mamie ihren eigenen Tod vor und zieht in die Area 51, wo sie sich mit Calico anfreundet.
In der Gegenwart finden bewaffnete Wachen die Leichen von Troy und Cal; Cals außerirdischer Nachwuchs greift an und wird erschossen. Jamie und Kendall setzen Wehen ein: Jamies Neugeborenes und sie selbst werden getötet, während Kendalls Kind in Thetas Augen „perfekt“ ist – der lange Zuchtversuch gilt als abgeschlossen.
Weil Kendall aufbegehrt, enthauptet Theta sie mit einem Laserskalpell und ersetzt ihren Kopf durch eine Maschine, die den Körper als Brutmaschine am Leben hält. Thor eröffnet Mamie den wahren Plan: Der Wirtskörper soll geklont und die Hybriden in Masse produziert werden, um die Menschheit zu ersetzen; die Außerirdischen teilen sich die Erde per Vertrag mit den Reptiloiden.
Empört planen Mamie und Calico, das Neugeborene und die Kendall-Maschine zu zerstören. Doch als Mamie zuschlägt, friert Theta sie ein – die Ärztin stand nie auf ihrer Seite. Sie erklärt, die Menschheit habe ihre Chance gehabt, bestimmt Calico zur spirituellen Mutter der neuen Generation und lässt Mamies Kopf explodieren. Das Finale endet, während bereits das nächste perfekte Exemplar zur Welt kommt.
