Nach der verlorenen Schlacht plagen Master Chief Erinnerungen an seine Entführung als Kind durch Dr. Halsey und an die Anfänge des Spartan-Programms. Kai hat den Kampf schwer verletzt überlebt, und Captain Keyes versichert John, dass sein eigenmächtiges Handeln Dutzende Leben gerettet hat. Die Überlebenden kehren nach Reach zurück.
Dort sperrt John Dr. Halsey in ihr Labor und startet eine Dekontaminationsprozedur, die sie töten würde – in Wahrheit ein Test, ob Cortana die Kontrolle über seinen Körper übernehmen kann. Cortana kann ihn jedoch nur abschalten, nicht steuern. Im letzten Moment holt John Halsey heraus und erklärt, er habe nie vorgehabt, sie zu töten.
Die gefangene „Gesegnete“ will nur mit Master Chief sprechen. Sie warnt ihn vor dem Keystone und behauptet, sie und John seien vom selben Schlag; erstmals stellt sie sich ihm als Makee vor. Miranda Keyes stellt fest, dass John und Makee ein extrem seltenes Gen teilen – eine Übereinstimmung von zwei zu einer Milliarde.
In einer Anhörung enthüllt Halsey die Wahrheit über das Spartan-Programm: Man entführte Kinder unter sechs Jahren und ersetzte sie durch genetisch geschwächte Klone, die an einem anfallsartigen Leiden starben. Halsey nimmt die Schuld auf sich; Admiral Parangosky enthebt sie ihres Postens, überträgt Miranda die Spartans und Cortana und will Halsey verbannen. Bei einem vorgetäuschten Abschied stiehlt Halsey per Kontaktlinse eine Kopie von Mirandas Netzhaut, um sich erneut Zugang zu verschaffen; die zunächst abgeschottete Cortana befreit sich indes selbst.
Überzeugt, den gestohlenen Artefakt selbst orten zu können, berührt John unter Mirandas Aufsicht erneut den Keystone. Trotz rasender Schmerzen und obwohl Makee einen heftigen Anfall erleidet, hält er durch; schließlich gleichen sich beider Vitalwerte an und beruhigen sich, während John und Makee in einer gemeinsamen Vision auf einem Halo-Ring stehen. John berührt Makees Wange und lässt den Artefakt schließlich los.
